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Applying temporal and spatial population genetics modelling for the origins of modern Japanese

Research Project

Project/Area Number 19K06871
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 45060:Applied anthropology-related
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

Nakagome Shigeki  金沢大学, 人間社会研究域, 客員研究員 (40625208)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 覚張 隆史  金沢大学, 古代文明・文化資源学研究センター, 助教 (70749530)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Fiscal Year 2021: ¥390,000 (Direct Cost: ¥300,000、Indirect Cost: ¥90,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Keywordsパレオゲノミクス / 集団遺伝学解析 / 縄文人 / 弥生人 / 古墳人 / 三重構造 / 現代日本人 / 二重構造 / 自然選択の起源 / 選択圧 / 自然選択 / 集団遺伝学
Outline of Research at the Start

現生人類はアフリカから世界各地へと拡散する過程で様々な環境変動を受け、それらが新たな選択圧として地域集団における適応進化を引き起こしてきた。その結果、多様なヒトの表現型が生じたと考えられる。現代日本人においてもアルコール代謝や毛髪の太さ、免疫疾患に関係する遺伝子が自然選択を受けてきたことが報告されている。しかし、それらが『いつ・なぜ』起こったかは明らかではない。なぜなら、現代人のデータのみから過去を復元する上での方法論的制約があることが大きな要因として挙げられる。本研究では、現代日本人の祖先集団におけるゲノムデータを解析することにより、自然選択の起源とその選択圧を解明する。

Outline of Final Research Achievements

This study aims to understand the origins of modern Japanese populations using genomic data from ancient and modern Asian populations. To this end, we generated whole-genome sequence data from skeletal remains excavated from prehistoric archaeological sites in the Japanese archipelago. We then analysed these newly sequenced data with those published data from the continent. Our analysis provides genomic evidence suggesting that modern Japanese populations have a tripartite ancestral structure derived from Jomon, Northeast Asian, and East Asian ancestry.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究では,自然人類学においてこれまで主流であった「日本人の二重構造モデル」をさらに発展させた,「日本人の三重構造モデル」を新たに提唱した。これらの知見は,今後日本列島に眠る膨大な遺跡出土古人骨のゲノムデータから日本人の成り立ちを探る上での基盤データとして活用されることが期待される。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2021 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 2 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Trinity College Dublin(アイルランド)

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] Trinity College Dublin(アイルランド)

    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Int'l Joint Research] Trinity College Dublin(アイルランド)

    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Journal Article] Ancient genomics reveals tripartite origins of Japanese populations2021

    • Author(s)
      Cooke Niall P.、Mattiangeli Valeria、Cassidy Lara M.、Okazaki Kenji、Stokes Caroline A.、Onbe Shin、Hatakeyama Satoshi、Machida Kenichi、Kasai Kenji、Tomioka Naoto、Matsumoto Akihiko、Ito Masafumi、Kojima Yoshitaka、Bradley Daniel G.、Gakuhari Takashi、Nakagome Shigeki
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 7 Issue: 38 Pages: 1-15

    • DOI

      10.1126/sciadv.abh2419

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] ヒト免疫システムの進化学的及び機能的プロファイリング2021

    • Author(s)
      中込滋樹
    • Organizer
      ゲノム医科学とバイオインフォマティクスの接点と集学研究
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Population genetics inference on the mode, tempo, and origins of natural selection2019

    • Author(s)
      Shigeki Nakagome
    • Organizer
      第21回日本進化学会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Determining the origin of natural selection in an admixed population2019

    • Author(s)
      Cooke N., Bradley D.G., Nakagome S.
    • Organizer
      Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution 2019
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] Inferring the model and onset of natural selection under varying population size from the site frequency spectrum and haplotype structure2019

    • Author(s)
      Nakagome S., Hudson R., Di Rienzo A.
    • Organizer
      Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution 2019
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Book] 医学のあゆみ:ヒトの進化と疾患 ─ 自然選択の標的とその副産物2020

    • Author(s)
      中込滋樹
    • Total Pages
      7
    • Publisher
      医歯薬出版株式会社
    • Related Report
      2020 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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