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Characterization of protein crystals based on the dislocation theory for the material application

Research Project

Project/Area Number 19K23579
Research Category

Grant-in-Aid for Research Activity Start-up

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section 0401:Materials engineering, chemical engineering, and related fields
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

Suzuki Ryo  横浜市立大学, 理学部, 助教 (70846708)

Project Period (FY) 2019-08-30 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Keywordsタンパク質結晶 / 力学的性質 / 転位 / X線回折 / インデンテーション / 圧縮試験 / グルコースイソメラーゼ結晶 / 高品質タンパク質結晶 / X線トポグラフィ / 格子欠陥 / 力学特性
Outline of Research at the Start

タンパク質結晶は巨大で複雑なタンパク質分子から構成された結晶性材料であり、分子サイズに伴った巨大な結晶格子を有している。結晶内に最大70%もの多量の水を含むというこれまでの結晶材料にはない特徴がある。そして、結晶水を他の物質と置換できることから、次世代の結晶性多孔質生体材料として注目されている。しかし、もろく壊れやすい弱点があり実用化には至っていない。弱点克服が望まれる一方、結晶欠陥が多く、高品質な結晶を得ることが困難なため、転位の挙動やその運動などの力学的な性質に関する知見は非常に少ない。本研究では高品質化に成功したグルコースイソメラーゼ結晶を用いて、タンパク質結晶の力学特性を明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

We have conducted fundamental research on the mechanical properties of protein crystals for applications. In particular, we have conducted two main studies: (1) evaluation of the mechanical properties of protein crystals by macroscopic deformation tests, and (2) development of a method for observing crystal defects in protein crystals by synchrotron radiation X-ray topography, and precise evaluation of their perfection based on diffraction theory. In (1), Young's modulus and fracture stress were successfully estimated by deformation tests using huge crystals up to 5 mm in size. In (2), we succeeded in constructing a method (Median Image Method) to observe crystal defects such as dislocations even in crystals for which it is difficult to obtain defect images by image analysis of a series of several hundred diffraction images taken by digital topography using an X-ray CCD camera.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

学術的意義としては、脆く壊れやすいと定性的な認知で収まっていたタンパク質結晶の力学的性質をヤング率や破壊応力、ひずみ量などの値から定量的な評価まで落とし込めたことにある。また、その変形機構は転位の運動による塑性変形に支配されていることから、本研究で得られた知見を基にその変形の制御を行うことで、高強度化法に期待できる。さらには、海洋問題をはじめとして現在課題となっているプラスチックのような人工高分子の代替素材として、自然由来のタンパク質結晶の工学的な利用は持続可能な社会に重要である。

Report

(3 results)
  • 2020 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Identification of grown-in dislocations in protein crystals by digital X-ray topography2021

    • Author(s)
      Ryo Suzuki, Marina Abe, Kenichi Kojima, Masaru Tachibana
    • Journal Title

      J. Appl. Cryst.

      Volume: 54 Issue: 1 Pages: 163-168

    • DOI

      10.1107/s1600576720015356

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Analysis of slip systems in protein crystals with a triclinic form using a phenomenological macro-bond method2021

    • Author(s)
      Ryo Suzuki, Chika Shigemoto, Marina Abe, Kenichi Kojima, Masaru Tachibana
    • Journal Title

      CrystEngComm

      Volume: - Issue: 20 Pages: 3753-3760

    • DOI

      10.1039/d1ce00241d

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evaluation of crystal quality of thin protein crystals based on the dynamical theory of X-ray diffraction2020

    • Author(s)
      Marina Abe, Ryo Suzuki, Kenichi Kojima, Masaru Tachibana
    • Journal Title

      IUCrJ

      Volume: 7 Issue: 4 Pages: 761-766

    • DOI

      10.1107/s2052252520007393

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Improvement of Hen Egg White lysozyme Crystal Quality by Control of Dehydration Process2019

    • Author(s)
      Haruhiko Koizumi, Satoshi Uda, Katsuo Tsukamoto, Kenji Hanada, Ryo Suzuki, Masaru Tachibana, Kenichi Kojima
    • Journal Title

      Crystal Growth & Design

      Volume: 19 Issue: 10 Pages: 5955-5960

    • DOI

      10.1021/acs.cgd.9b01084

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] X線トポグラフィによるタンパク質結晶の干渉縞の解析に基づく完全性評価2020

    • Author(s)
      阿部満理奈, 鈴木凌, 小島謙一, 橘勝
    • Organizer
      第49回結晶成長国内会議
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 共焦点ラマン分光法によるタンパク質結晶中の水の拡散係数の測定2020

    • Author(s)
      松下沙緒梨, 阿部満理奈, 鈴木凌, 小島謙一, 橘勝
    • Organizer
      第49回結晶成長国内会議
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 放射光トポグラフィによるタンパク質結晶の干渉縞の解析に基づく完全性評価2020

    • Author(s)
      阿部満理奈, 鈴木凌, 小島謙一, 橘勝
    • Organizer
      令和2年度 日本結晶学会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ラマン分光法を用いたタンパク質結晶中の水の拡散係数の測定2020

    • Author(s)
      松下沙緒梨, 阿部満理奈, 鈴木凌, 小島謙一, 橘勝
    • Organizer
      令和2年度 日本結晶学会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] タンパク質結晶のX線による照射損傷2019

    • Author(s)
      鈴木 凌, 熊坂 崇, 馬場 清喜, 水野 伸宏, 長谷川 和也, 小島 謙一, 橘 勝
    • Organizer
      日本物理学会 2019年秋季大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] タンパク質結晶のX線照射損傷の観察2019

    • Author(s)
      鈴木 凌, 熊坂 崇, 馬場 清喜, 水野 伸宏, 長谷川 和也, 小泉 晴比古, 小島 謙一, 橘 勝
    • Organizer
      第48回結晶成長国内会議(JCCG-48)
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] Observation of dynamical diffraction in high-quality protein crystals2019

    • Author(s)
      Ryo Suzuki, Haruhiko Koizumi, Keiichi Hirano, Takashi Kumasaka, Kenichi Kojima, Masaru Tachibana
    • Organizer
      16th Conference of the Asian Crystallographic Association
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research

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Published: 2019-09-03   Modified: 2022-01-27  

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