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Understanding of reactive nitrogen species-dependent signal transduction in yeast by comprehensive and quantitative analysis methods

Research Project

Project/Area Number 19K16129
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 44010:Cell biology-related
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

Nasuno Ryo  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 助教 (90708116)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Keywords翻訳後修飾 / 一酸化窒素 / 酵母 / 代謝 / ニトロ化 / グルタチオン化 / S-グルタチオン化 / 代謝制御 / S-ニトロソ化 / 活性窒素種 / チロシンニトロ化 / プロテオーム
Outline of Research at the Start

タンパク質のシステイン残基のS-ニトロソ化(SNO化)、チロシン残基のニトロ化(PTN化)は、一酸化窒素(NO)などの活性窒素種(RNS)による翻訳後修飾の一種であり、タンパク質の機能を制御する因子として様々な生命現象に関わっている。これらは哺乳類において盛んに研究されているが、酵母においてはほとんど理解が進んでいない。本研究では、SNO化タンパク質、PTN化タンパク質のハイスループットな網羅的定量解析系を構築し、これを用いて酵母におけるRNS依存的な生命機能の制御系を総合的に理解する。

Outline of Final Research Achievements

My proteomic and biochemical analyses identified pyruvate decarboxylase Pdc1 as a nitrated protein. Nitration at Tyr157 and Tyr344 decreased the enzymatic activity of Pdc1. Further analyses showed that reactive nitrogen species (RNS) suppress the fermentation efficiency through the inhibition of Pdc1 by its nitration at Tyr157 and Try344.
I also demonstrated that fructose-1,6-bisphosphate aldolase Fba1 was S-glutathionylated at Cys112, which inhibits the enzymatic activity of Fba1, in response to RNS. My metabolite quantification suggested that S-glutathionylation of Fba1 increased the intracellular NADPH, via the metabolic shift from glycolysis to pentose phosphate pathway. Furthermore, My cell viability assay showed that S-glutathionylation of Fba1 contributed to RNS tolerance in yeast. These results suggest that yeast protects cells from RNS stress by the increased NADPH via the metabolic shift induced by S-glutathionylation of Fba1.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究では、RNSストレス環境下で酵母のPdc1がニトロ化され、発酵力が抑制されることを見出した。発酵生産過程では、安価な炭素源である廃糖蜜が含有する亜硝酸塩がRNSを発生すること、発酵が阻害されることが知られている。本研究の成果は、発酵生産過程における発酵力阻害の分子機構を明らかにしたものであり、発酵産業への応用が期待できる。
一方、Fba1のS-グルタチオン化が、代謝フローの改変を介してRNSストレス耐性に寄与する機構は、これまでに報告が無い。また、活性中心以外のCys残基のS-グルタチオン化が酵素活性を抑制する現象も、全く新たな知見であり、RNS依存的翻訳後修飾の更なる理解に資する。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (40 results)

All 2022 2021 2020 2019

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 9 results) Presentation (29 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Identification and Functional Analysis of GTP Cyclohydrolase II in Candida glabrata in Response to Nitrosative Stress2022

    • Author(s)
      Nasuno Ryo、Suzuki Soma、Oiki Sayoko、Hagiwara Daisuke、Takagi Hiroshi
    • Journal Title

      Frontiers in Microbiology

      Volume: 13 Pages: 825121-825121

    • DOI

      10.3389/fmicb.2022.825121

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    • Author(s)
      Eknikom Supapid、Nasuno Ryo、Takagi Hiroshi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 4664-4664

    • DOI

      10.1038/s41598-022-08568-4

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    • Author(s)
      Nasuno Ryo、Iwai Nozomi、Takagi Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of General and Applied Microbiology

      Volume: 68 Issue: 1 Pages: 38-41

    • DOI

      10.2323/jgam.2021.07.001

    • ISSN
      0022-1260, 1349-8037
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    • Author(s)
      Yoshikawa Yuki、Nasuno Ryo、Takagi Hiroshi
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: 85 Issue: 9 Pages: 2084-2088

    • DOI

      10.1093/bbb/zbab115

    • NAID

      120007168291

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      Genes to Cells

      Volume: 26 Issue: 10 Pages: 823-829

    • DOI

      10.1111/gtc.12885

    • NAID

      120007147754

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      Yuki Yoshikawa, Ryo Nasuno, Hiroshi Takagi
    • Journal Title

      Yeast

      Volume: - Issue: 7 Pages: 414-423

    • DOI

      10.1002/yea.3558

    • NAID

      120007147749

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      Nasuno Ryo、Yoshikawa Yuki、Takagi Hiroshi
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      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: 85 Issue: 2 Pages: 211-214

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      Ohashi Masataka、Nasuno Ryo、Isogai Shota、Takagi Hiroshi
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      Metabolic Engineering

      Volume: 62 Pages: 1-9

    • DOI

      10.1016/j.ymben.2020.08.005

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      120007147753

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      Anam Khairul、Nasuno Ryo、Takagi Hiroshi
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      Scientific Reports

      Volume: 10 Issue: 1 Pages: 6015-6015

    • DOI

      10.1038/s41598-020-62890-3

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    • Journal Title

      Analytical Biochemistry

      Volume: 598 Pages: 113707-113707

    • DOI

      10.1016/j.ab.2020.113707

    • NAID

      120006849557

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      Nishimura Akira、Nasuno Ryo、Yoshikawa Yuki、Jung Minkyung、Ida Tomoaki、Matsunaga Tetsuro、Morita Masanobu、Takagi Hiroshi、Motohashi Hozumi、Akaike Takaaki
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 294 Issue: 37 Pages: 13781-13788

    • DOI

      10.1074/jbc.ra119.009203

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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