頭頸部癌におけるナノポアシークエンサーを使った1分子メチル化解析法の確立
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19K09866
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 56050:Otorhinolaryngology-related
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| Research Institution | Hamamatsu University School of Medicine |
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Principal Investigator |
遠藤 志織 浜松医科大学, 医学部附属病院, 診療助教 (10625205)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
三澤 清 浜松医科大学, 医学部附属病院, 講師 (90334979)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2020-03-31
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| Project Status |
Discontinued (Fiscal Year 2019)
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| Budget Amount *help |
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2021: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2020: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2019: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
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| Keywords | ナノポアシークエンサー / 頭頸部癌 / 1分子メチル化解析 |
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| Outline of Research at the Start |
我々はこれまで頭頸部癌組織からDNAを抽出し、そのDNAをバイサルファイト処理してPCR反応を行う手法でメチル化解析を継続的に行ってきた。ナノポアシークエンサーは、1分子DNAがナノ孔を通過する際に発生するナノ電極間の微弱な電流を計測することで、直接、塩基分子を識別する技術を採用した小型のシークエンサーである。これまでのバイサルファイト処理を必要としていた従来のメチル化解析法とは一線を画す検出法で、バイサルファイト処理せずにメチル化シトシンを検出することができる。
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| Outline of Annual Research Achievements |
我々はこれまで頭頸部癌組織からDNAを抽出し、そのDNAをバイサルファイト処理してPCR反応を行う手法でメチル化解析を継続的に行ってきた。ナノポアシークエンサーは、1分子DNAがナノ孔を通過する際に発生するナノ電極間の微弱な電流を計測することで、直接、塩基分子を識別する技術を採用した小型のシークエンサーである。これまでのバイサルファイト処理を必要としていた従来のメチル化解析法とは一線を画す検出法で、バイサルファイト処理せずにメチル化シトシンを検出することができる。これまでの、1・2・3世代目のシークエンサーの塩基配列決定の共通原理では、メチル化シトシン(mC) をシトシン(C) と区別して検出することができない。一般的に行っているメチル化シークエンシングでは、重亜硫酸ナトリウム(NaHSO3)を用いてメチル化されていないシトシン(C)をウラシル(U)に化学変換させるバイサルファイト処理が必須である。このバイサルファイト処理により90%以上のDNAは200bp程に断片化されてしまうためシークエンスには十分なDNA量とリード回数を必要とした。4世代目のシークエンサーといわれるナノポアシークエンサーは、バイサルファイト処理が必要でなくなるため、これまでのメチル化解析の問題を解消してくれる。今回我々は、“電気伝導で1分子を効率的に識別できる”ナノポアシークエンサーを使ったDNA・RNAメチル化解析の方法の確立を行い頭頸部癌のエピゲノム異常の知見を蓄積していきたい。
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Report
(1 results)
Research Products
(2 results)
