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Structural basis for the RNA poly-uridylylation by human TUT1

Research Project

Project/Area Number 19K16053
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 43020:Structural biochemistry-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

YAMASHITA Seisuke  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 (30769576)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywordsヌクレオチド転移酵素 / X線結晶構造解析 / RNA / U6 snRNA / TUT1
Outline of Research at the Start

TUT1はU6 snRNAの成熟化を担う酵素であり、U6 snRNAを特異的に認識して3’末端にウリジンを付加する活性を持つ。U6 snRNAの3’末端はU6 snRNPの形成やスプライソソームのリサイクルに関わるため、その成熟化は真核生物の遺伝子発現に重要なプロセスである。
申請者らは本研究に先だってTUT1単体の立体構造を決定し、U6 snRNAに特異的なウリジル化反応の概要を明らかにしてきた。しかし複合体の立体構造は明らかになっておらず、完全な結合様式の解明には至っていない。本研究の目的は、TUT1とU6 snRNAの複合体立体構造解析から特異的な認識メカニズムを明らかにすることである。

Outline of Final Research Achievements

TUT1 synthesizes the 3´-oligouridine tail required for the U6 snRNP formation and recycling. To reveal the detailed recognition mechanism of U6 snRNA by TUT1, we solved the X-ray crystal structure of human TUT1(hTUT1)-U6 snRNA complex. hTUT1 utilizes the multiple RNA-binding domains for recognition of the characteristic features of U6 snRNA. With these interactions, TUT1 specifically and efficiently interacts with U6 snRNA.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

RNAはDNAから転写されたのち、さまざまな修飾を受けてその機能を発揮する。TUT1によるU6 snRNAへのポリウリジル化はその一つであり、U6 snRNAが適切に働くために必要なステップである。しかし、TUT1が細胞内の数多くのRNAの中からU6 snRNAだけを基質とするのかについて、詳細なメカニズムはわかっていなかった。本研究ではタンパク質・RNA複合体についてX線結晶構造解析から立体構造を明らかにし、原子レベルでの結合様式を明らかにすることで、なぜTUT1がU6 snRNAに特異的にポリウリジル化するのかを明らかにした。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (3 results)

All 2020 2019

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] Mechanistic insights into m6A modification of U6 snRNA by human METTL162020

    • Author(s)
      Aoyama Tomohiko、Yamashita Seisuke、Tomita Kozo
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: - Issue: 9 Pages: 5157-5168

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa227

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Crystal structure of human cytoplasmic tRNAHis-specific 5′-monomethylphosphate capping enzyme2020

    • Author(s)
      Liu Yining、Martinez Anna、Yamashita Seisuke、Tomita Kozo
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 48 Issue: 3 Pages: 1572-1582

    • DOI

      10.1093/nar/gkz1216

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Crystal structure of the Lin28-interacting module of human terminal uridylyltransferase that regulates let-7 expression2019

    • Author(s)
      Seisuke Yamashita, Kozo Tomita
    • Organizer
      第21回日本RNA学会年会
    • Related Report
      2019 Research-status Report

URL: 

Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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