Revealing catabolite-control mechanisms of soil bacteria

• Project/Area Number: 20580070
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Applied microbiology
• Research Institution: Tohoku University
• Principal Investigator: YOSHIYUKI Ohtsubo Tohoku University, 大学院・生命科学研究科, 助教 (40342761)
• Project Period (FY): 2008 – 2010
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2010)
• Budget Amount: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000); Fiscal Year 2010: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000); Fiscal Year 2009: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000); Fiscal Year 2008: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
• Keywords: カタボライト調節 / 土壌細菌 / 有機酸 / PCB分解菌

Research Abstract

Mechanisms of the catabolite control were investigated using two soil bacteria. Sensing by the bacteria of the repressive-carbon sources were achieved after the repressive-carbon sources were metabolized. The vidences that PTS systems might play a role in the catabolite control were obtained. It was also found that BphQ-mediated promoter activation required BphP, and the C-terminal domain of BphP had an activity to activate BphQ even in the presence of the repressive carbon sources.

Research Products

• [Journal Article] The lin genes for gamma-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas sp. MM-1 proved to be dispersed across multiple plasmids. (2011)
  • Author(s): Tabata, M., R.Endo, M.Ito, Y.Ohtsubo, A.Kumar, M. Tsuda, Y.Nagata
  • Journal Title: Biosci Biotechnol Biochem 75 Pages: 466-472
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The lin genes for γ-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas sp.MM-1 proved to be dispersed across multiple plasmids (2011)
  • Author(s): Tabata, M., et al.
  • Journal Title: Biosci.Biotechnol.Biochem. Volume: 75 Pages: 466-472
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Analysis of extracellular alginate lyase and its gene from a marine bacterial strain, Pseudoalteromonas atlantica AR06. (2010)
  • Author(s): Matsushima, R., H.Danno, M.Uchida, K.Ishihara, T.Suzuki, M.Kaneniwa, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • Journal Title: Appl Microbiol Biotechnol 86 Pages: 567-576
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Complete genome sequence of the representative gamma-hexachlorocyclohexane-degr ading bacterium Sphingobium japonicum UT26. (2010)
  • Author(s): Nagata, Y., 大坪嘉行, R.Endo, N.Ichikawa, A.Ankai, A.Oguchi, S.Fukui, N.Fujita, 津田雅孝
  • Journal Title: J Bacteriol 192 Pages: 5852-5853
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced in soil environment by in vivo expression technology. (2010)
  • Author(s): Nishiyama, E., 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • Journal Title: Environ Microbiol 12 Pages: 2539-2558
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ゲノム解析ソフトウエアGenomeMatcher. (2010)
  • Author(s): 大坪嘉行, 大坪和香子, 永田裕二, 津田雅孝
  • Journal Title: 化学と生物 48 Pages: 313-319
  • NAID: 10026438311
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 芳香族化合物による土壌撹乱における微生物遺伝子プールの変動 (2010)
  • Author(s): 加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • Journal Title: 環境バイオテクノロジー学会誌 10 Pages: 63-70
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Analysis of extracellular alginate lyase and its gene from a marine bacterial strain, Pseudoalteromonas atlantica AR06 (2010)
  • Author(s): Matsushima, R., et al.
  • Journal Title: Appl Microbiol Biotechnol. Volume: 86 Pages: 567-576
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced in soil environment by in vivo expression technology (2010)
  • Author(s): Nishiyama, E., et al.
  • Journal Title: Environmental Microbiology Volume: 12 Pages: 2539-2558
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Complete genome sequence of the representative γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium japonicum UT26 (2010)
  • Author(s): Nagata, Y., et al.
  • Journal Title: J.Bacteriol. Volume: 192 Pages: 5852-5853
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ゲノム解析ソフトウェアGenomeMatcher (2010)
  • Author(s): 大坪嘉行, ら
  • Journal Title: 化学と生物 Volume: 48 Pages: 313-319
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 芳香族化合物による土壌撹乱における微生物遺伝子プールの変動 (2010)
  • Author(s): 加藤広海, ら
  • Journal Title: 環境バイオテクノロジー学会誌 Volume: 10 Pages: 63-70
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced in soil environment by in vivo expression technology (2010)
  • Author(s): E.Nishiyama, et al.
  • Journal Title: Environmental Microbiology (in press)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 環境細菌ゲノムの構造と可塑性 -難分解性化合物分解の総合職と専門職の場合- (2009)
  • Author(s): 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • Journal Title: 化学と生物 47 Pages: 35-42
  • NAID: 10026434544
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明 (2009)
  • Author(s): 大坪嘉行, 西山依里, 永田裕二, 津田雅孝
  • Journal Title: 生物工学会誌 87 Pages: 434-436
  • NAID: 110007387598
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明 (2009)
  • Author(s): 大坪嘉行, ら
  • Journal Title: 生物工学会誌 87 Pages: 434-436
  • NAID: 110007387598
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 環境細菌ゲノムの構造と可塑性・難分解性化合物分解の総合職と専門職の場合 (2009)
  • Author(s): 大坪嘉行, ら
  • Journal Title: 化学と生物 47 Pages: 35-42
  • NAID: 10026434544
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 環境細菌ゲノムの構造と可塑性難分解性化合物分解の総合職と専門職の場合- (2009)
  • Author(s): 大坪嘉行, ら
  • Journal Title: 化学と生物 47 Pages: 35-42
  • NAID: 10026434544
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Insertion sequence-based cassette PCR : cultivation-independent isolation of gamma-hexachlorocyclohexane-degr ading genes from soil DNA. (2008)
  • Author(s): Fuchu, G., 大坪嘉行, M.Ito, R.Miyazaki, A.Ono, 永田裕二, 津田雅孝
  • Journal Title: Appl Microbiol Biotechnol 79 Pages: 627-32
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] GenomeMatcher : a graphical user interface for DNA sequence comparison. (2008)
  • Author(s): Ohtsubo, Y., W.Ikeda-Ohtsubo, 永田裕二, 津田雅孝
  • Journal Title: BMC Bioinformatics 9 Pages: 376-376
  • NAID: 120003728119
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Construction of signature-tagged mutant library in Mesorhizobium loti as a powerful tool for functional genomics. (2008)
  • Author(s): Shimoda, Y., H.Mitsui, H.Kamimatsuse, K.Minamisawa, 西山依里, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝, S.Shinpo, A.Watanabe, M.Kohara, M.Yamada, Y.Nakamura, S.Tabata, S.Sato.
  • Journal Title: DNA Res 15 Pages: 297-308
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Pleiotropic roles of iron-responsive transcriptional regulator Fur in Burkholderia multivorans. (2008)
  • Author(s): Yuhara, S., H.Komatsu, H.Goto, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
  • Journal Title: Microbiology 154 Pages: 1763-74
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Pleiotropic roles of iron-responsive transcriptional regulator Fur in Burkholderia multivorans (2008)
  • Author(s): S. Yuhara, et.al.
  • Journal Title: Microbiology 154 Pages: 1763-1774
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Insertion sequence-based cassette PCR : cultivation-independent isolation of γ-hexachlorocyclohexane-degrading genes from soil DNA (2008)
  • Author(s): G. Fuchu, et.al.
  • Journal Title: Appl. Microbiol. Biotechnol 79 Pages: 627-632
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Construction of signature-tagged mutant library,in Mesorhizobium loti as a powerful tool for functional genomics (2008)
  • Author(s): Y. Shimoda, et.al.
  • Journal Title: DNA Research 15 Pages: 297-308
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Characterization of the traD operon of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 : a host-range modifier in conjugative transfer (2008)
  • Author(s): R. Miyazaki, et.al.
  • Journal Title: J. Bacteriol. 190 Pages: 6281-6289
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] GenomeMatcher : A graphical user interface for DNA sequence comparison (2008)
  • Author(s): Y. Ohtsubo, et.al.
  • Journal Title: BMC Bioinformatics 9 Pages: 376-376
  • NAID: 120003728119
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 人為起源の環境汚染物質分解能を有する細菌ゲノムのダイナミズム (2011)
  • Author(s): 永田裕二
  • Organizer: 理研シンポジウム「微生物研究の潮流とそれを支えるリソース基盤」
  • Place of Presentation: 和光・理研
  • Year and Date: 2011-03-11
• [Presentation] ドラフトゲノム配列のFinishing支援ツール:454Finisher (2011)
  • Author(s): 大坪嘉行, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度大会
  • Place of Presentation: 京都・京都女子大学
• [Presentation] Sphingobium sp.MI1205株由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinB_MIのbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定 (2011)
  • Author(s): 森内良太, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度大会
  • Place of Presentation: 京都・京都女子大学
• [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄応答転写因子Furと過酸化水素応答転写因子OxyRの遺伝学的関連性の解明 (2011)
  • Author(s): 木村明音, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度大会
  • Place of Presentation: 京都・京都女子大学
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の同定 (2011)
  • Author(s): 千本木淳子, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度大会
  • Place of Presentation: 京都・京都女子大学
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌特異的発現遺伝子の解析 (2011)
  • Author(s): 三浦那智, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度大会
  • Place of Presentation: 京都・京都女子大学
• [Presentation] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達に関与するプラスミド因子と受容菌因子の解析 (2011)
  • Author(s): 井上慧, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度大会
  • Place of Presentation: 京都・京都女子大学
• [Presentation] 微生物ゲノム完全長決定支援ソフトウエア454Finisher(仮) (2011)
  • Author(s): 大坪嘉行, ら
  • Organizer: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] Acidovorax sp.KKS102におけるカタボライト抑制メカニズムの研究 (2011)
  • Author(s): 小沼かおり, ら
  • Organizer: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境中における特異的発現遺伝子の解析 (2011)
  • Author(s): 三浦那智, ら
  • Organizer: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株のFurとOxyRの遺伝学的関連とメカニズムの解明 (2011)
  • Author(s): 木村明音, ら
  • Organizer: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の探索・解析 (2011)
  • Author(s): 千本木淳子, ら
  • Organizer: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] Sphingobium sp.MI1205株由来の脱ハロゲン酵素LinB_MIのbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定 (2011)
  • Author(s): 森内良太, ら
  • Organizer: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] Genomic organization and its structural dynamism of Sphingobium japonicum UT26, an archetypal γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium (2011)
  • Author(s): Nagata, Y., et al.
  • Organizer: Indo-Swiss-Collaboration in Biotechnology International Conference "Recent Trends in Developing Bioremediation Strategies for Hexachlorocyclohexane (HCH) & Other Chlorinated Contaminants"
  • Place of Presentation: Delhi, India
• [Presentation] Aerobic degradation of lindane(γ-hexachlorocyclohexane) in Sphingobium japonicum UT26 and its biochemical and molecular basis (2011)
  • Author(s): Nagata, Y., et al.
  • Organizer: Indo-Swiss-Collaboration in Biotechnology International Conference "Recent Trends in Developing Bioremediation Strategies for Hexachlorocyclohexane (HCH) & Other Chlorinated Contaminants"
  • Place of Presentation: Delhi, India
• [Presentation] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株内にて転移する挿入配列検出系の構築 (2011)
  • Author(s): 西岡ましほ, ら
  • Organizer: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] 受容菌のリン酸基転移系によるIncP-9プラスミドNAH7の接合伝達制御機構 (2011)
  • Author(s): 井上慧, ら
  • Organizer: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] 機能ベースのメタゲノム的手法で取得した芳香族化合物代謝関連遺伝子群の解析 (2011)
  • Author(s): 菅原智詞, ら
  • Organizer: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解細菌Sphingomonas sp.MM-1株が有する分解関連プラスミドの機能解析 (2011)
  • Author(s): 田端理朗, ら
  • Organizer: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] gamma-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株由来の有機炭素源非添加無機培地で生育する変異株の解析 (2011)
  • Author(s): 宇井博紀, ら
  • Organizer: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] 液体集積培養系における有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解能を担う細菌株群に関する研究 (2011)
  • Author(s): 川角徹, ら
  • Organizer: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] 芳香族化合物汚染により誘導される土壌遺伝子プールの変動解析 (2011)
  • Author(s): 加藤広海, ら
  • Organizer: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] 土壌汚染により優先したBurkholderia群集の系統と代謝能力の遷移 (2011)
  • Author(s): 熊野知拡, ら
  • Organizer: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] Sphingomonas sp.MM-1株が有する有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解関連プラスミドの構造解析 (2011)
  • Author(s): 田端理朗, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度大会
  • Place of Presentation: 京都・京都女子大学
• [Presentation] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株内で転移する挿入配列検出系の構築 (2011)
  • Author(s): 西岡ましほ, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度大会
  • Place of Presentation: 京都・京都女子大学
• [Presentation] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解細菌の有機炭素源非添加無機培地での生育に関する研究 (2011)
  • Author(s): 宇井博紀, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度大会
  • Place of Presentation: 京都・京都女子大学
• [Presentation] 有機塩素系殺虫剤γ?hexachlorocyclohexane(HCH)分解機能を担う集積培養細菌叢に関する研究 (2011)
  • Author(s): 川角徹, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度大会
  • Place of Presentation: 京都・京都女子大学
• [Presentation] 土壌の汚染化によって起こる微生物遺伝子プールの変動 (2011)
  • Author(s): 加藤広海, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度大会
  • Place of Presentation: 京都・京都女子大学
• [Presentation] 土壌汚染によって優先したBurkholderia群集の系統および代謝能力の遷移 (2011)
  • Author(s): 熊野知拡, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度大会
  • Place of Presentation: 京都・京都女子大学
• [Presentation] 培養非依存的手法で取得した芳香族化合物代謝関連遺伝子群の解析 (2011)
  • Author(s): 菅原智詞, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度大会
  • Place of Presentation: 京都・京都女子大学
• [Presentation] Genetic interaction of global transcriptional regulators, Fur and OxyR, in Burkholderia multivorans (2010)
  • Author(s): Kimura, A., et al.
  • Organizer: International Forum for Adaptability Science II : Technolagies for a Sustainable Society
  • Place of Presentation: Sendai, Japan
  • Year and Date: 2010-12-03
• [Presentation] 微生物遺伝子資源の活用技術 (2010)
  • Author(s): 永田裕二, ら
  • Organizer: 東北大学-産総研 連携公開講演会
  • Place of Presentation: 東京・アキバホール
  • Year and Date: 2010-07-28
• [Presentation] 土壌汚染に対する微生物遺伝子プールの変動解析 (2010)
  • Author(s): 津田雅孝, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会シンポジウム
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
  • Year and Date: 2010-06-22
• [Presentation] 細菌機能を利用した難分解性環境汚染物質分解へのアプローチ (2010)
  • Author(s): 永田, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-30
• [Presentation] ゲノミックアイランド由来ParAホモログによるプラスミド分配阻害 (2010)
  • Author(s): 宮腰, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-30
• [Presentation] IncP-9プラスミドNAH7の接合伝達を制御する受蓉菌のリン酸基転移系 (2010)
  • Author(s): 井上, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-30
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境下で生育に必須な遺伝子の同定 (2010)
  • Author(s): 千本木, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-30
• [Presentation] GenomeMatcher :メタゲノム由来の大量リードの処理解析機能 (2010)
  • Author(s): 大坪, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-29
• [Presentation] GFPレポーター株によるPseudoalteromonas atlantica AR06株の菌体外アルギン酸リアーゼ(alyA)の発現解析 (2010)
  • Author(s): 松嶋, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-29
• [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株におけるカタボライト抑制とPTS (2010)
  • Author(s): 鈴木, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-29
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄応答転写因子Furと酸化ストレス応答転写因子OxyRの遺伝学的関連性 (2010)
  • Author(s): 木村, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-29
• [Presentation] アントラニル酸ジオキシゲナーゼ遺伝子の土壌中での機能に関する解析 (2010)
  • Author(s): 西山, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-29
• [Presentation] GenomeMatcher:メタゲノム由来の大量リードの処理解析機能 (2010)
  • Author(s): 大坪, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-29
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄応答転写因子Furと酸化ストレス応答転写因子OxvRの遺伝学的関連性 (2010)
  • Author(s): 木村, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-29
• [Presentation] Sphingobium sp.MI1205株由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinB-MIによるbeta-HCH分解反応機構に関する研究 (2010)
  • Author(s): 石塚, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-28
• [Presentation] 有機塩素系殺虫剤Y-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株におけるY-HCH分解酵素遺伝子欠落株の変異様式の解明 (2010)
  • Author(s): 夏井, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-28
• [Presentation] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解細菌Sphingomonas sp.MM-1株の分解関連プラスミドの解析 (2010)
  • Author(s): 田端, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-28
• [Presentation] Hexachlorocyclohexane(HCH)異性体汚染土壌由来の有機塩素系殺虫剤Y-HCH分解細菌叢の解析 (2010)
  • Author(s): 川角, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-28
• [Presentation] 多重汚染土壌メタゲノムライブラリーから取得した芳香族化合物初発酸化酵素遺伝子の解析 (2010)
  • Author(s): 菅原, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-28
• [Presentation] 第二世代シークエンサーを用いた土壌汚染に対する微生物遺伝子プールの変動解析、および汚染物質分解酵素遺伝子の取得 (2010)
  • Author(s): 加藤, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 東京大学(駒場)
  • Year and Date: 2010-03-28
• [Presentation] ゲノム解析に有用なGUIツール: GenomeMatcher (2010)
  • Author(s): 大坪, ら
  • Organizer: 第22回バイオエンジニアリング講演会
  • Place of Presentation: 岡山理科大学
  • Year and Date: 2010-01-09
• [Presentation] ゲノム解析に有用なGUIツール:GenomeMatcher (2010)
  • Author(s): 大坪, ら
  • Organizer: 第22回バイオエンジニアリング講演会
  • Place of Presentation: 岡山理科大学
  • Year and Date: 2010-01-09
• [Presentation] Organization and dynamism of gamma-hexachlorocyclohexane-degr ading bacterium Sphingobium japonicum UT26 genome (2010)
  • Author(s): 永田, et al.
  • Organizer: 14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • Place of Presentation: Rimini, Italy
• [Presentation] Genetic interaction of global transcriptional regulators, Fur and OxyR, in Burkholderia multivorans (2010)
  • Author(s): 木村明音, et al.
  • Organizer: 14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • Place of Presentation: Rimini, Italy
• [Presentation] PCB/biphenyl degradation operon repressed by different compounds in Acidovorax sp.KKS102 and Burkholderia multivorans ATCC 17616 (2010)
  • Author(s): 大坪嘉行, et al.
  • Organizer: 14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • Place of Presentation: Rimini, Italy
• [Presentation] Conjugative transfer of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 regulated by nitrogen-related phosphotransferase system of recipient cells (2010)
  • Author(s): 井上慧, et al.
  • Organizer: 14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • Place of Presentation: Rimini, Italy
• [Presentation] 第二世代シークエンサを用いた土壌汚染に伴う微生物の適応反応の解析 (2010)
  • Author(s): 加藤広海, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
• [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌特異的発現遺伝子の同定と解析 (2010)
  • Author(s): 西山依里, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
• [Presentation] 受容菌のリン酸基転移系によるナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達の制御機構の解析 (2010)
  • Author(s): 井上慧, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
• [Presentation] 土壌細菌Burkholderia multivoransにおける鉄応答転写因子と過酸化水素応答転写因子の関連 (2010)
  • Author(s): 木村明音, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
• [Presentation] 有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株における挿入配列IS6100を介したゲノムの動態 (2010)
  • Author(s): 夏井俊介, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
• [Presentation] Hexachlorocyclohexane (HCH)異性体汚染土壌由来の有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌叢の解析 (2010)
  • Author(s): 川角徹, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
• [Presentation] STM法による土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の探索 (2010)
  • Author(s): 千本木淳子, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
• [Presentation] 解析ソフトウエアGenomeMatcherのドラフトゲノムシーケンスのコンプリート支援機能 (2010)
  • Author(s): 大坪嘉行, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
• [Presentation] Solexaを用いた土壌メタゲノム解析における情報解析 (2010)
  • Author(s): 加藤, ら
  • Organizer: 第四回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 九州大学
• [Presentation] GenomeMatcherの新機能ContigAligner :第二世代シーケンサーによって得られたコンティグを参照ゲノムに沿って表示する機能 (2010)
  • Author(s): 大坪, ら
  • Organizer: 第四回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 九州大学
• [Presentation] 第二世代シークエンサを用いた、土壌汚染に伴う微生物の適応反応の解析 (2010)
  • Author(s): 加藤広海, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
• [Presentation] 有機塩素系殺虫剤γ-hexachlorocyclohexane(γ-HCH)分解細菌Sphingomonas sp.MM-1株が有するγ-HCH分解関連プラスミドの解析 (2010)
  • Author(s): 田端理朗, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
• [Presentation] メタゲノムアプローチにより多重汚染土壌から取得した芳香族化合物初発酸化酵素遺伝子の解析 (2010)
  • Author(s): 菅原智詞, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
• [Presentation] Hexachlorocyclohexane(HCH)異性体汚染土壌由来の有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌叢の解析 (2010)
  • Author(s): 川角徹, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
• [Presentation] 解析ソフトウエアGenome Matcherのドラフトゲノムシーケンスのコンプリート支援機能 (2010)
  • Author(s): 大坪嘉行, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
• [Presentation] 芳香族化合物分解系プラスミドの安定的維持を阻害する宿主因子 (2010)
  • Author(s): 宮腰昌利, ら
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北大学
• [Presentation] Fluctuation of gene pools of soil microbiota induced by contamination with aromatic hydrocarbons (2010)
  • Author(s): Kato, H., et al.
  • Organizer: 13th International Society for Microbial Ecology Conference
  • Place of Presentation: Seattle, USA
• [Presentation] Organization and dynamism of gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium japonicum UT26 genome (2010)
  • Author(s): Nagata, Y., et al.
  • Organizer: 14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • Place of Presentation: Rimini, Italy
• [Presentation] PCB/biphenyl degradation operon repressed by different compounds in Acidovorax sp.KKS 102 and Burkholderia multivorans ATCC 17616 (2010)
  • Author(s): Ohtsubo, Y., et al.
  • Organizer: 14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • Place of Presentation: Rimini, Italy
• [Presentation] 芳香族化合物汚染により誘導される土壌メタゲノムの変動様式とそのメカニズム (2010)
  • Author(s): 加藤広海, ら
  • Organizer: 第26回日本微生物生態学会
  • Place of Presentation: つくば・筑波大学
• [Presentation] Gamma-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株由来の極貧炭素源条件下で生育する変異株の解析 (2010)
  • Author(s): 宇井博紀, ら
  • Organizer: 第26回日本微生物生態学会
  • Place of Presentation: つくば・筑波大学
• [Presentation] IncP-9プラスミドNAH7の接合伝達を制御する受容菌のリン酸基転移系 (2010)
  • Author(s): 井上, ら
  • Organizer: 第四回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 九州大学
• [Presentation] 有機塩素系殺虫剤gammma-HCH分解細菌Sphingobium joponicum UT26株におけるgamma-HCH分解酵素遺伝子欠落株の変異様式の解明 (2010)
  • Author(s): 夏井, ら
  • Organizer: 第四回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 九州大学
• [Presentation] GenomeMatcherの新機能ContigAhgner:第二世代シーケンサーによって得られたコンティグを参照ゲノムに沿って表示する機能 (2010)
  • Author(s): 大坪, ら
  • Organizer: 第四回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 九州大学
• [Presentation] 芳香族化合物による土壌撹乱に対する微生物反応のメタゲノム的解析 (2009)
  • Author(s): 加藤, ら
  • Organizer: 微生物生態学会第25回大会
  • Place of Presentation: 広島大学
  • Year and Date: 2009-11-21
• [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株におけるカタボライト抑制メカニズムの解明 (2009)
  • Author(s): 鈴木, ら
  • Organizer: 日本生化学会第81回大会
  • Place of Presentation: 神戸
• [Presentation] Agrobacterium tumefaciens C58株由来の新規ハロアルカンデハロゲナーゼDatAの解析 (2009)
  • Author(s): 石塚真祐子, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616の愛媛土壌特異的発現遺伝子の鹿島台土壌における発現誘導性の検討 (2009)
  • Author(s): 山本泰弘, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株のFurを介した一酸化窒素(NO)に対する適応機構 (2009)
  • Author(s): 湯原悟志, ら
  • Organizer: 第3回日本ゲノム微生物学会総会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] GenomeMatcher :比較ゲノムソフトウエアとその付属機能 (2009)
  • Author(s): 大坪嘉行, ら
  • Organizer: 第3回日本ゲノム微生物学会総会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] 自己伝達性プラスミドの接合伝達過程における転写誘導 (2009)
  • Author(s): 宮腰昌利, ら
  • Organizer: 第3回日本ゲノム微生物学会総会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] GenomeMatcher : 比較ゲノムソフトウエアとその付属機能 (2009)
  • Author(s): 大坪嘉行, ら
  • Organizer: 第3回日本ゲノム微生物学会総会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達に関与する受容菌側因子の解析 (2009)
  • Author(s): 井上慧, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCHモデル汚染土壌由来のHCH分解菌の単離と解析 (2009)
  • Author(s): 遠藤諒, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] 芳香族化合物による土壌の汚染化に対する土壌細菌集団の応答 (2009)
  • Author(s): 遠藤諒, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] Sphingomonas sp.MM-1株のgamma-HCH分解関連プラスミドの構造解析 (2009)
  • Author(s): 田端理朗, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株のカタボライト調節における抑制基質認識メカニズムの解明 (2009)
  • Author(s): 鈴木信太郎, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] 比較ゲノムソフトウエアGenomeMatcherとその付属機能 (2009)
  • Author(s): 大坪嘉行, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] Pseudoalteromomas atlantica AR06株の産生するアルギン酸リアーゼAlyAの解析 (2009)
  • Author(s): 松嶋良次, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] IncP-7群プラスミドの分配機構による宿主特異性 (2009)
  • Author(s): 宮腰昌利, ら
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] Molecular genetic approaches for elucidating adaptive strategies of bacteria in soil (2008)
  • Author(s): 永田, et al.
  • Organizer: ISSM satellite symposium "Environmental genomics"
  • Place of Presentation: Tokyo, Japan
  • Year and Date: 2008-11-15
• [Presentation] Characterization of plasmids from gamma-hexachlorocyclohexane-degr ading bacterium Sphingomonas sp.MM-1 (2008)
  • Author(s): M.Tabata, et al.
  • Organizer: International Plasmid Biology Conference 2008
  • Place of Presentation: Gdansk, Poland
• [Presentation] Reconstruction of transcription networks by the conjugative transfer of IncP plasmids (2008)
  • Author(s): M.Miyakoshi, et al.
  • Organizer: International Plasmid Biology Conference 2008
  • Place of Presentation: Gdansk, Poland
• [Presentation] Characterization of the traD operon in Incp-9 plasmid NAH7 : a host-range modifier in conjugative transfer (2008)
  • Author(s): R.Miyazaki, et al.
  • Organizer: International Plasmid Biology Conference 2008
  • Place of Presentation: Gdansk, Poland
• [Presentation] 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明 (2008)
  • Author(s): 大坪嘉行, ら
  • Organizer: 日本生物工学会大会シンポジウム
  • Place of Presentation: 仙台
• [Presentation] Characterization of plasmids from gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingomonas sp. MM-1 (2008)
  • Author(s): M. Tabata, et.al.
  • Organizer: International Plasmid Biology Conference 2008
  • Place of Presentation: Gdansk, Poland
• [Presentation] Analysis of alginate lyase and its gene from Pseudoalteromonas atlantica AR06 (2008)
  • Author(s): R. Matsushima, et.al.
  • Organizer: 5th World Fisheries Congress
  • Place of Presentation: Yokohama, Japan
• [Remarks] ホームページ等
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhome.html
• [Remarks]
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhome.html
• [Remarks]
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhome.html
• [Remarks]
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhomeJp.html