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巨大モーター蛋白質ダイニンのX線構造解析

Research Project

Project/Area Number 20051006
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionOsaka University (2009)
The University of Tokyo (2008)

Principal Investigator

栗栖 源嗣  Osaka University, 蛋白質研究所, 教授 (90294131)

Project Period (FY) 2008 – 2009
Project Status Completed (Fiscal Year 2009)
Budget Amount *help
¥7,000,000 (Direct Cost: ¥7,000,000)
Fiscal Year 2009: ¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
Fiscal Year 2008: ¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
KeywordsX線結晶構造 / 細胞運動 / ダイニン / モータードメイン / 微小管 / 結晶解析 / 分子モーター
Research Abstract

細胞質ダイニンの微小管と結合する領域は、長いcoiled-coil領域によってATPの加水分解を行う球状ドメインと繋がれている。この微小管と結合するドメイン(coiled-coil領域を含む)はストークドメインと呼ばれている。100Aを超える長さを持つcoiled-coil構造が微小管結合とATPの加水分解という2つの連動したイベント情報を相互に伝えていることは間違いないが、その情報伝達の構造基盤については明らかになっていない。そこで、DynMDの結晶化と並行してダイニンストークドメインのX線結晶解析を行っている。再現性良く棒状の結晶を得ることに成功し、ゆっくり3日間かけて結晶化ドロップの状態で抗凍結剤を導入したSe-Met置換体結晶を使って3.2A分解能の良質のMADデータを収集した。MAD法により初期位相を決定することに成功し、coiled-coil領域の電子密度図を得ることに成功している。ダイニンのcoiled-coilは、一本のαヘリックスが真っ直ぐな構造をしており、対照的にもう一本のヘリックスが非常に湾曲した構造をとっていた。我々の結晶では、ストークヘッドの構造がハッキリしなかったが、Se-Metの位置からcoiled-coilの相対配置を特定できている。研究期間中にUCSFのR. Vale等のグループが世界に先駆けてマウス細胞質ダイニンのストークヘッドの結晶構造を発表した(Science 2008)。Vale等の構造と我々の構造とでは,coiled-coilの組合せが11残基ずれた関係にあった。このことは,coiled-coil構造を使った情報伝達の分子機構と相関があると考えられる。今後も,様々なコンストラクトを使って、この情報伝達機構に迫っていきたい。

Report

(2 results)
  • 2009 Annual Research Report
  • 2008 Annual Research Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2010 2009 2008

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (2 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Structural basis for chiral substrate recognition by two 2,3-butanediol dehydrogenases2010

    • Author(s)
      M.Otagiri, S.Ui, Y.Takusagawa, T.Ohtsuki, G.Kurisu, M.Kusunoki
    • Journal Title

      FEBS Letters 584

      Pages: 219-223

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional importance of Crenarchaea-specific extra-loop revealed by an X-ray structure of a heterotetrameric crenarchaeal splicing endonuclease2009

    • Author(s)
      S.Yoshinari, T.Shiba, D.K.Inaoka, T.Itoh, G.Kurisu, S.Harada, K.Kita, Y.Watanabe
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research 37

      Pages: 4787-4798

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray studies of the chromophore-binding domain of cyanobacteriochrome AnPixJ from Anabaena sp. PCC 71202009

    • Author(s)
      Narikawa, R., Muraki, N., Shiba, T., Ikeuchi, M. and Kurisu, G.
    • Journal Title

      Acta Crystallographica. Sec. F. 65

      Pages: 159-162

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structures of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase complexed with substrates and products : atomic resolution insights into mechanisms of dihydroorotate oxidation and fumarate reduction2008

    • Author(s)
      Inaoka, D. K., Sakamoto, K., Shimizu, H., Shiba, T., Kurisu, G., Nara, T., Aoki, T., Kita, K. and Harada, S.
    • Journal Title

      Biochemistry 47

      Pages: 10881-10891

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray studies of ferredoxin-NAD(P)+ reductase from Chlorobium tepidum2008

    • Author(s)
      Muraki, N., Seo, D., Shiba, T., Sakurai, T., Kurisu, G.
    • Journal Title

      Acta Crystallographica. Sec. F 64

      Pages: 186-189

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 不安定な複合体構造の解析-弱い相互作用を結晶構造で検証する2009

    • Author(s)
      栗栖源嗣
    • Organizer
      日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      全日空ホテル熊本ニュースカイ
    • Year and Date
      2009-05-20
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] Crystallographic studies of ferredoxin-NAD(P)+ reductase from Chlorobium tepidum2008

    • Author(s)
      Norifumi Muraki, Tomoo Shiba, Daisuke Seo, Takeshi Sakurai and Genji Kurisu
    • Organizer
      International Union of Crystallography, 2008
    • Place of Presentation
      大阪国際会議場
    • Year and Date
      2008-08-25
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Book] タンパク質の辞典(猪飼篤・伏見譲・卜部格・上野川修一・中村春木・浜窪隆雄編)2008

    • Author(s)
      栗栖源嗣(分担)
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      朝倉書店
    • Related Report
      2008 Annual Research Report

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Published: 2008-04-01   Modified: 2018-03-28  

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