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Exploring the free energy landscape of the folding and the intermediate ensemble of globular proteins.

Research Project

Project/Area Number 20570153
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Biophysics
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

MAKI Kosuke  Nagoya University, 理学研究科, 准教授 (30361570)

Project Period (FY) 2008 – 2010
Project Status Completed (Fiscal Year 2010)
Budget Amount *help
¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2010: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2009: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2008: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Keywords蛋白質 / フォールディング / 速度論 / 連続フロー法 / スタフィロコッカル・ヌクレアーゼ / エネルギー地形 / トリプトファン変異体
Research Abstract

The folding mechanisms of two globular proteins, staphylococcal nuclease and horse apomyoglobin, were investigated by using the ultrarapid mixing technique combined with the mutation analysis. Staphylococcal nuclease molecules were found to be already compact within the β-barrel domain several millisecond after the initiation of the folding reaction. Apomyoglobin accumulated at least one intermediate 100 microseconds after the initiation of the folding reaction, followed by the accumulation of at least two intermediate in the sequential pathway, before reaching the native state.

Report

(4 results)
  • 2010 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2009 Annual Research Report
  • 2008 Annual Research Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2010 2009 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (14 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] ストップト・フロー法を用いた速度論測定2010

    • Author(s)
      水上琢也、槇亙介
    • Journal Title

      蛋白質科学会アーカイブ 3

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ストップト・フロー法を用いた速度論測定2010

    • Author(s)
      水上琢也、槙亙介
    • Journal Title

      蛋白質秤学会アーカイブ

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  • [Presentation] Multistate FoldingKinetics and Equilibrium of Horse Apomyoglobin.2010

    • Author(s)
      水上琢也、槇亙介
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市・東北大学
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  • [Presentation] pH-Induced Folding and Unfolding of Apomyoglobin in the Submillisecond Time Range.2010

    • Author(s)
      水上琢也、槇亙介
    • Organizer
      The 4th International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
    • Place of Presentation
      滋賀県大津市・ピアザ近江
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  • [Presentation] 蛋白質のフォールディング研究:これまでの経路とこれからの地平2010

    • Author(s)
      槇亙介
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      北海道札幌市・札幌コンベンションセンター
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  • [Presentation] Folding of Apomyoglobin Explored by Ultrarapid Mixing Techniques.2010

    • Author(s)
      槇亙介、水上琢也
    • Organizer
      2010 Indo-Japan Joint Workshop on "New Frontiers of Molecular Spectroscopy; From Gas Phase to Proteins"
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市・ホテル北野プラザ六甲荘
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      2010 Final Research Report
  • [Presentation] Folding of Apomyoglobin Explored by Ultrarapid Mixing Techniques.2010

    • Author(s)
      愼亙介、水上琢也
    • Organizer
      2010 Indo-Japan Joint Workshop on "New Frontiers of Molecular Spectroscopy ; From Gas Phase to Proteins."
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市・ホテル北野プラザ六甲荘
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  • [Presentation] Multistate Folding Kinetics and Equilibrium of Horse Apomyoglobin.2010

    • Author(s)
      水上琢也、槙亙介
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市・東北大学
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  • [Presentation] スタフィロコッカル・ヌクレアーゼのフォールディング機構2009

    • Author(s)
      槇亙介
    • Organizer
      最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用プロジェクト・次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェア研究開発拠点:連続研究会「タンパク質機能(フォールディング)」
    • Place of Presentation
      東京都文京区・東京医科歯科大学
    • Year and Date
      2009-03-30
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  • [Presentation] スタフィロコツカル・ヌクレアーゼのフォールディング機構2009

    • Author(s)
      槇亙介
    • Organizer
      最先端・局性能汎用スーパーコンピュータの開発利用プロジェクト・次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェア研究開発拠点 : 連続研究会「タンパク質機能(フォールディング)」
    • Place of Presentation
      東京都文京区東京医科歯科大学
    • Year and Date
      2009-03-30
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      水上拓也、槇亙介
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      愛知県・名古屋大学
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  • [Presentation] バレル内にトリプトファンを導入したスタフィロコッカル・ヌクレアーゼ変異体のフォールディング2009

    • Author(s)
      鈴木精一、槇亙介
    • Organizer
      第9回日本蛋白質科学会年会
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      熊本県・熊本全日空ホテルニュースカイ
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      春日康子、槇亙介
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      第9回日本蛋白質科学会年会
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      熊本県・熊本全日空ホテルニュースカイ
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  • [Presentation] スタフィロコッカル・ヌクレアーゼの単一トリプトファン変異体(Trp66)のフォールディング2009

    • Author(s)
      春日康子、槇亙介
    • Organizer
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      熊本県・熊本全日空ホテルニュースカイ
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      鈴木精一、槇亙介
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      第9回日本蛋白質科学会年会
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      熊本県・熊本全日空ホテルニュースカイ
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  • [Presentation] Folding of Apornyoglobin Studied by Rapid Mixing Methods.2009

    • Author(s)
      水上拓也、槇亙介
    • Organizer
      The 3rd International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
    • Place of Presentation
      愛知県・名古屋大学
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  • [Remarks] ホームページ等

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Published: 2008-04-01   Modified: 2016-04-21  

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