蛋白質-蛋白質間相互作用面の二次構造に基づいた分類とデータベース公開
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19K12224
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
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| Research Institution | Soka University |
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Principal Investigator |
藤原 和夫 創価大学, 理工学部, 准教授 (90409780)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2023: ¥130,000 (Direct Cost: ¥100,000、Indirect Cost: ¥30,000)
Fiscal Year 2022: ¥130,000 (Direct Cost: ¥100,000、Indirect Cost: ¥30,000)
Fiscal Year 2021: ¥130,000 (Direct Cost: ¥100,000、Indirect Cost: ¥30,000)
Fiscal Year 2020: ¥130,000 (Direct Cost: ¥100,000、Indirect Cost: ¥30,000)
Fiscal Year 2019: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
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| Keywords | タンパク質-タンパク質相互作用 / 相互作用面の分類 / 二次構造 / タンパク質－タンパク質相互作用 / 分類 / タンパク質間相互作用 / タンパク質間相互作用面 / secondary structure / 蛋白質-蛋白質相互作用 |
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| Outline of Research at the Start |
多量体蛋白質の立体構造データはProtein Data Bank (PDB)に蓄積されており、特定の蛋白質においても複数の構造データが存在するケースが多くある。そこで本研究室では多量体情報を同一蛋白質ごとに一度に閲覧できるWEBサイトを構築し公開している。本申請では、新たに蛋白質-蛋白質相互作用面の類似性による分類データベースを構築し、WEBでの公開を目的とする。相互作用面の類似性については、蛋白質の立体構造に囚われず蛋白質間で接触しているアミノ酸残基の二次構造により評価する新しい手法を用いる。相互作用面のデザインや予測などの分野で活用されることが期待される。
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| Outline of Annual Research Achievements |
当該年度は、まず、第１階層であるインターフェイスクラスの分類条件の微調整を行なった。ランダム抽出した分類結果を確認し、意図しない分類になっていないか確認を行なった。当初は相互作用面の二次構造割合により、クラスを分けるようにしていたが、境界付近の複合体が多く存在し、類似しているにも関わらず異なるクラスに分けられるケースが多く観察された。そこで、割合は使用せず、含んでいるか否かというシンプルな基準のみで分けるようにすることで、境界付近の複合体を減らした。また、分子間βシートを形成しているものについては、新しいクラスとして扱うように修正を行なった。
第２階層である、インターフェイスタイプのクラスタリング結果についても確認作業を行なった。クラスタリングに含める二次構造情報を調整し、確認作業をするという過程を何度か繰り返した。当初は、クラスタリングには、どのクラスの場合も同じ二次構造情報を用いていたが、クラスごとに二次構造情報の調整を行なった。
ここまでは、ホモ二量体についての解析であったが、ヘテロ二量体についてもPDBエントリーのリストを作成し、同じプログラムで解析を行い問題点を調査した。その結果、それほど大きな修正点がないことが明らかとなったので、ヘテロ二量体についてもデータベースに情報を追加した。OLIGAMIホームページにもヘテロ二量体に関しては情報を追加できるように修正を行なった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
以下3つが主な原因であると考えている。
・第1階層に関する修正作業に想定していたより時間がかかった。
・大学での研究以外の業務が増え、研究時間が減少した。
・コロナ禍で学生の研究時間が短くなった。
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| Strategy for Future Research Activity |
ヘテロ二量体に関する分類情報は得られたので、分類結果の妥当性について確認作業を行う。また第３階層に関する分類について、ホモ及びヘテロ二量体について確認作業を行う。当初、ホモ二量体の情報のみ先行して公開する予定であったが、ヘテロも併せて、公開する方向で準備を進めている。
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Report
(4 results)
Research Products
(2 results)
