侵襲性肺炎球菌感染症のゲノムワイドな比較解析に基づく流行動態と病原性に関する研究
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19K10594
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 58020:Hygiene and public health-related: including laboratory approach
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| Research Institution | Kobe Institute of Health |
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Principal Investigator |
野本 竜平 神戸市健康科学研究所, 感染症部, 副部長 (60642238)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
河原 隆二 地方独立行政法人 大阪健康安全基盤研究所, 微生物部, 主幹研究員 (10332454)
中西 典子 神戸市健康科学研究所, その他部局等, 研究員 (50615490)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
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| Keywords | ゲノム分子疫学 / 侵襲性肺炎球菌感染症 / 多株比較解析 / ゲノム解析 / 肺炎球菌 / 分子疫学 / ゲノム |
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| Outline of Research at the Start |
侵襲性肺炎球菌感染症（IPD）はワクチン導入後も届出数が経年増加を続けている公衆衛生学上重要な細菌感染症である。IPDの原因菌である肺炎球菌は健常人の鼻咽頭にも常在する菌であるが、ヒトに常在している肺炎球菌がIPDを引き起こす際の菌側のリスク因子は何なのか？という点に関しては不明な点が多い。そこで本研究では、IPD原因菌の大規模ゲノム分子疫学解析による流行株の遺伝系統の把握と、IPD臨床株と健康保菌株とのゲノムワイドな多株比較解析により、IPD発症に優位に関連する因子を抽出し、IPD原因菌が保有する新規のリスク因子を特定することを目的とする。
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| Outline of Annual Research Achievements |
侵襲性肺炎球菌感染症（IPD）は、菌血症、髄膜炎など侵襲性を伴い肺炎球菌が無菌部位検体（血液・髄液）から検出される感染症で、抗菌薬が発達した現在においても、しばしば重篤な後遺症を残し、致命的となる場合がある。IPDの原因菌である肺炎球菌は健常人の鼻咽頭にも常在する菌であるが、ヒトに常在している肺炎球菌がIPDを引き起こす際の菌側のリスク因子は何なのか？という点に関しては不明な点が多い。そこで本研究では臨床株や健康保菌株とのゲノム情報を利用しIPD原因菌が保有する新規のリスク因子を特定することを目的とする。
本年度はこれまでに収集されたIPD患者由来株、肺炎患者由来株、健康保菌者由来株のうち共通して検出されている血清型から100株以上選抜し、比較ゲノム解析を実施するサンプル群を決定した。選抜した株のゲノムライブラリ用DNAを抽出しSTを決定した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
新型コロナウイルス検査対応のため、昨年度のエフォートの大部分を通常業務に費やすことになり、本研究課題が予定通り進行できなかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在までの計画の遅れを取り戻すために、下記の項目について集中的に実施する予定である。積極的疫学調査によって収集された神戸と大阪のIPD原因菌および
健康保菌者由来株のMLST解析をNGSを利用して網羅的に実施する。出現した主要な遺伝系統に含まれる全ての株（100株以上を想定）のドラフトゲノム配列を
Miseqにより決定する。ゲノム上の保存領域のSNPによる系統解析を行い、メタデータと遺伝的系統の偏りについて更に詳細に検証すると共に、研究実績の概要で
述べたような潜在的なアウトブレイクとも言うべき現象が起こっていたかどうかについても明らかにする。
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Report
(5 results)
Research Products
(3 results)
