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Structural analysis of the SUV39H1-chromatin complex

Research Project

Project/Area Number 19K06609
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 43050:Genome biology-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

Sato Shoko  東京大学, 定量生命科学研究所, 特任助教 (90624966)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywordsヘテロクロマチン / ヌクレオソーム / クライオ電子顕微鏡 / エピジェネティクス
Outline of Research at the Start

真核生物のゲノムDNAは、ヒストンタンパク質八量体にDNAが巻き付いたヌクレオソームを基本単位としてクロマチン構造を形成している。クロマチンはさらに高次に折り畳まれ、構造的・機能的に異なる区画を形成する。遺伝子を多く含むユークロマチン領域に対し、構成的ヘテロクロマチン領域は、リピート配列やトランスポゾン由来の配列を多く含み、ゲノムの安定性に寄与している。本研究では、構成的ヘテロクロマチン維持の基盤となる複合体を試験管内で再構成し、その立体構造を明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

In eukaryotes, the genomic DNA forms chromatin, which regulates the genomic function, such as gene expression and recombination. Nucleosome is a fundamental unit of the chromatin, in which DNA wrapped around the histone octamer containing two molecules each of four histone proteins, H2A, H2B, H3 and H4. Constitutive heterochromatin is marked with the post-translational histone modification, histone H3 Lysine 9 di- or tri- methylation (H3K9me2/3). The H3K9me2/3 in constitutive heterochromatin is written by the histone-methyltransferase family, SUV39H1 or SUV39H2, and bound with heterochromatin protein 1 (HP1) forming the fundamental structure of heterochromatin. In this study, we tried to determine the structure of the complex containing these heterochromatin factors, using cryo-electron microscopy technology. Here, we obtained a tomogram of the reconstituted HP1-chromatin complex using cryo-electron tomography.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

構成的ヘテロクロマチンは、その領域からの転写やDNA組換えを抑制することによりゲノムの安定性に寄与すると考えられている領域であり、その破綻は癌などの疾患に繋がる。本研究で行ったHP1-クロマチン複合体の構造解析は、ヘテロクロマチン領域の形成と維持の機構解明のための基盤情報となるものである。また、クライオ電子顕微鏡解析技術の高度化の過程で得られた新規構造のうち、ヒト病原性寄生虫であるジアルジアのヌクレオソーム構造は、創薬の基盤情報を提供するものである。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2022 2021 2020 2019

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Cryo-EM structure of the nucleosome core particle containing <i>Giardia lamblia</i> histones2021

    • Author(s)
      Sato Shoko、Takizawa Yoshimasa、Hoshikawa Fumika、Dacher Mariko、Tanaka Hiroki、Tachiwana Hiroaki、Kujirai Tomoya、Iikura Yukari、Ho Cheng-Han、Adachi Naruhiko、Patwal Indu、Flaus Andrew、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 49 Issue: 15 Pages: 8934-8946

    • DOI

      10.1093/nar/gkab644

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The N‐terminal and C‐terminal halves of histone H2A.Z independently function in nucleosome positioning and stability2020

    • Author(s)
      Sato Shoko、Tanaka Naoki、Arimura Yasuhiro、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 25 Issue: 8 Pages: 538-546

    • DOI

      10.1111/gtc.12791

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Biochemical and structural analyses of the nucleosome containing human histone H2A.J2019

    • Author(s)
      Tanaka Hiroki、Sato Shoko、Koyama Masako、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 167 Issue: 4 Pages: 419-427

    • DOI

      10.1093/jb/mvz109

    • NAID

      40022211009

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Cryo-EM structure of the nucleosome containing human parasitic Giardia lamblia histones2022

    • Author(s)
      Shoko Sato, Yoshimasa Takizawa, Fumika Hoshikawa, Mariko Dacher, Hiroki Tanaka, Hiroaki Tachiwana, Tomoya Kujirai, Yukari Iikura, Cheng-Han Ho, Naruhiko Adachi, Indu Patwal, Andrew Flaus, Hitoshi Kurumizaka
    • Organizer
      The 30th Hot Spring Harbor International Symposium, Chromatin Potential in Development and Differentiation, The 6th Symposium of the Inter-University Research Network for Trans-Omics Medicine
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 病原性寄生虫Giardia lamblia ヌクレオソームの構造と生化学的性質2021

    • Author(s)
      佐藤祥子、滝沢由政、星川史佳、ダッシェ マリコ、 田中大貴、立和名博昭、鯨井智也、飯倉ゆかり、 何承翰、安達成彦、Indu Patwal、Andrew Flaus、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第39回 染色体ワークショップ・第19回 核ダイナミクス研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡を用いたジアルジアヌクレオソームの構造解析と生化学的解析2021

    • Author(s)
      佐藤祥子、滝沢由政、星川史佳、ダッシェ マリコ、田中大貴、立和名博昭、飯倉ゆかり、鯨井智也、Cheng-Han Ho、安達成彦、Indu Patwal、Andrew Flaus、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第44回 日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ランブル鞭毛虫ヌクレオソームの構造と生化学的性質2019

    • Author(s)
      佐藤祥子, 滝沢由政, 田中大貴, ダッシェ マリコ, Indu Patwal, Andrew Flaus, 胡桃坂仁志
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 再構成クロマチンを基質としたトランスポゾン転移酵素Tn5の生化学的解析2019

    • Author(s)
      佐藤祥子, 有村泰宏, 原田哲仁, 前原一満, 大川恭行, 胡桃坂仁志
    • Organizer
      第37回染色体ワークショップ・第18回核ダイナミクス研究会
    • Related Report
      2019 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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