| Project/Area Number |
19K16105
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 43050:Genome biology-related
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| Research Institution | Yokohama City University |
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Principal Investigator |
hosaka aoi 横浜市立大学, 木原生物学研究所, 共同研究員 (10837347)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2022: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2021: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
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| Keywords | ゲノムアセンブル / エピゲノム / RNA-seq / BS-seq / 植物幹細胞 / 構造変異 |
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| Outline of Research at the Start |
トランスポゾンとはゲノムに寄生する反復性の配列であり、転移、増殖することことができる配列である。トランスポゾンは宿主にとって潜在的に有害な因子である一方、ゲノム進化にも大きく貢献することが知られている。しかしトランスポゾンと宿主の相互作用の分子実体は未だ不明な点が多い。
本研究ではイネの栽培種および野生種の幹細胞組織を材料に、トランスポゾンの分布、エピジェネティックな状態および発現パターンの違いを統合的に比較解析することでトランスポゾンと宿主の相互作用の分子実体を明らかにすることを目指す。
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| Outline of Final Research Achievements |
Highly accurate genomic information is essential for the comparative epigenomic analysis. Therefore, in this study, I established experimental methods and data analysis pipeline for de novo genome assembly using cultivated rice and wild rice species.
Based on the obtained genomic information, the comparative analysis of gene expression patterns and epigenomic patterns among species was performed.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
本研究で取得したゲノム配列およびアノテーション情報はこれまでに公開されている情報に比べて高精度であり比較ゲノム研究に広く活用可能である。また、雑種強勢を示す種間におけるエピゲノムおよび発現解析は雑種強勢の分子基盤の理解に貢献し、新規育種マーカーの創出につながると期待される。
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