胃癌におけるクロマチン構造異常による癌化機構の解明
| Project/Area Number |
19KK0415
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| Research Category |
Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (A))
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 43050:Genome biology-related
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| Research Institution | Chiba University |
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Principal Investigator |
岡部 篤史 千葉大学, 大学院医学研究院, 助教 (80778118)
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| Project Period (FY) |
2020 – 2023
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥15,210,000 (Direct Cost: ¥11,700,000、Indirect Cost: ¥3,510,000)
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| Keywords | クロマチン構造 / 胃癌 / エピゲノム |
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| Outline of Research at the Start |
胃癌におけるエピゲノム解析の専門家であり、高度なクロマチン構造解析技術を有するPatrick Tan教授との国際共同研究を行う。これにより胃癌細胞株やEBV感染過程におけるクロマチン構造異常を解明するだけでなく、胃癌臨床サンプルを用いたクロマチン構造異常の検証も可能となる。その成果はクロマチン構造異常がもたらす発癌機構を解明し、胃癌の新規治療・診断に向けた基盤データとなるだけでなく、転写制御研究の知見と臨床を橋渡しし、新たな治療概念を構築する独自性の高い研究となる。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本国際共同研究では、胃癌におけるクロマチン構造解析により、胃癌分子サブタイプとクロマチン構造異常との関連を明らかにし、癌化・癌悪性化メカニズムを解明する。新型コロナにより渡航が叶わなかったが、新たにEBV陰性胃癌臨床検体、EBV陽性胃癌臨床検体を用いたHi-C解析を進めた。また、胃癌Patient-derived xenograft（PDX）を用いて全エクソン解析、RNA-seq解析、InfiniumによるDNAメチル化解析を進め、データを取得した。同じ胃癌PDXサンプルを用いたHi-C解析を進め、クロマチン構造データの取得を進めている。
更に国際共同研究としてARID1A欠失細胞、MSH2変異細胞でのHi-C法によるクロマチン構造解析を進め、それぞれ国際共著論文としてGut誌、Cancer Research誌に報告した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
新型コロナウイルスの世界的な蔓延により、渡航が難しく、計画が進展しなかった。しかしながら、可能な範囲で国際共同研究を進めるため、国内で取得可能なデータの取得と解析を進めた。また、ZoomによるWeb会議によりディスカッションを進めている。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでに取得した胃癌細胞株でのクロマチン構造解析データ、胃癌PDXサンプルでのクロマチン構造解析データを遺伝子変異、遺伝子発現、DNAメチル化データと統合的に解析を進める。また、新型コロナの状況も落ち着いたことから、シンガポール渡航を進め、胃癌臨床サンプルを用いたクロマチン構造のデータ取得と、統合解析を進めていきたい。
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Report
(3 results)
Research Products
(29 results)
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[Journal Article] Repression of DERL3 via DNA methylation by Epstein-Barr virus latent membrane protein 1 in nasopharyngeal carcinoma2022
Author(s)
Kondo S, Okabe A, Nakagawa T, Matsusaka K, Fukuyo M, Rahmutulla B, Dochi H, Mizokami H, Kitagawa Y, Kurokawa T, Mima M, Endo K, Sugimoto H, Wakisaka N, Misawa K, Yoshizaki T, Kaneda A.
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Journal Title
Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Basis of Disease
Volume: 1869(2)
Issue: 2
Pages: 166598-166598
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] TET1 upregulation drives cancer cell growth through aberrant enhancer hydroxymethylation of HMGA2 in hepatocellular carcinoma.2021
Author(s)
Shirai K, Nagae G, Seki M, Kudo Y, Kamio A, Hayashi A, Okabe A, Ota S, Tsutsumi S, Fujita T, Yamamoto S, Nakaki R, Kanki Y, Osawa T, Midorikawa Y, Tateishi K, Ichinose M, Aburatani H.
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Journal Title
Cancer Sci.
Volume: 112
Issue: 7
Pages: 2855-2869
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Cross-species chromatin interactions drive transcriptional rewiring in Epstein-Barr virus-positive gastric adenocarcinoma2020
Author(s)
Okabe Atsushi, Huang Kie Kyon, Matsusaka Keisuke, Fukuyo Masaki, Xing Manjie, Ong Xuewen, Hoshii Takayuki, Usui Genki, Seki Motoaki, Mano Yasunobu, Rahmutulla Bahityar, Kanda Teru, Suzuki Takayoshi, Rha Sun Young, Ushiku Tetsuo, Fukayama Masashi, Tan Patrick, Kaneda Atsushi
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Journal Title
Nature Genetics
Volume: 52
Issue: 9
Pages: 919-930
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Presentation] Chromatin structural alteration induced by oncovirus infection aberrantly activate transcriptional regulation2021
Author(s)
Atsushi Okabe, Kie Kyon Huang, Keisuke Matsusaka, Masaki Fukuyo, Takayuki Hoshii, Bahityar Rahmutulla, Genki Usui, Teru Kanda, Tetsuo Ushiku, Masashi Fukayama, Patrick Tan, Atsushi Kaneda
Organizer
第44回日本分子生物学会年会
Related Report
Invited
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[Presentation] Heterochromatin rewiring by oncovirus infection through the novel mechanism ”enhancer infestation” in gastric adenocarcinoma2021
Author(s)
Atsushi Okabe, Kie Kyon Huang, Keisuke Matsusaka, Masaki Fukuyo, Takayuki Hoshii, Genki Usui, Motoaki Seki, Yasunobu Mano, Bahityar Rahmutulla, Teru Kanda, Takayoshi Suzuki, Tetsuo Ushiku, Masashi Fukayama, Patrick Tan, Atsushi Kaneda
Organizer
第80回日本癌学会学術総会
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Invited
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[Presentation] Heterochromatin disruption and chromatin structural rewiring induced by Epstein-Barr virus infection in gastric adenocarcinoma2021
Author(s)
Atsushi Okabe, Kie Kyon Huang, Keisuke Matsusaka, Masaki Fukuyo, Takayuki Hoshii, Bahityar Rahmutulla, Genki Usui, Teru Kanda, Tetsuo Ushiku, Masashi Fukayama, Patrick Tan, Atsushi Kaneda
Organizer
19th International Symposium on Epstein-Barr Virus and associated diseases
Related Report
Int'l Joint Research
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