• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Developments of sperm recovery prediction system by micro-TESE using next-generation sequencer

Research Project

Project/Area Number 19K22762
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 58:Society medicine, nursing, and related fields
Research InstitutionThe University of Tokushima

Principal Investigator

SATO Youichi  徳島大学, 大学院医歯薬学研究部(薬学域), 教授 (10363160)

Project Period (FY) 2019-06-28 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2020: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Fiscal Year 2019: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Keywords男性不妊症 / 非閉塞性無精子症 / 次世代シーケンス / micro-TESE / 機械学習 / MD-TESE
Outline of Research at the Start

MD-TESEによる精子回収予測システムを構築するため、1)全エクソームシーケンスから抽出された変異遺伝子から、精子回収予測システムを構築、2)全エクソームシーケンスデータを用いたデータマイニングにより精子回収予測モデル式の構築を行う。次世代シーケンス解析データを精子が回収できた症例と回収できなかった症例でデータベース化を行い、サポートベクターマシーンや機械学習の手法を用いてモデル化の検討を行うことで、最適なモデル式を構築する。

Outline of Final Research Achievements

The purpose of this study was to develop the sperm recovery prediction system using micro-TESE. Among the variants obtained by whole exome sequence analysis, we investigated variants with an allele frequency of 1% or less that affect protein function, which are not found in healthy subjects. It did not reach the development of sperm recovery prediction system. However, we found a gene variant suggesting a novel sperm recovery predictor. On the other hand, as a result of examining the upper variants obtained from the genome-wide association study, the accuracy rate was the highest when 3 variants on the gene expressed specifically in the testis were used. In the future, it is expected that a more reliable sperm recovery prediction system will be developed by increasing the number of cases.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

ゲノム情報を用いた機械学習はmicro-TESEによる精子回収予測システムの開発に期待できることを示した。少子化対策が焦眉の課題となる現代社会において、妊娠を望んでいる夫婦の6組に1組は不妊で悩んでいる。本研究により構築したmicro-TESEによる精子回収予測システムが応用されれば、精子回収の見込みの無いmicro-TESEの回避につながり、患者の精神的、身体的、経済的負担の軽減が期待される。

Report

(3 results)
  • 2020 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (23 results)

All 2021 2020 2019 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (17 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Genome-wide association study of semen volume, sperm concentration, testis size, and plasma inhibin B levels2020

    • Author(s)
      Sato Youichi、Tajima Atsushi、Kiguchi Misaki、Kogusuri Suzu、Fujii Aki、Sato Takehiro、Nozawa Shiari、Yoshiike Miki、Mieno Makiko、Kojo Kosuke、Uchida Masahiro、Tsuchiya Haruki、Yamasaki Kazumitu、Imoto Issei、Iwamoto Teruaki
    • Journal Title

      Journal of Human Genetics

      Volume: 65 Issue: 8 Pages: 683-691

    • DOI

      10.1038/s10038-020-0757-3

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genome-wide association study of semen volume, sperm concentration, testis size, and plasma inhibin B levels2020

    • Author(s)
      Youichi Sato, Atsushi Tajima, Misaki Kiguchi, Suzu Kogusuri, Aki Fujii, Takehiro Sato, Shiari Nozawa, Miki Yoshiik, Makiko Naka-Mieno, Kosuke Kojo, Masahiro Uchida, Haruki Tsuchiya, Kazumitu Yamasaki, Issei Imoto, Teruaki Iwamoto
    • Journal Title

      J Hum Genet

      Volume: -

    • NAID

      120006894346

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 男性不妊症関連遺伝子の精子形成メカニズム2019

    • Author(s)
      佐藤 陽一
    • Journal Title

      細胞

      Volume: 51 Pages: 38-40

    • NAID

      40022118967

    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Journal Article] 男性不妊症関連遺伝子の精子形成メカニズム2019

    • Author(s)
      佐藤 陽一
    • Journal Title

      アグリバイオ

      Volume: 3 Pages: 81-84

    • NAID

      40022118967

    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 遺伝情報の機械学習を用いた顕微鏡下精巣内精子採取術における精子回収予測の検討2021

    • Author(s)
      佐藤 陽一, 土屋 春樹, 古城 公佑, 内田 将央, 山崎 一恭, 岩本 晃明
    • Organizer
      日本アンドロロジー学会第39回学術大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Y染色体ハプログループとAZF領域欠失パターンとの関連性から見た日本人のY染色体進化2020

    • Author(s)
      多田 篤史, 足立 奈生子, 井上 誠, 佐藤 陽一
    • Organizer
      第74回日本人類学会大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 非閉塞性無精子症に対する全エクソーム解析2020

    • Author(s)
      国村 彩香, 福永 千香, 古城 公佑, 内田 将央, 土屋 春樹, 松本 吉隆, 山崎 一恭, 岩本 晃明, 佐藤 陽一
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第65回大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ゲノムワイド関連解析による血中inhibin B値関連遺伝子の同定と遺伝子改変マウスの解析2020

    • Author(s)
      上殿 千晴, 藤井 亜紀, 田嶋 敦, 佐藤 丈寛, 井本 逸勢, 佐藤 陽一
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第65回大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 日本人男性のY染色体ハプログループとAZF領域欠失パターンとの関連性2020

    • Author(s)
      多田 篤史, 足立 奈生子, 井上 誠, 佐藤 陽一
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第65回大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 現代日本人のY染色体ハプログループ解析2020

    • Author(s)
      井上 誠, 佐藤 陽一
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第65回大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ゲノム情報を用いた機械学習によるシタラビン投与後の副作用発現予測モデルの構築2020

    • Author(s)
      遠藤 優香, 田島 穂澄, 岡田 直人, 中村 信元, 賀川 久美子, 藤井 志朗, 三木 浩和, 石澤 啓介, 安倍 正博, 佐藤 陽一
    • Organizer
      第59回日本薬学会中国四国支部学術大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 機械学習による遺伝情報を用いた抗がん剤投与の味覚障害発現予測モデルの構築2020

    • Author(s)
      武井 みのり, 岡田 直人, 中村 信元, 賀川 久美子, 藤井 志朗, 三木 浩和, 石澤 啓介, 安倍 正博, 佐藤 陽一
    • Organizer
      第59回日本薬学会中国四国支部学術大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 次世代シーケンス解析は非閉塞性無精子症の原因解明に有効か?2019

    • Author(s)
      福永 千香,古城 公佑,内田 将央,土屋 春樹,山崎 一恭,岩本 晃明,佐藤 陽一
    • Organizer
      日本アンドロロジー学会第38回学術大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 家系を対象とした次世代シーケンス解析による新規男性不妊症原因遺伝子の同定と遺伝子改変マウス作製による精子形成に関する検討2019

    • Author(s)
      野崎 瑞貴,上殿 千晴,古城 公佑,内田 将央,土屋 春樹,山崎 一恭,岩本 晃明,佐藤 陽一
    • Organizer
      日本アンドロロジー学会第38回学術大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] GWASによる精索静脈瘤関連遺伝子座の探索2019

    • Author(s)
      濱口 惠寛,山崎 一恭,岩本 晃明,佐藤 陽一
    • Organizer
      第64回日本生殖医学会学術講演会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] ゲノムワイド関連解析によるInhibin B値関連遺伝子座の同定と遺伝子改変マウス作製によるInhibin B産生に関する検討2019

    • Author(s)
      藤井 亜紀,山崎 一恭,岩本 晃明,佐藤 陽一
    • Organizer
      第64回日本生殖医学会学術講演会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 個別化医療に向けた非閉塞性無精子症患者の次世代シーケンス解析2019

    • Author(s)
      佐藤 陽一,古城 公佑,内田 将央,土屋 春樹,山崎 一恭,岩本 晃明
    • Organizer
      第64回日本生殖医学会学術講演会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] Elucidation of the causative gene of non-obstructive azoospermia by whole-exome sequencing.2019

    • Author(s)
      Youichi Sato, Fukunaga Chika, Kojo Kosuke, Uchida Masahiro, Tsuchiya Haruki, Yamasaki Kazumitu, Iwamoto Teruaki
    • Organizer
      American Society of Human Genetics, Annual Meeting 2019
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ゲノムワイド関連解析によるヒト精子形成機構に関わる遺伝子の探索と機能解析2019

    • Author(s)
      佐藤 陽一
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 男性不妊症新規原因遺伝子の同定と遺伝子改変マウス作製による精子形成機能に関する検討2019

    • Author(s)
      野崎 瑞貴,上殿 千晴,古城 公佑,内田 将央,土屋 春樹,岩本 晃明,佐藤 陽一
    • Organizer
      先端モデル動物支援プラットフォーム 2018年度成果発表会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] ゲノムワイド関連解析によるInhibin B値関連遺伝子の同定と遺伝子改変マウスを用いたInhibin B発現に関する検討2019

    • Author(s)
      藤井 亜紀,小薬 鈴,中川 雄介,田嶋 敦,井本 逸勢,山崎 一恭,岩本 晃明,佐藤 陽一
    • Organizer
      先端モデル動物支援プラットフォーム 2019年度若手支援技術講習会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Remarks] 徳島大学大学院医歯薬学研究部医薬品情報学分野ホームページ

    • URL

      https://www.tokushima-u.ac.jp/ph/faculty/labo/inf/

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Remarks] 徳島大学大学院医歯薬学研究部医薬品情報学分野

    • URL

      https://www.tokushima-u.ac.jp/ph/faculty/labo/inf/

    • Related Report
      2019 Research-status Report

URL: 

Published: 2019-07-04   Modified: 2022-01-27  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi