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Identification of cysteine peptidases that assure complete dipeptide production in periodontopathic bacteria

Research Project

Project/Area Number 19K10045
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 57010:Oral biological science-related
Research InstitutionNagasaki University

Principal Investigator

Nemoto Takayuki  長崎大学, 医歯薬学総合研究科(歯学系), 客員研究員 (90164665)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小早川 健  長崎大学, 医歯薬学総合研究科(歯学系), 技術職員 (10153587)
根本 優子  長崎大学, 医歯薬学総合研究科(歯学系), 客員研究員 (10164667)
佐々木 実  岩手医科大学, 歯学部, 教授 (40187133)
下山 佑  岩手医科大学, 歯学部, 准教授 (90453331)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Keywordsジペプチド / ジペプチジルペプチダーゼ / 歯周病菌 / 糖尿病 / トランスポーター / ジププチド / 歯周病 / ペプチダーゼ / DPP7 / DPP4 / ジペプチジルペプチダーぜ / アミノ酸トランスポーター / ペプチドトランスポーター / 2型糖尿病 / 口腔細菌 / N末修飾 / ジペプチダーゼ / タンパク分解 / アミノ酸 / セリンペプチダーゼ / システインペプチダーゼ
Outline of Research at the Start

う蝕と歯周病は口腔の二大疾患ですが、う蝕を引き起こす細菌とは対照的に、歯周病を引き起こす歯周病菌は、糖質を利用できず、もっぱら細胞外タンパク質を栄養源としています。我々はこれまでにタンパク質を末端から2つずつ切断するタンパク質分解酵素群が歯周病菌のタンパク質分解の最終段階にあることを見いだしてきました。さらに予備的な研究結果から、上記とは異なるファミリーに属するタンパク質分解酵素の存在も示唆されたので、これを同定するとのが本計画の中心課題です。同時にペプチドの取り込み機構も検討します。これらの結果に基づき、歯周病菌をいわば兵糧攻めすることで、歯周病の予防、治療の道を開きたいと思っています。

Outline of Final Research Achievements

We found that P. gingivalis DPP7 efficiently degraded incretins with N-terminal sequence of His-Ala-Glu-Gly-, which was not consistent to the previous report that DPP7 poorly degraded His-Ala-MCA. According to an assumption that natural peptide substrates possess C-terminal side residues of a cleavage site is responsible for this phenomenon, we synthesized such substrates, e.g., HALD-MCA. Interestingly, DPP7 did not degraded His-Ala-/-MCA, but efficiently degraded HA-/-LD-MCA. This finding solved the puzzle on protein metabolism in P. gingivalis, and set an alert on adapt the data of synthetic substrates for native polypeptides.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

ヒトには存在せず、歯周病菌が発現するDPP7が効率よくヒトインクレチンを分解不活化することを発見した。その基質特異性に関して検討し、切断部位のC末側が活性に重要であることを示した。これらの結果は、2つの点で重要である。その第1は、歯周病と2型糖尿病をつなぐ直接の因子がDPP7である可能性である。DPP7はヒトには存在しないのでその阻害剤が、2型糖尿病の治療薬になりうる。第2は、従来ほとんど蛍光基質を用いて研究されきたプロテアーゼの酵素化学的な性質が、実際のペプチドを分解する際の性質と違っているという可能性である。今後ペプチダーゼを臨床や応用に用いる場合に十分に考慮する必要がある。

Report

(5 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2023 2022 2021 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 7 results) Presentation (2 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Oxford/Structural Genomics Consortium/Struct Biolog Metabolic Rare Diseases(英国)

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  • [Journal Article] Exacerbation mechanism of type 2 diabetes mellitus by periodontopathic bacterial dipeptidyl-peptidases (DPPs)2023

    • Author(s)
      Nakasato-Suzuki Manami、Shimoyama Yu、Ohara-Nemoto Yuko、Sasaki Daisuke、Nemoto Takayuki K.、Yaegashi Takashi
    • Journal Title

      Nihon Shishubyo Gakkai Kaishi (Journal of the Japanese Society of Periodontology)

      Volume: 65 Issue: 1 Pages: 1-8

    • DOI

      10.2329/perio.65.1

    • ISSN
      0385-0110, 1880-408X
    • Year and Date
      2023-03-31
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  • [Journal Article] Immunoelectron Microscopic Analysis of Dipeptidyl-Peptidases and Dipeptide Transporter Involved in Nutrient Acquisition in Porphyromonas gingivalis2023

    • Author(s)
      Shimoyama Yu、Sasaki Daisuke、Ohara-Nemoto Yuko、Nemoto Takayuki K.、Nakasato Manami、Sasaki Minoru、Ishikawa Taichi
    • Journal Title

      Current Microbiology

      Volume: 80 Issue: 4 Pages: 106-106

    • DOI

      10.1007/s00284-023-03212-4

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    • Author(s)
      Ohara-Nemoto Yuko、Shimoyama Yu、Ono Toshio、Sarwar Mohammad Tanvir、Nakasato Manami、Sasaki Minoru、Nemoto Takayuki K.
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 298 Issue: 3 Pages: 101585-101585

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.101585

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  • [Journal Article] Dipeptidyl-peptidases: Key enzymes producing entry forms of extracellular proteins in asaccharolytic periodontopathic bacterium Porphyromonas gingivalis2021

    • Author(s)
      Nemoto TK, Ohara Nemoto Y.
    • Journal Title

      Mol Oral Microbiol

      Volume: 36 Issue: 2 Pages: 145-156

    • DOI

      10.1111/omi.12317

    • NAID

      120006988506

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  • [Journal Article] Preferential dipeptide incorporation of Porphyromonas gingivalis mediated by proton-dependent oligopeptide transporter (Pot)2020

    • Author(s)
      Ohara-Nemoto Y, Sarwar MT, Shimoyama Y, Kobayakawa T, Nemoto TK.
    • Journal Title

      FEMS Microbial Lett

      Volume: 367 Issue: 24 Pages: 1-8

    • DOI

      10.1093/femsle/fnaa204

    • NAID

      120006980746

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    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Characterization of substrate specificity and novel autoprocessing mechanism of dipeptidase A from Prevotella intermedia2020

    • Author(s)
      Sarwar, M.T., Ohara-Nemoto, Y., Kobayakawa, T., Naito, M., Nemoto, T.K.
    • Journal Title

      Biol. Chem.

      Volume: 401 Issue: 5 Pages: 629-642

    • DOI

      10.1515/hsz-2019-0387

    • NAID

      120006988332

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    • Author(s)
      Baba TT, Miyazaki T, Ohara-Nemoto Y, Nemoto TK.
    • Journal Title

      Cell Biochem Funct

      Volume: 37 Issue: 6 Pages: 400-407

    • DOI

      10.1002/cbf.3418

    • NAID

      120006988454

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      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Characterization of bacterial acylpeptidyl-oligopeptidase.2019

    • Author(s)
      Nemoto TK, Ono T, Kobayakawa T, Ohara-Nemoto Y.
    • Journal Title

      Biochimie

      Volume: 163 Pages: 50-57

    • DOI

      10.1016/j.biochi.2019.05.007

    • NAID

      120006987741

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      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 歯周病細菌Prevotella intermedia のジペプチダーゼの同定: C69.001 ファミリージペプチダーゼAのN 末特異性の再定義2019

    • Author(s)
      Sarwar Mohammad Tanvir,根本優子,小野俊雄,根本孝幸
    • Organizer
      第61回歯科基礎医学会学術大会・総会
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      2019 Research-status Report
  • [Presentation] Porphyromonas gingivalisのH+依存性ジペプチドトランスポーター2019

    • Author(s)
      根本優子,Sarwar Tanvir,小早川健,根本孝幸
    • Organizer
      第61回歯科基礎医学会学術大会・総会
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      2019 Research-status Report
  • [Remarks] 歯周病菌ジペプチジルペプチダーゼ7は広範な基質特性を有し,この活性により血糖調節に関与する

    • URL

      https://www.nagasaki-u.ac.jp/ja/science/science261.html

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  • [Remarks] 歯周病菌が作る酵素が血糖調節を行う生理活性ペプチドを分解することを発見

    • URL

      https://research-er.jp/articles/view/106965

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Published: 2019-04-18   Modified: 2024-01-30  

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