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Biomedical image analysis by positive and unlabeled learning

Research Project

Project/Area Number 19K22895
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 62:Applied informatics and related fields
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

Bise Ryoma  九州大学, システム情報科学研究院, 准教授 (00644270)

Project Period (FY) 2019-06-28 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Fiscal Year 2020: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywords機械学習 / バイオイメージインフォマティクス / 弱教師あり学習 / 教師なし学習 / 弱教師学習 / PU-Learning / 画像情報学 / バイオ医療画像解 / Un-supervised Learning
Outline of Research at the Start

本研究課題では,バイオ医療画像解析特有の対象構造事前知識を用いることで,機械学習に必要な学習データを自動抽出し,アノテーション作業を省力化することを目的とする.
具体的には,対象構造事前知識を活用し正例データを自動抽出し,一部の正例とたくさんのラベル不明(Unlabeled)サンプルの特徴量空間上の分布から,負例の分布が不明でも,特徴量空間上の適切な識別面を見つけることができるPU-Learningを活用した研究開発を行う.

Outline of Final Research Achievements

In this research, we developed a method that can significantly reduce the annotation in biomedical image analysis by using positive and unlabeled learning, in which our method automatically selects the positive samples using prior knowledge. We also applied this method to several applications such as pathological image analysis and photoacoustic image analysis. As a result, we have published 3 peer-reviewed papers (2 of them were accepted in a top conference in medical image analysis; MICCAI), 2 submissions, 5 conference presentations, 1 book chapter writing.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

バイオ医療画像解析分野における認識課題は,疾病の種類や研究目的により様々であること,教師データ作成には専門的な知識が必要であることから,大量の教師あり学習データを作成することが困難である.そこで,本研究では,対象構造事前知識を用いることで,一部の正例を自動抽出し,その他の候補物体をUnlabeledデータとして扱うことで,PU-Learningを適用可能した.これにより,機械学習に必要な学習データを自動抽出し,アノテーション作業を省力化することが可能となる.光超音波画像や病理画像解析といった複数のタスクに応用し,様々な課題へ展開できることを示した.

Report

(3 results)
  • 2020 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2020 2019

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Spatial-Temporal Mitosis Detection in Phase-Contrast Microscopy Via Likelihood Map Estimation by 3DCNN2020

    • Author(s)
      K. Nishimura and R. Bise
    • Journal Title

      IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC)

      Volume: 1 Pages: 1811-1815

    • DOI

      10.1109/embc44109.2020.9175676

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 医用画像解析におけるパターン認識2020

    • Author(s)
      備瀬竜馬,内田誠一
    • Journal Title

      週間 医学のあゆみ(第五土曜特集「AIが切り拓く未来の医療」)

      Volume: 9(274) Pages: 730-736

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Journal Article] Efficient Soft-Constrained Clustering for Group-Based Labeling2019

    • Author(s)
      R. Bise, K. Abe, H. Hayashi, K. Tanaka, and S. Uchida
    • Journal Title

      MICCAI2019, (top conference in medial image analysis, acceptance rate:31%)

      Volume: 5 Pages: 421-430

    • DOI

      10.1007/978-3-030-32254-0_47

    • ISBN
      9783030322533, 9783030322540
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Weakly Supervised Cell Segmentation in Dense by Propagating from Detection Map2019

    • Author(s)
      K. Nishimura, E.D. Ker, and R. Bise
    • Journal Title

      MICCAI2019, (top conference in medial image analysis, acceptance rate:31%)

      Volume: 1 Pages: 649-657

    • DOI

      10.1007/978-3-030-32239-7_72

    • ISBN
      9783030322380, 9783030322397
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] PU-Learningを用いた病理画像における簡易アノテーション法の提案2020

    • Author(s)
      杉本龍彦, 備瀬竜馬
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウムMIRU2020
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Cell Tracking and Segmentation for Cell Image Analysis2020

    • Author(s)
      Ryoma Bise
    • Organizer
      Establishing International Research Network of Mathematical Oncology
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ディープラーニングの病理診断への応用2020

    • Author(s)
      備瀬竜馬
    • Organizer
      第109回日本病理学会総会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 正例自動サンプリングPositive Unlabeled-Learningを用いた光超音波画像における体毛領域認識2019

    • Author(s)
      吉川亮, 備瀬竜馬
    • Organizer
      パターン認識・メディア理解研究会(PRMU),2019年9月
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 内視鏡画像のソフト制約クラスタリングによるラベル付け簡略化2019

    • Author(s)
      備瀬竜馬, 安部健太郎, 早志英朗, 田中聖人, 内田誠一
    • Organizer
      パターン認識・メディア理解研究会(PRMU),2019年9月
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 病理画像癌種別領域分割のための癌種比率を活用した学習手法2019

    • Author(s)
      德永宏樹, 寺本祐記, 吉澤明彦, 備瀬竜馬
    • Organizer
      パターン認識・メディア理解研究会(PRMU),2019年12月
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 病理画像における陽性細胞の検出2019

    • Author(s)
      杉本龍彦, 徳永宏樹, Xiaotong Ji, 備瀬竜馬
    • Organizer
      電気・情報関係学会九州支部連合大会講演論文集, 2019年9月
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Book] 機械学習のさまざまな問題設定と解法(第3章-I-3),細胞トラッキングの機械学習および数理最適化技術―多物体トラッキングの課題とアプローチ(第3章-Ⅱ-5),行動追跡とDeepLabCut―アニマルポーズトラッキング技術(第3章-Ⅱ-6) in 機械学習を生命科学に使う! シークエンスや画像データをどう解析し、新たな生物学的発見につなげるか?2020

    • Author(s)
      備瀬竜馬, 内田誠一
    • Total Pages
      22
    • Publisher
      羊土社
    • ISBN
      9784758103916
    • Related Report
      2020 Annual Research Report

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Published: 2019-07-04   Modified: 2022-01-27  

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