| Project/Area Number |
19K07017
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 47020:Pharmaceutical analytical chemistry and physicochemistry-related
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| Research Institution | Meijo University |
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Principal Investigator |
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2021)
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| Budget Amount *help |
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2019: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
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| Keywords | 質量分析 / 定量プロテオミクス / タンパク質リン酸化 / シミュレーション / スペクトルライブラリ |
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| Outline of Research at the Start |
質量分析を用いたタンパク質リン酸化の網羅的解析において、どのアミノ酸残基がどの程度リン酸化されているのか測定することが重要である。そこで、リン酸化部位網羅的な定量解析を行うため、新たなデータ解析手法を開発する。
研究代表者らは、リン酸化ペプチドの質量分析データ（MS/MS スペクトル）をシミュレ ートすることにより、高精度にリン酸化部位を決定することに成功している。そこで本研究では、このMS/MSシミュレーションを、網羅的かつ信頼性の高い定量結果を与えると考えられているSWATH測定に応用することにより、網羅的かつ高精度にリン酸化を定量できる手法を開発し、その有効性を検証する。
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| Outline of Final Research Achievements |
We have developed a mass spectrometry based phosphopeptide quantification method using a data-independent acquisition method SWATH, in combination with SimPhospho software a simulation program for MS/MS spectra of phosphopeptides. SimPhospho was applied to MS/MS spectra acquired using a TripleTOF mass spectrometer, and adjusting its data format enabled phosphopeptide quantification by SWATH analysis using Skyline software. Furthermore, simulation conditions were optimized for confident and sensitive localization of phosphorylation sites to be quantified.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
現在、生体タンパク質の網羅的解析（プロテオミクス）を行うことにより一度に数万ものリン酸化が観察でき、それら膨大な報告は、PhosphoSitePlusなどのデータベースに次々と蓄積されている。本研究では、網羅的定量解析におけるリン酸化部位の決定を高精度化したことにより、より信頼度の高いリン酸化の定量的な観察を可能にすると期待できる。リン酸化は細胞内情報伝達の中心を担っており、様々な生体機能の制御に関わっていることから、それらリン酸化の網羅的解析は今後の生命科学および医学・薬学のさらなる発展に貢献すると考えられる。
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