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Quantitative analysis of transcription factor captured by intermediate filament

Research Project

Project/Area Number 19K22092
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 27:Chemical engineering and related fields
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

Nakamura Chikashi  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 連携研究室付 (40357661)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 山岸 彩奈  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究員 (00778293)
Project Period (FY) 2019-06-28 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥6,240,000 (Direct Cost: ¥4,800,000、Indirect Cost: ¥1,440,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2020: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywords中間径フィラメント / AFM / ナノニードル / 転写制御 / 転写因子 / 細胞 / ビメンチン / 原子間力顕微鏡
Outline of Research at the Start

組織や発生段階によって異なる中間径フィラメント(IF)が発現するため、IFは細胞種判定のマーカーとして用いられるが、そのIFこそが細胞種を決定する上流の因子である可能性がある。IFは特定の転写因子やヒストン修飾酵素を核外でトラップし、遺伝子の発現を促進・抑制することで、細胞機能を規定する。この仮説を立証するために本研究では、ビメンチン繊維に捕縛される転写抑制因子を標的として、申請者が独自に開発してきたナノニードルと原子間力顕微鏡を用いて、細胞内の捕縛分子と自由分子の存在量を決定するセンシング手法を開発し、IFによる転写制御機構を解明することを目指す。

Outline of Final Research Achievements

Intermediate filaments (IFs) have recently been reported to bind to various proteins in the cytoplasm and regulate their function. We hypothesize that IFs act as scaffolds that trap transcription-related factors and regulate gene expression by preventing nuclear translocation. In this study, we developed a method to detect IF-trapped molecules in living cells and to elucidate the mechanism of transcriptional regulation by IFs. We used antibody-modified nanoneedles and atomic force microscopy to target the transcription-related protein PHB2, which is trapped by IF vimentin, and to mechanistically detect IF-binding molecules in living cells.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究で開発した技術により、さまざまな細胞骨格に結合するタンパク質を力学的に検出可能であると考えられ、非標識の生きた細胞に対してこれを適用することで、転写関連因子の捕縛・放出のダイナミックな細胞内の変化を解析する手法になる。これにより、細胞骨格タンパク質が支配する細胞機能調節機構を明らかにできると期待される。

Report

(5 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2023 2022 2021 2020 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (6 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Mechanical detection of interactions between proteins related to intermediate filament and transcriptional regulation in living cells2022

    • Author(s)
      Yamagishi Ayana、Mizusawa Mei、Uchida Koki、Iijima Masumi、Kuroda Shun’ichi、Fukazawa Kyoko、Ishihara Kazuhiko、Nakamura Chikashi
    • Journal Title

      Biosensors and Bioelectronics

      Volume: 216 Pages: 114603-114603

    • DOI

      10.1016/j.bios.2022.114603

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 中間径フィラメントにおけるテール領域内共通βシート構造の機能解析2023

    • Author(s)
      内田幸希、山岸彩奈、上田太郎、長崎晃、中村史
    • Organizer
      日本化学会 第103春季年会 (2023)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 中間径フィラメントのテール領域における二次構造とアクチン結合の関係2022

    • Author(s)
      内田幸希、山岸彩奈、上田太郎、長崎晃、中村史
    • Organizer
      第74回日本生物工学会大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] アクチン相互作用部位を欠失した中間径フィラメントの繊維構造解析2022

    • Author(s)
      内田幸希・山岸彩奈・中村 史
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会 (2022)
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] アミノ酸一次配列を用いたAI予測に基づくアクチン-ビメンチン相互作用部位の同定2021

    • Author(s)
      内田幸希・山岸彩奈・似田優太・三宅 淳・中村 史
    • Organizer
      第73回 日本生物工学会大会(2021)
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] ビメンチン-転写関連タンパク質PHB2相互作用のin cell力学解析2021

    • Author(s)
      水澤愛衣・山岸彩奈・中村 史
    • Organizer
      日本化学会 第101春季年会 (2021)
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 抗体修飾ナノニードルを用いた中間径フィラメント結合タンパク質の力学検出2020

    • Author(s)
      水澤愛衣・山岸彩奈・中村 史
    • Organizer
      第14回バイオ関連化学シンポジウム2020
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Remarks] 国立研究開発法人 産業技術総合研究所

    • URL

      https://staff.aist.go.jp/chikashi-nakamura/

    • Related Report
      2022 Annual Research Report 2021 Research-status Report 2020 Research-status Report

URL: 

Published: 2019-07-04   Modified: 2025-01-30  

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