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Elucidation of the mechanism of forming transcriptionally active chromatin structures by non-coding RNA

Research Project

Project/Area Number 19K23736
Research Category

Grant-in-Aid for Research Activity Start-up

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section 0701:Biology at molecular to cellular levels, and related fields
Research InstitutionKumamoto University (2023)
Japanese Foundation for Cancer Research (2019)

Principal Investigator

Yamamoto Tatsuro  熊本大学, 病院, 医員 (90844770)

Project Period (FY) 2023-02-26 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Keywordsエピジェネティクス / クロマチン構造 / 非コードRNA / 乳がん / がん / クロマチン高次構造
Outline of Research at the Start

生体内のそれぞれの細胞は、必要な遺伝子を使うための様々なしくみがある。細胞核内に留まったタンパク質を作らない非コードRNAが、クロマチン(DNAタンパク質複合体)に働きかけてDNA立体構造の形成に関わり、がんの発癌、治療耐性獲得に重要であると考えられるが、詳細な機構は不明である。本研究では、乳がん細胞で細胞核内に留まる非コードRNAのエレノアの働きに着目し、非コードRNAが転写活性化されたDNA立体構造を形成する詳細な機構を明らかにすることを目的とする。この研究による非コードRNAを介したDNA立体構造形成の理解は、新たな診断、治療標的の可能性に結びつくことが期待される。

Outline of Final Research Achievements

The previous study reported that Eleanor non-coding RNAs are overexpressed in recurrent breast cancer cells, but the function is not elucidated. In this study, we aimed to elucidate the mechanism of the role of non-coding RNAs with chromatin structures. Therefore, we investigated the 3D chromatin structure changes caused by non-coding RNAs using a method for analyzing 3D chromatin interactions in the cell nucleus of the genome. As a result, Eleanor RNA transcripts change chromatin structure formation in 3D, and contribute to making a spot for transcriptional activation.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

クロマチン構造に関する研究は近年注目を浴びており、この構造が破綻すると、遺伝子発現が変化し、がんなどの疾患に関わることが報告されている。しかしながら、非コードRNAによるクロマチン3次元構造の変化は未解明であった。本研究では、発癌や治療耐性を獲得する過程で、非コードRNAによる転写活性なクロマチン高次構造の形成機構を解明した。
本研究の成果は、現在注目を浴びているクロマチン高次構造の形成・維持の解明の一端を担うものに位置し、がんに対する新規の診断法や治療法につながると期待される。

Report

(3 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2024 2020 2019 Other

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 5 results) Presentation (4 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] Involvement of ferroptosis-defensive xCT/GPX4 axis in radioresistance and its impacts on prognosis in oral squamous cell carcinoma2024

    • Author(s)
      Ishikawa K, Matsuoka Y, Shinohara K, Inoue J, Yano H, Eto T, Yamamoto T, Yamana K, Gohara S, Takeshita H, Hirayama M, Kawahara K, Hirosue A, Fukugawa F, Yoshida R, Komohara Y, Nakayama H
    • Journal Title

      Oral Science International

      Volume: - Issue: 3 Pages: 359-372

    • DOI

      10.1002/osi2.1227

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] True facial artery aneurysm of the submandibular region: A rare case report2024

    • Author(s)
      Takeshita Hisashi、Yoshida Ryoji、Maeshiro Manabu、Yamamoto Tatsuro、Oyama Toru、Liu Rin、Ota Kazutoshi、Shinohara Masanori、Nakayama Hideki
    • Journal Title

      Journal of Oral and Maxillofacial Surgery, Medicine, and Pathology

      Volume: - Issue: 6 Pages: 850-854

    • DOI

      10.1016/j.ajoms.2024.04.002

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Nucleosome destabilization by nuclear non-coding RNAs.2020

    • Author(s)
      †Fujita R, †Yamamoto T, Arimura Y, Fujiwara S, Tachiwana H, Ichikawa Y, Sakata S, Yang L, Maruyama R, Hamada M, Nakao M, *Saitoh N, *Kurumizaka H
    • Journal Title

      Commun Biol

      Volume: 3 Issue: 1 Pages: 60-60

    • DOI

      10.1038/s42003-020-0784-9

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Enhanced Expression of IGFBP-3 Reduces Radiosensitivity and Is Associated with Poor Prognosis in Oral Squamous Cell Carcinoma2020

    • Author(s)
      Sakata J, Hirosue A, Yoshida R, Matsuoka Y, Kawahara K, Arita H, Nakashima H, Yamamoto T, Nagata M, Kawaguchi S, Gohara S, Nagao Y, Yamana K, Toya R, Murakami R, Kuwahara Y, Fukumoto M, Nakayama H
    • Journal Title

      Cancers (Basel)

      Volume: 12(2) Issue: 2 Pages: 494-494

    • DOI

      10.3390/cancers12020494

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Gene regulation by non-coding RNAs in the 3D genome architecture2020

    • Author(s)
      Tachiwana Hiroaki 、Yamamoto Tatsuro、Saitoh Noriko
    • Journal Title

      Current Opinion in Genetics and Development

      Volume: -

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 医学のあゆみ クロマチン高次構造2020

    • Author(s)
      山本達郎、福岡恵、斉藤典子
    • Journal Title

      医歯薬出版株式会社

      Volume: 272 Pages: 23-29

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Journal Article] The Eleanor ncRNAs activate the topological domain of the ESR1 locus to balance against apoptosis.2019

    • Author(s)
      †Abdalla MOA, †Yamamoto T, Maehara K, Ohkawa Y, Miura H, Hiratani I, Nakayama H, Nakao M, *Saitoh N
    • Journal Title

      Nat Commun

      Volume: 10 Issue: 1 Pages: 3778-3778

    • DOI

      10.1038/s41467-019-11378-4

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Eleanor 非コードRNAを介したクロマチンドメインの活性化は治療耐性乳がんの増殖と細胞死に関わる2019

    • Author(s)
      山本達郎、Abdalla Mohamed Osama、前原一満、野上順平、大川恭行、三浦尚、Rawin Poonperm、平谷伊智朗、中尾光善、斉藤典子
    • Organizer
      新学術領域研究 遺伝子制御の基盤となるクロマチンポテンシャル 第2回領域会議
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 乳がん細胞のエレノアクロマチンドメインは非コードRNAとクロマチン相互作用により制御される2019

    • Author(s)
      山本達郎、中山秀樹、中尾光善、斉藤典子
    • Organizer
      第78回日本癌学会学術総会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Eleanor 非コードRNAは乳がんの増殖と細胞死のバランスに関わる遠距離クロマチン相互作用を制御する2019

    • Author(s)
      山本達郎、Abdalla Mohamed Osama、前原一満、野上順平、大川恭行、三浦尚、Rawin Poonperm、平谷伊智朗、中尾光善、斉藤典子
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Eleanor 非コード RNA を介したクロマチン相互作用は治療耐性乳がんの増殖 と細胞死に関わる2019

    • Author(s)
      山本達郎、Abdalla Mohamed Osama、前原一満、大川恭行、三浦尚、平谷伊智朗、中尾光善、斉藤典子
    • Organizer
      第37回染色体ワークショップ・第18回核ダイナミクス研究会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Remarks] ゲノムDNAの立体構造から見えた乳がん細胞の弱点 - 再発乳がんの治療に新たな道 -

    • URL

      https://www.jfcr.or.jp/laboratory/news/6833.html

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] グリセオリンⅠの作用機序とその利用2019

    • Inventor(s)
      山本達郎、他
    • Industrial Property Rights Holder
      山本達郎、他
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2019
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Overseas

URL: 

Published: 2019-09-03   Modified: 2025-01-30  

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