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Development and applications of yeast-based metabolite sensor for high efficient production of valuable products

Research Project

Project/Area Number 19K15734
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 38020:Applied microbiology-related
Research InstitutionKobe University

Principal Investigator

Nakamura Yasuyuki  神戸大学, 科学技術イノベーション研究科, 特命助教 (40733184)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Keywords酵母 / バイオセンサ / ドーパミン / シグナル伝達 / Gタンパク質共役型受容体 / レポーター遺伝子 / 発酵 / バイオテクノロジー
Outline of Research at the Start

微生物での有用物質生産における菌株育種開発スピードを劇的に早めるために、目的代謝物の生産量が高い変異株を高速にスクリーニングできる技術を開発する。特定の物質を認識するバイオセンサを酵母に搭載し、さらに人工代謝経路を導入することで、目的物質の生産量に応じて酵母細胞がセンシングを行うシステムを開発する。さらに、バイオセンサの感度調節が可能なシステムを構築することで、様々なライブラリの中から有用物質高生産株をスクリーニングするためのシステムを開発することを研究目的とする。開発した高生産株スクリーニング系を用いて、変異を導入した酵母細胞ライブラリの中から有用物質高生産株の取得を行う。

Outline of Final Research Achievements

In the present study, we constructed the G protein-coupled receptor (GPCR) metabolite sensor that permits the easy evaluation of dopamine production levels by a green fluorescent protein (GFP) reporter gene using the yeast Saccharomyces cerevisiae, and further established several fundamental techniques for enabling the high-throughput screening of modified strains with higher levels of dopamine production. Using the constructed yeast metabolite sensor, we verified that the fluorescence values obtained have correlated well with the dopamine concentrations produced in engineered strains. In near future, the use of constructed sensors will make it possible to quickly attain the strain breeding for high productivity from a large-scale library. Since this system is applicable to the development of metabolite sensors to detect other compounds except for dopamine by replacing the GPCRs, we expectedly envision the applications to the rapid strain development.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究では、目的物質であるドーパミンのメタボライトセンサを構築し、代謝改変した酵母株が発酵生産するドーパミンの生産量に応じて酵母細胞がセンシングを行なうシステムの開発に成功した。本研究で構築したドーパミンセンサを用いることで、ドーパミン高生産能力を示す菌株育種への応用が期待される。本研究で用いたメタボライトセンサ構築技術は、ドーパミン以外の有用化合物のセンサ構築にも応用できるものであり、様々な高付加価値物質の高生産株の育種技術開発のためのフレームワークを提供する。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2022 2021 2020 2019 Other

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] One-Step <i>In Vivo</i> Assembly of Multiple DNA Fragments and Genomic Integration in <i>Komagataella phaffii</i>2022

    • Author(s)
      Nishi Teruyuki、Ito Yoichiro、Nakamura Yasuyuki、Yamaji Taiki、Hashiba Noriko、Tamai Masaya、Yasohara Yoshihiko、Ishii Jun、Kondo Akihiko
    • Journal Title

      ACS Synthetic Biology

      Volume: 11 Issue: 2 Pages: 644-654

    • DOI

      10.1021/acssynbio.1c00302

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 酵母シグナル伝達経路を利用したリガンド検出システムの開発とメタボライトセンサへの応用2021

    • Author(s)
      中村泰之、近藤昭彦、石井純
    • Journal Title

      細胞

      Volume: 53 Pages: 37-40

    • NAID

      40022594047

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Journal Article] 酵母細胞を用いたG蛋白質共役型受容体リガンド検出システムの開発とメタボライトセンサへの応用2021

    • Author(s)
      中村泰之、近藤昭彦、石井純
    • Journal Title

      アグリバイオ

      Volume: 5 Pages: 58-63

    • NAID

      40022661456

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Journal Article] 酵母細胞を用いたG蛋白質共役型受容体リガンドスクリーニングシステムの開発とメタボライトセンサへの応用2021

    • Author(s)
      中村泰之、近藤昭彦、石井純
    • Journal Title

      Precision Medicine

      Volume: 4 Pages: 60-65

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Journal Article] Comparative analyses of site‐directed mutagenesis of human melatonin MTNR1A and MTNR1B receptors using a yeast fluorescent biosensor2021

    • Author(s)
      Nakamura Yasuyuki、Asama Ririka、Tabata Takuya、Morita Kenta、Maruyama Tatsuo、Kondo Akihiko、Ishii Jun
    • Journal Title

      Biotechnology and Bioengineering

      Volume: 118 Issue: 2 Pages: 863-876

    • DOI

      10.1002/bit.27609

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Exchange of endogenous and heterogeneous yeast terminators in Pichia pastoris to tune mRNA stability and gene expression2020

    • Author(s)
      Ito Yoichiro、Terai Goro、Ishigami Misa、Hashiba Noriko、Nakamura Yasuyuki、Bamba Takahiro、Kumokita Ryota、Hasunuma Tomohisa、Asai Kiyoshi、Ishii Jun、Kondo Akihiko
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 48 Issue: 22 Pages: 13000-13012

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa1066

    • NAID

      120006954873

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 食品中の有毒物質を検出するためのパトロール酵母の開発2020

    • Author(s)
      Su Jiulong, Nakamura Yasuyuki, Kitaguchi Tetsuya, Ishii Jun, Kondo Akihiko, Kobayashi Norihiro, Miyake Shiro, Ueda Hiroshi
    • Organizer
      第93回日本生化学会大会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] ドーパミン受容体を用いた酵母メタボライトセンサの開発と微生物生産評価への応用2020

    • Author(s)
      浅間梨々花, 中村泰之, 中村朋美, 近藤昭彦, 石井純
    • Organizer
      化学工学会第51回秋季大会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] Development of engineering tools for methylotrophic yeast Pichia pastoris and their applications to small antibody secretory production2020

    • Author(s)
      Kondo Akihiko, Ito Yoichiro, Nakamura Yasuyuki, Nishimura Yuya, Sasaki Daisuke, Nishi Teruyuki, Terai Goro, Asai Kiyoshi, Ishii Jun
    • Organizer
      International Union of Microbiological Societies (IUMS) 2020
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ドーパミン発酵生産性を簡易的に評価するGPCRメタボライトセンサの開発2020

    • Author(s)
      浅間梨々花, 中村泰之, 中村朋美, 近藤昭彦, 石井純
    • Organizer
      日本農芸化学会 関西支部 第513回講演会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] メラトニン発酵生産性を簡便に評価する酵母メタボライトセンサの開発2019

    • Author(s)
      浅間梨々花、田畑琢也、中村泰之、加藤寛子、近藤昭彦、石井純
    • Organizer
      生物工学若手研究者の集い 夏のセミナー2019
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] Pichia pastorisにおいて分泌シグナル配列の1アミノ酸置換はタンパク質分泌生産を劇的に増大させる2019

    • Author(s)
      伊藤洋一郎、石上美佐、橋場倫子、中村泰之、蓮沼誠久、石井純、近藤昭彦
    • Organizer
      第71回日本生物工学会大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] Feasibility study of the method to obtain peptide agonists for G protein-coupled receptors using water-in-oil microdroplets2019

    • Author(s)
      Matsueda A, Sakurai T, Iizuka R, Nakamura Y, Ishii J, Kondo A, Yoon D.H, Sekiguchi T, Shoji S, Tsuda S, Funatsu T
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] Construction of melatonin metabolite sensor using yeast signal transduction machinery2019

    • Author(s)
      Jun Ishii, Takuya Tabata, Tomomi Nakamura, Hiroko Kato, Ririka Asama, Yasuyuki Nakamura, Akihiko Kondo
    • Organizer
      2019 Asian Synthetic Biology Association (ASBA) Meeting
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Construction of metabolite sensor using yeast signal transduction machinery for monitoring melatonin production2019

    • Author(s)
      Jun Ishii, Takuya Tabata, Tomomi Nakamura, Hiroko Kato, Ririka Asama, Yasuyuki Nakamura, Akihiko Kondo
    • Organizer
      The 10th Symposium on Innovative Bioproduction Taichung (iBioT2019)
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] メラトニン生産性を簡便かつハイスループットに評価するメタボライトセンサの開発2019

    • Author(s)
      浅間梨々花、田畑琢也、中村泰之、中村朋美、加藤寛子、近藤昭彦、石井純
    • Organizer
      日本農芸化学会関西支部 支部例会(第511回講演会)
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Remarks] 神戸大学大学院科学技術イノベーション研究科バイオ生産工学研究室ホームページ

    • URL

      http://www2.kobe-u.ac.jp/~akondo/index.html

    • Related Report
      2020 Research-status Report 2019 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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