| Project/Area Number |
19K17581
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 53020:Cardiology-related
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| Research Institution | National Cardiovascular Center Research Institute |
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Principal Investigator |
Sonoda Keiko 国立研究開発法人国立循環器病研究センター, メディカルゲノムセンター, 上級研究員 (90824417)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
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| Keywords | 遺伝性不整脈 / リード抜去 / FFPE / Brugada症候群 / RNAシークエンス / トランスクリプトーム解析 / ＲＮＡシークエンス / FFPE検体 |
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| Outline of Research at the Start |
病因となる遺伝子異常が同定されない遺伝性不整脈患者に対し、心臓デバイスの抜去リード付着心筋や、ホルマリン固定パラフィン包埋検体など、今まで解析されていなかった心筋検体を用いてＲＮＡシークエンスを行い、ＤＮＡの転写からタンパク発現までの過程の異常を調べることにより、不整脈の原因を解明し、治療に結び付ける。
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| Outline of Final Research Achievements |
Myocardial specimens of extraction leads had better quality than autopsy specimens, while our FFPE specimens were highly degraded and difficult to RNA-Seq. RNA-Seq of 2 BrS cases (1: extraction lead, 2: surgery) and 2 non-BrS cases (1: HCM extraction lead, 1: commercial right ventricular RNA) was performed. We analyzed the results and public RNA-Seq data of 2 normal cases together. The clustering analysis showed that the public data and our data were separated, indicating a large influence of the RNA-Seq method. Differential gene expression analysis comparing 2 BrS cases vs. 4 non-BrS cases showed that ZFP57 was decreased in the BrS group. Enrichment analysis using the top 150 ranked differential expressed genes suggested some abnormality related to cardiovascular development.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
今回のRNA-SeqではBrS症例の数不足のため正確性に欠ける結果ではあったものの、心血管の発達に関連した何らかの異常がBrSに関連している可能性が示唆された。BrSは遺伝性不整脈疾患でありながら遺伝子変異同定率が20％と低く、いまだに原因が明らかになっていない。本研究の成果は疾患の原因を明らかにする糸口となりうる。リード抜去付着心筋サンプルをさらに集積することで、より正確な結果が得られる可能性が高い。よって、今後はさらに症例を蓄積し、研究を発展させていく予定である。
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