| Project/Area Number |
20016022
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Kyushu Institute of Technology |
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Principal Investigator |
皿井 明倫 Kyushu Institute of Technology, 大学院・情報工学研究院, 教授 (20221286)
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| Project Period (FY) |
2008 – 2009
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2009)
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| Budget Amount *help |
¥7,900,000 (Direct Cost: ¥7,900,000)
Fiscal Year 2009: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,900,000)
Fiscal Year 2008: ¥4,000,000 (Direct Cost: ¥4,000,000)
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| Keywords | 転写因子 / 遺伝子発現制御 / 蛋白質・DNA認識 / ゲノム / データベース |
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| Research Abstract |
転写因子とターゲットの予測では、配列情報、構造情報、相互作用情報などの複数の情報や方法を組み合わせた予測を行うことにより予測精度を上げることを試み、実験との比較により実際に予測精度を上げることができた。また、予測結果と既知データとの比較を行い、その結果を予測法の改良にフィードバックし方法を改良した。特に、予測の基礎となる蛋白質・DNA認識のメカニズムなどについては、さらに詳しい研究を行い、計算機シミュレーションによりDNAの構造的・物理化学的特性などを詳しく調べた。これらの結果は、ゲノム上でのヌクレオソームのポジショニングの予測にも応用し、実験結果との良い一致がみられた。転写制御ネットワークの解析では、ターゲット遺伝子のプロモータ上に結合する転写因子のコンテクストとターゲット遺伝子の発現や機能との関係を解析した。また、転写因子間の共起関係や転写因子問の距離などの情報をもとにクラスタリングを行い、発現遺伝子の組織特異性との関係などについても解析を行った。
一方、これらの研究の基盤となるデータベースや解析ツールの開発もすすめた。蛋白質・核酸相互作用熱力学データベース、蛋白質・核酸複合体構造データベース、構造情報に基づいて蛋白質とDNAの直接認識と間接認識の特異性を計算するWebサーバ、ReadOUT、構造空間(ストラクチュローム)における分子相互作用ネットワークを解析するツール、PDBnet、などのデータの更新と機能強化を行った。
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Report
(2 results)
Research Products
(43 results)
