ホモ接合ハプロタイプ法の改良と,それによる疾患遺伝子解析
| Project/Area Number |
20018025
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Saitama Medical University |
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Principal Investigator |
萩原 弘一 Saitama Medical University, 医学部, 教授 (00240705)
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| Project Period (FY) |
2008 – 2009
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2009)
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| Budget Amount *help |
¥5,800,000 (Direct Cost: ¥5,800,000)
Fiscal Year 2009: ¥2,800,000 (Direct Cost: ¥2,800,000)
Fiscal Year 2008: ¥3,000,000 (Direct Cost: ¥3,000,000)
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| Keywords | 特発性肺線維症 / 急性増悪 / 薬剤性肺障害 / 全ゲノムSNP解析 / ホモ接合ハプロタイプ法 / GWS+ / ホモ接合指紋法 / HM on zHH / ホモ接合ハプロタイプ / 疾患遺伝子解析 / 全ゲノム関連解析 / ノンパラメトリック / 症例対象研究 / 高密度SNPチップ |
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| Research Abstract |
本研究では、(1)薬剤性肺障害に関与する遺伝子が「」common disease-common variant-common origin仮説」に従い日本人に広がった。(2)特発性肺線維症急性増悪に関与する遺伝因子も「common disease-common variant-common origin仮説」に従い日本人に広がった、という作業仮説のもと、両者が同一である可能性、異なる可能性を共に考慮に入れながら、ホモ接合ハプロタイプを用いた全ゲノム関連解析」を始めとする各種解析手法により両者の遺伝子を特定する。両者の遺伝子が同一か否か、比較対照しながら平行して研究する。
本年度は、検体収集を開始した。各協力施設から送られてくる加ヘパリン末梢血サンプルより有核細胞を分離し、EBウィルスとともに培養してリンパ芽球細胞株とし、常にDNAを継続採取出来るように準備するとともに末梢血より直接DNAを採取した。各検体に対して同様の処理を行った。薬剤性肺障害、特発性肺線維症急性増悪ともに80例程度の症例を収集することができた。また、アルゴリズムの開発も継続し、HH-GWAS法(投稿中)、HMonHH法(投稿準備中)を開発することができた。HMonHH法は、わずか2名の個人から疾患遺伝子の存在場所を推定する手法である。また一部全ゲノムSNP解析もAffymetrix社SNPアレイ6.0を使用し開始している。
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Report
(2 results)
Research Products
(3 results)
