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Active matter physics of cell migration and collective motion

Research Project

Project/Area Number 19K14673
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 13040:Biophysics, chemical physics and soft matter physics-related
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

Tarama Mitsusuke  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 基礎科学特別研究員 (90756834)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Keywordsアクティブマター / 細胞運動 / 細胞骨格 / 自己組織化 / 協同現象 / メカノセンシング
Outline of Research at the Start

生物細胞は、どのように自律的な運動を獲得し、周囲の環境に応じてどのように運動を変化するのかを、物理学の視点からモデルを構築して理解することを目指す。特に、単一の細胞が、その接着する基盤の力学的な状態を認識して運動を制御する現象を、内部状態の変化に着目して解明する。また、多数の細胞が自己組織化する細胞集団・生体組織において、個々の細胞がどのように運動を制御することで、協同的な運動が実現するのかを研究する。

Outline of Final Research Achievements

We have investigated the mechanism behind the pattern formation of cytoskeleton and cells. In particular, we have applied a coarse-grained molecular dynamics model to the nano-scale structures of actin and obtained quantitatively comparable structures to those found in the experiment. From the simulation results, we proposed a possible mechanism behind the transition among these structures during the development. In addition, we revealed the origin of the dynamic meshwork structure of cells found in early embryo by using an agent-based cell mechanical model. We found that the cell deformation and the cell-cell adhesion play central roles in the formation of the meshwork structure and the cell migration changes the structure dynamic.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

細胞骨格が自己組織化するメソスケールの高次構造は、そのスケールゆえにミクロなモデルを愚直にスケールアップすることでは到達困難である。我々は、ある程度粗視化した分子動力学モデルを用いることで、ミクロな分子情報を直接的なパラメタとしたシミュレーションにより実験結果を定量的に再現する手法の開発に成功した。細胞集団の研究では本質を残して簡単化したマクロなモデルにより、集団運動と構造形成とを両立させるメカニズムを解明した。これらの研究は今後、生命現象の背後に潜む様々な自己組織化構造の形成原理を解明することに繋がる成果である。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2021 2020 2019

All Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results)

  • [Presentation] In silico study on cytoskeleton structure formation2021

    • Author(s)
      Mitsusuke Tarama
    • Organizer
      RIMS Workshop Mathematical Mechanobiology
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 初期受精卵における競合する前核のサイズによるヒストンメチル化制御2021

    • Author(s)
      多羅間充輔、京極博久、柴田達夫、北島智也
    • Organizer
      日本物理学会 2021年 秋季大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] モーター運動能によるアクチン繊維の皮質構造形成と力生成2021

    • Author(s)
      多羅間充輔、柴田達夫
    • Organizer
      日本物理学会 2021年 秋季大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ニワトリ初期胚における中胚葉細胞が自己組織化する動的網目構造2021

    • Author(s)
      多羅間充輔、仲矢由紀子、柴田達夫
    • Organizer
      日本物理学会 2021年 秋季大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Dynamical network structure formation of mesoderm cells in early chick embryo2021

    • Author(s)
      Mitsusuke Tarama, Yukiko Nakaya, Tatsuo Shibata
    • Organizer
      第59回 日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Cortex structure formation of actomyosin by motor activity2021

    • Author(s)
      M. Tarama, T. Shibata
    • Organizer
      Active Matter Workshop 2021
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] Formation of actin cortex structure by myosin motor activity2020

    • Author(s)
      M. Tarama, T. Shibata
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] アクティブマターの力生成と変形、自発運動2020

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      日本液晶学会 ソフトマターフォーラム講演会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Mechanochemical modelling of crawling cells2019

    • Author(s)
      Mitsusuke Tarama, Kenji Mori, and Ryoichi Yamamoto
    • Organizer
      10th International Conference Engineering of Chemical Complexity
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Modeling dynamics around cells2019

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      第1回研究会 「非線形・非平衡系の物理と数理」
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 細胞運動のメカノケミカルモデル2019

    • Author(s)
      多羅間充輔、毛利謙司、山本量一
    • Organizer
      日本物理学会 2019年秋季大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] Mechanochemical modelling of crawling cells2019

    • Author(s)
      Mitsusuke Tarama, Kenji Mori, and Ryoichi Yamamoto
    • Organizer
      第57回 日本生物物理学会 年会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 細胞運動のメカノケミカルモデル2019

    • Author(s)
      多羅間充輔
    • Organizer
      研究会「理論と実験」2019,
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 接着性細胞のメカノケミカルモデル2019

    • Author(s)
      多羅間充輔、山本量一
    • Organizer
      第9回 ソフトマター研究会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] アクトミオシン皮質形成の理論研究2019

    • Author(s)
      多羅間充輔、柴田達夫
    • Organizer
      第9回 ソフトマター研究会
    • Related Report
      2019 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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