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Cell type-specific histone modification analysis system to elucidate epigenetics leading to dedifferentiation.

Research Project

Project/Area Number 19K06748
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 44040:Morphology and anatomical structure-related
Research InstitutionTokyo University of Science

Principal Investigator

Sakamoto Takuya  東京理科大学, 理工学部応用生物科学科, 講師 (40637691)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywordsヒストン修飾 / mintbody / エピジェネティクス / 遺伝子発現制御 / RNAポリメラーゼII / 再分化 / ヒストン修飾イメージング / 脱分化
Outline of Research at the Start

これまでの植物における多くの研究では、遺伝子の発現制御において重要な役割を果たすヒストン修飾を解析するにあたっては、組織・器官全体が用いられてきた。しかし、組織や器官は様々な種類の細胞で構成されており、細胞種毎によって発生・環境変化にといった生命現象の際に応答するヒストン修飾は異なると考えられる。本研究では、細胞内特異的ヒストン修飾認識抗体mintbodyを応用して、特定の細胞種のみでのヒストン修飾イメージングやそのゲノムワイドな分布の解析技術を確立を目指す。また、その技術を用いて、植物細胞の脱分化(カルス化)に着目して、細胞種毎の異なるヒストン修飾変化を捉えることを目指す。

Outline of Final Research Achievements

In Arabidopsis, we have successfully developed functional mintbody for the epigenetic mark H3K4me3 and phosphorylation of RNA polymerase IISer2 (RNAPIISer2P), which are indicators of transcriptional activation. Mintbody is a biosensor that detects modification changes using modification-specific intracellular antibodies and fluorescent probes. Both mintbody can quantify the modification level at the cellular level by imaging, and we were able to show that they are useful for monitoring each modification during plant development and other processes. In the future, it is expected that mintbody will be used for detailed epigenetic analysis of each specific cell type.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

これまでに、動物細胞や植物の培養細胞において、mintbodyが機能することが報告されてきたが、植物体での報告はなかった。本研究成果により植物体でmintbodyが機能することを初めて示すことができた。また、RNAポリメラーゼIISer2のリン酸化に対するmintbodyは、動植物を通じて初めてゲノムワイドな修飾の解析にも利用できることを示すことができた。今後、mintbodyを特定の細胞種のみで発現させることにより、従来のセルソーティングなどの手法よりも簡便に特定の細胞種毎の詳細なエピジェネティック解析への展開が期待される。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2021 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Zurich(スイス)

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    • Author(s)
      Y. Fujiwara, S. Matsunaga, and T. Sakamoto
    • Journal Title

      CYTOLOGIA

      Volume: 86 Issue: 1 Pages: 3-9

    • DOI

      10.1508/cytologia.86.3

    • NAID

      130008002777

    • ISSN
      0011-4545, 1348-7019
    • Year and Date
      2021-03-25
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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A live imaging system to analyze spatiotemporal dynamics of RNA polymerase II modification in Arabidopsis thaliana2021

    • Author(s)
      M. Shibuta, T. Sakamoto, T. Yamaoka, M. Yoshikawa, S. Kasamatsu, N. Yagi, S. Fujimoto, T. Suzuki, S. Uchino, Y. Sato. H. Kimura, and S. Matsunaga
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 4 Issue: 1 Pages: 580-580

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02106-0

    • Related Report
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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Roles of BRAHMA and Its Interacting Partners in Plant Chromatin Remodeling2020

    • Author(s)
      S. Nishioka, T. Sakamoto, and S. Matsunaga
    • Journal Title

      CYTOLOGIA

      Volume: 85 Issue: 4 Pages: 263-267

    • DOI

      10.1508/cytologia.85.263

    • NAID

      130007957724

    • ISSN
      0011-4545, 1348-7019
    • Year and Date
      2020-12-25
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The mechanisms and significance of the positional control of centromeres and telomeres in plants2020

    • Author(s)
      Y. Oko, N Ito, and T. Sakamoto
    • Journal Title

      Journal of Plant Research

      Volume: 133 Pages: 471-478

    • DOI

      10.1101/2019.12.12.873885

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      澁田未央、坂本卓也、松永幸大
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      澁田未央、坂本卓也、松永幸大
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      澁田未央、松岡恵、坂本卓也、松永幸大
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      澁田未央、吉川真由、山岡珠子、坂本卓也、木村宏、松永幸大
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      澁田未央、松岡慈、吉川真由、栗田和貴、山岡珠子、坂本卓也、木村宏、松永幸大
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      第61回日本植物生理学会年会
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    • Author(s)
      澁田未央、栗田和貴、松岡慈、坂本卓也、木村宏、松永幸大
    • Organizer
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    • Author(s)
      Mio Shibuta、Megumi Matsuoka、Mayu Yoshikawa、Kazuki Kurita、Yamako Yamaoka、Takuya Sakamoto、Hiroshi Kimura、Sachihiro Matsunaga
    • Organizer
      Frontiers in plant environmental response research: local signaling "long-distance communication and memory for developmental plasticity"
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      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Live imaging systm to tracking post-translational modification dynamics in Arabidopsis thaliana2019

    • Author(s)
      Mio Shibuta、Megumi Matsuoka、Mayu Yoshikawa、Kazuki Kurita、Yamako Yamaoka、Takuya Sakamoto、Hiroshi Kimura、Sachihiro Matsunaga
    • Organizer
      SEB conference on "Imapct of chromatin domains on plant phenotypes"
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      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 細胞内抗体プローブを用いて遺伝子の転写が活性化している細胞を生体内で特定することに成功

    • URL

      https://www.tus.ac.jp/today/archive/20210518_0942.html

    • Related Report
      2021 Annual Research Report

URL: 

Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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