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Proteome-wide capture of co-translational protein dynamics

Research Project

Project/Area Number 19K16044
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 43010:Molecular biology-related
Research InstitutionKyoto Sangyo University

Principal Investigator

FUJIWARA Keigo  京都産業大学, タンパク質動態研究所, 研究員 (10814907)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2020: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Fiscal Year 2019: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Keywords新生ポリペプチド鎖 / 翻訳アレスト / co-translational / リボソーム / TnDR法 / 枯草菌 / MifM / 新生鎖の動的挙動解析
Outline of Research at the Start

新生タンパク質はリボソームのトンネル出口から細胞質に出現するにつれて、各々の運命に従ってフォールディングや膜局在化といった成熟化を始める。しかしどのタンパク質がどのタイミングでどのような成熟化を開始するかといった具体的な情報は、それを研究する手法が限定されていることもあり、一部のモデルタンパク質について以外は明らかにされていない。本研究では、翻訳と共役した新生鎖の動的挙動をプロテオームワイドで系統的に捕捉することを目的とする。そのために、新生鎖に加わる物理的力を感知できる枯草菌MifMのシステムを利用し、新生鎖の動的挙動を枯草菌プロテオームから系統的にスクリーニングする。

Outline of Final Research Achievements

There is no proteome-wide understanding of the extent to which nascent proteins progress to cotranslational maturation in the cell. In this study, we constructed and used an engineered transposon, TnDR, which carries translation arrest sequence of Bacillus subtilis MifM, to capture co-translational protein dynamic in the cell. We identified hundreds of proteins that cancel the elongation arrest, most probably reflecting their ability to initiate the maturation/localization process co-translationally. Case studies identify B. subtilis proteins that initiate assembly with a partner molecule before completion of translation. These results suggest that cotranslational maturation is a frequently occurring event in protein biogenesis.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

機能的なタンパク質に成熟化する機構の理解はタンパク質科学において重要である。本研究により、細胞内で実際に多くのタンパク質がco-translationalに局在化や複合体形成を起こし得ることがわかり、基礎生物学的に重要な知見が得られたと考えられる。また、TnDR法を用いて細胞内でおきるco-translationalなタンパク質動態を捉えることができた。この技術をより発展させることで、将来的にタンパク質科学において有用な技術になることが期待できる。

Report

(3 results)
  • 2020 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (2 results)

  • [Journal Article] Search for translation arrest peptides encoded upstream of genes for components of protein localization pathways2021

    • Author(s)
      Sakiyama Karen、Shimokawa-Chiba Naomi、Fujiwara Keigo、Chiba Shinobu
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 49 Issue: 3 Pages: 1550-1566

    • DOI

      10.1093/nar/gkab024

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Proteome-wide Capture of Co-translational Protein Dynamics in Bacillus subtilis Using TnDR, a Transposable Protein-Dynamics Reporter2020

    • Author(s)
      Fujiwara Keigo、Katagi Yutaro、Ito Koreaki、Chiba Shinobu
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 33 Issue: 2 Pages: 108250-108250

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2020.108250

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Release factor-dependent ribosome rescue by BrfA in the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis2019

    • Author(s)
      Shimokawa-Chiba Naomi、Mueller Claudia、Fujiwara Keigo、Beckert Bertrand、Ito Koreaki、Wilson Daniel N.、Chiba Shinobu
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 10 Issue: 1 Pages: 5397-5397

    • DOI

      10.1038/s41467-019-13408-7

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 翻訳アレストの解除を指標とした新生鎖の動的過程の系統的調査2019

    • Author(s)
      藤原圭吾、樫祐太朗、伊藤維昭、千葉志信
    • Organizer
      第92回日本生化学会大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] アレストペプチドをフォースセンサーとして利用した新生鎖の動的挙動の網羅的調査2019

    • Author(s)
      藤原圭吾、樫祐太朗、伊藤維昭、千葉志信
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2019 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2022-01-27  

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