• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Analysis of molecular evolution of various respiratory viruses in an area of the Philippines

Research Project

Project/Area Number 19KK0204
Research Category

Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 49:Pathology, infection/immunology, and related fields
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

押谷 仁  東北大学, 医学系研究科, 教授 (80419994)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 乙丸 礼乃  長崎大学, 熱帯医学研究所, 助教 (00849416)
岡本 道子  東北大学, 医学系研究科, 助教 (10593981)
古瀬 祐気  東京大学, 新世代感染症センター, 教授 (50740940)
小田切 崇  岩手医科大学, 医学部, 助教 (80770221)
Project Period (FY) 2019-10-07 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥18,460,000 (Direct Cost: ¥14,200,000、Indirect Cost: ¥4,260,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2021: ¥6,240,000 (Direct Cost: ¥4,800,000、Indirect Cost: ¥1,440,000)
Fiscal Year 2020: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000)
Fiscal Year 2019: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Keywordsフィリピン / インフルエンザウイルス / RSウイルス / メタニューモウイルス / エンテロウイルスD68 / コロナウイルス / 呼吸器感染症 / ライノウイルス / 呼吸器ウイルス / ウイルス学 / インフルエンザ / 分子進化 / 疫学
Outline of Research at the Start

呼吸器ウイルスの多くはヒトのみを宿主としており、ヒトからヒトに継続的に伝播することでウイルスが維持されていると考えられる。しかし、ウイルスがどのように維持されているかについては不明な点も多い。また、フィリピンのような熱帯・亜熱帯地域では、年間を通して呼吸器ウイルスが伝播しており、ウイルスの維持に重要な役割を果たしている可能性ある。熱帯地域に位置する小規模な島という環境で長期にわたり検出したウイルスを解析することにより、呼吸器ウイルスの地域内での伝播・維持のメカニズムについて明らかにするとともに、グローバルレベルでの呼吸器ウイルスの伝播・維持に果たす役割についても明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

本年度はインフルエンザウイルス(IFV)・RSウイルス(RSV)・メタニューモウイルス(MPV)・エンテロウイルスD68(EV-D68)・コロナウイルス(CoV)についての解析を進めた。IFVに関してはA(H3N2)についてどの程度ビリラン島に流入があるのかを解析し、定期的に異なる地域からのウイルスの流入があることが確認された。一方で流入したウイルスはビリラン島内で長期にわたって維持されることはほとんどなく、数カ月から半年程度で消滅していた。RSVとMPVについては、RSVの方が多く検出されるものの、遺伝子型の多様性はMPVの方が高いことが示された。またRSVの流行株はIFVと同様に世界の多くの地域からの流入があること確認された。近年のRSVの流行株のほとんどが60塩基(RSV-B)あるいは72塩基(RSV-A)の重複配列を持つウイルスであることが示されているが、MPVでも180塩基および111塩基の重複配列を持つものが多く検出されている。しかし、これらの重複配列にどのような伝播の優位性があるのかはわかっていない。EV-D68については2022年にビリラン島での研究を再開後にも、このウイルスが検出されその遺伝子型はClade B3であることが確認されたが、以前に流行していたClade B3株とは異なる配列を持つウイルスであった。CoVについては、マレーシアから新たなイヌコロナウイルスにより小児の重症感染事例が報告されたことから、ビリラン島の検体でも同様の方法で検出を試みたが、検出されたウイルスは既存のヒトコロナウイルスのみであり、イヌコロナウイルスを含めた動物のコロナウイルスは検出されなかった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

COVID-19のパンデミックにより渡航制限などがあったことから研究の進展が遅れていたが、研究期間を延長したことによりおおむね当初の予定通り研究が進んでいる。

Strategy for Future Research Activity

これまで得られた結果を論文としてまとめていく予定である。

Report

(5 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (30 results)

All 2024 2023 2022 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (7 results) Journal Article (12 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results,  Peer Reviewed: 12 results,  Open Access: 11 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 5 results) Remarks (3 results)

  • [Int'l Joint Research] Research Institute for Tropical Medicine(フィリピン)

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Int'l Joint Research] Research Institute for Tropical Medicine(フィリピン)

    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Int'l Joint Research] Research Institute of Tropical Medicine(フィリピン)

    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Int'l Joint Research] The UniversityTeaching Hospital(ザンビア)

    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Int'l Joint Research] National Institute of Public Health(カンボジア)

    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Int'l Joint Research] Research Institute of Tropical Medicine(フィリピン)

    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Int'l Joint Research] Research Institute of Tropical Medicine(フィリピン)

    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Journal Article] Lack of Zoonotic Coronavirus Species Detected Among Children Hospitalized With Pneumonia in the Philippines2023

    • Author(s)
      Sayama Yusuke、Okamoto Michiko、Saito Mayuko、Tamaki Raita、Saito-Obata Mariko、Quicho Reynaldo Frederick Negosa、Joboco Christina Dahlia、Lupisan Socorro、Oshitani Hitoshi
    • Journal Title

      Clinical Infectious Diseases

      Volume: 77 Issue: 11 Pages: 1612-1613

    • DOI

      10.1093/cid/ciad430

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Epidemiological and molecular characterization of Coxsackievirus A6 causing hand, foot, and mouth disease in the Philippines, 2012-2017.2023

    • Author(s)
      Foronda JLM, Jiao MMAD, Climacosa FMM, Oshitani H, Apostol LNG.
    • Journal Title

      Infection, Genetics and Evolution

      Volume: 114 Pages: 105498-105498

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Estimation of excess cardiovascular deaths after COVID-19 in 2020.2023

    • Author(s)
      Furuse Y.
    • Journal Title

      Journal of Infection

      Volume: 87(1) Issue: 1 Pages: e5-e7

    • DOI

      10.1016/j.jinf.2023.04.014

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Seroprevalence of four endemic human coronaviruses and, reactivity and neutralization capability against SARS-CoV-2 among children in the Philippines2023

    • Author(s)
      Yusuke Sayama, Michiko Okamoto, Mayuko Saito, Mariko Saito-Obata, Raita Tamaki, Christine Dahlia Joboco, Socorro Lupisan & Hitoshi Oshitani
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13:2310 Issue: 1 Pages: 1-8

    • DOI

      10.1038/s41598-023-29072-3

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cartography of SARS‐CoV‐2 variants based on the susceptibility to therapeutic monoclonal antibodies2022

    • Author(s)
      Furuse Yuki
    • Journal Title

      Journal of Medical Virology

      Volume: 95 Issue: 1

    • DOI

      10.1002/jmv.28275

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Properties of the Omicron Variant of SARS-CoV-2 Affect Public Health Measure Effectiveness in the COVID-19 Epidemic2022

    • Author(s)
      Furuse Yuki
    • Journal Title

      International Journal of Environmental Research and Public Health

      Volume: 19 Issue: 9 Pages: 4930-4930

    • DOI

      10.3390/ijerph19094930

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Comparison of Rhinovirus A-, B-, and C-Associated Respiratory Tract Illness Severity Based on the 5'-Untranslated Region Among Children Younger Than 5 Years2022

    • Author(s)
      Sayama A, Okamoto M, Tamaki R, Saito-Obata M, Saito M, Kamigaki T, Sayama Y, Lirio I, Manalo JIG, Tallo VL, Lupisan SP, Oshitani H.
    • Journal Title

      Open Forum of Infectious Diseases

      Volume: 9 Issue: 10

    • DOI

      10.1093/ofid/ofac387

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Near-Complete Genome Sequencing of Influenza C Virus in the Philippines between 2014 and 2019.2021

    • Author(s)
      Fujita D, Dapat C, Kagning Tsinda E, Saito M, Okamoto M, Saito-Obata M, Quiambao BP, Lupisan SP, Oshitani H.
    • Journal Title

      Microbiol Resour Announc.

      Volume: 10(49) Issue: 49

    • DOI

      10.1128/mra.00900-21

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Simulation study reveals factors that affect the predominance of SARS-CoV-2 novel variant.2021

    • Author(s)
      Furuse Y.
    • Journal Title

      Virology Journal

      Volume: 18(1) Issue: 1 Pages: 253-253

    • DOI

      10.1186/s12985-021-01726-6

    • NAID

      120007190864

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Identifying Potentially Beneficial Genetic Mutations Associated with Monophyletic Selective Sweep and a Proof-of-Concept Study with Viral Genetic Data2021

    • Author(s)
      Furuse Yuki
    • Journal Title

      mSystems

      Volume: 6 Issue: 1

    • DOI

      10.1128/msystems.01151-20

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Risk of transmission and viral shedding from the time of infection for Respiratory Syncytial Virus in households.2021

    • Author(s)
      Hirono Otomaru, Johanna Beulah T. Sornillo, Taro Kamigaki, Samantha Louise P. Bado, Michiko Okamoto, Mariko Saito-Obata, Marianette T. Inobaya, Edelwisa Segubre-Mercado, Portia P. Alday, Mayuko Saito, Veronica L. Tallo, Beatriz P. Quiambao, Hitoshi Oshitani, and Alex R Cook
    • Journal Title

      American Journal of Epidemiology

      Volume: -

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Epidemiological and clinical characteristics of children with acute respiratory viral infections in the Philippines: a prospective cohort study.2020

    • Author(s)
      Furuse Y, Tamaki R, Suzuki A, Kamigaki T, Okamoto M, Saito-Obata M, Nakagawa E, Saito M, Segubre-Mercado E, Tallo V, Lupisan S, Oshitani H.
    • Journal Title

      Clin Microbiol Infect.

      Volume: - Issue: 7 Pages: 1037.e9-1037.e14

    • DOI

      10.1016/j.cmi.2020.09.017

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Hidden impacts of COVID-19 and its vaccination: excess mortality of cardiovascular diseases by SARS-CoV-2 infection and counterfactual benefits of vaccination.2024

    • Author(s)
      Furuse Y.
    • Organizer
      The Joint 24th International Conference on Emerging Infectious Diseases in the Pacific Rim of the U.S.-Japan Cooperative Medical Sciences Program (USJCMSP) in collaboration with the IDRIC
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] I am sorry, but it’s time to think about the next pandemic.2023

    • Author(s)
      Furuse Y.
    • Organizer
      The 18th Congress of Asian Society for Pediatric Research
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] How I have dealt with Ebola, COVID-19, and Santa Claus.2023

    • Author(s)
      Furuse Y.
    • Organizer
      2023 Future Strategy Global Symposium
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] つぎのパンデミック。いつ?どこで?なにが??2023

    • Author(s)
      古瀬祐気
    • Organizer
      第70回日本ウイルス学会学術集会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] ウイルス性出血熱、COVID-19の経験から次のパンデミックは予測できるか?2023

    • Author(s)
      古瀬祐気
    • Organizer
      第97回日本感染症学会総会・学術講演会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 公衆衛生・国際保健・感染症対策の実際 ―エボラとコロナの経験から―2022

    • Author(s)
      古瀬祐気
    • Organizer
      九州沖縄小児感染免疫カンファレンス、オンライン
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] あの感染症対策の中の人2022

    • Author(s)
      古瀬祐気
    • Organizer
      異分野融合研究における細胞ダイバーシティの数理科学的解析に向けて; 新潟; 2022年8月
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 国際保健と感染症対策 ―WHOやクラスター班の中のひと―

    • Author(s)
      古瀬祐気
    • Organizer
      長崎県小児科医会総会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Remarks] 長崎大学医学部/ 大学院医歯薬学総合研究科 ウイルス学分野 古瀬祐気 研究室

    • URL

      https://furuse-lab.mystrikingly.com/

    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Remarks] 古瀬祐気研究室

    • URL

      https://furuse-lab.mystrikingly.com/#publication

    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Remarks] 岩手医科大学 医学部・微生物学講座 感染症学・免疫学分野

    • URL

      http://www.iwate-med-micro.org/overview.html

    • Related Report
      2021 Research-status Report

URL: 

Published: 2019-10-10   Modified: 2024-12-25  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi