In silico searching for biologically active peptides with a C-terminal amide based on h uman genome DNA structure

• Project/Area Number: 20590248
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: General pharmacology
• Research Institution: Chiba University
• Principal Investigator: KIMURA Sadao Chiba University, 大学院・医学研究院, 教授 (40134225)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): KASUYA Yoshitoshi 千葉大学, 大学院・医学研究院, 准教授 (70221877) ; NISHIYAMA Mariko 千葉大学, 大学院・医学研究院, 助教 (00092081)
• Project Period (FY): 2008 – 2010
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2010)
• Budget Amount: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000); Fiscal Year 2010: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000); Fiscal Year 2009: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000); Fiscal Year 2008: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
• Keywords: 生理活性ペプチド / 生合成経路 / オーファン受容体 / G蛋白質共役型受容体 / GPCR / in silico / G蛋白質共役受容体 / ゲノム構造 / バイオインフォーマティクス / G蛋白質共役受容 / バイオインフオーマティクス

Research Abstract

We have developed the computer program soft to predict the bioactive peptides based on the amino acid sequences of the precursor protein. The empirical biosynthetic rules of bioactive peptide from their precursor proteins were incorporated into the program, namely, precursor proteins contain a signal peptide and 50-300 amino acid residues, the lengths of the active peptides are 6-60 amino acid residues with 0～2 cystine (disulfide bond), and dibasic amino acid pairs at the cleavage sites. From the data bank of human genome structure (33,119 proteins), we predicted 352 candidates of bioactive peptides with a C-terminal amide. About 200 peptides of them were chemically synthesized and analyzed whether they are ligands to orphan G protein-coupled receptors or not.

Research Products

• [Journal Article] Potent and selective inhibition of angiotensin AT1 receptor signalling by RGS2 : Roles of its N-terminal domain. (2011)
  • Author(s): Matsuzaki N, Nishiyama M, Song D, Moroi K, Kimura S
  • Journal Title: Cellular Signalling 23(6) Pages: 1041-1049
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Potent and selective inhibition of angiotensin AT1 receptor signaling by RGS2 : Roles of its N-terminal dolnain. (2011)
  • Author(s): atsuzaki N, Nishiyama M, Song D, Moroi K, Kimura S
  • Journal Title: Cellular Signalling Volume: 23 Pages: 1041-1049
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] N-type calcium channel in the pathogenesis of experimental autoimmune encephalomyelitis (2010)
  • Author(s): Tokuhara N, Namiki K, Uesugi M, Miyamoto C, Ohgoh M, Ido K, Yoshinaga T, Yamauchi T, Kuromitsu J, Kimura S, Miyamoto N, Kasuya Y
  • Journal Title: J.Biol.Chem. 285(43) Pages: 33294-33306
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The utilization of gene targeting models during in preclinical study of drug discovery process-Example of phenotypic and functional analysis of Cacna1b gene product- (2009)
  • Author(s): Miyamoto N, Namiki K, Tokuhara N, Uesugi M, Takahashi E, Kuromitsu J, Kasuya Y
  • Journal Title: Curr Pharmaceut Biotech 10(2) Pages: 261-267
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Arginine methylation of FOXO transcription factors inhibits their phosphorylation by Akt. (2008)
  • Author(s): Yamagata K, Daitoku H, Takahashi Y, Namiki K, Hisatake K, Kako K, Mukai H, Kasuya Y, Fukamizu A
  • Journal Title: Mol.Cell 32(2) Pages: 221-231
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Oxidative stress-induced ubiquitination of RCAN1 mediated by SCFbeta-TrCP ubiquitin ligase. (2008)
  • Author(s): Asada S, Ikeda A, Nagao R, Hama H, Sudo T, Fukamizu A, Kasuya Y, Kishi T
  • Journal Title: Int.J.Mol.Med 22(1) Pages: 95-104
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Impaired Placental Neovascularization in Mice with Pregnancy- Associated Hypertension. (2008)
  • Author(s): Furuya M, Ishida J, Inaba S, Kasuya Y, Kimura S, Nemori R, Fukamizu A
  • Journal Title: Laboratory Investigation 88(4) Pages: 416-429
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Impaired Placental Neovascularization in Mice with Pregnancy-Associated Hypertension (2008)
  • Author(s): Furuya M, Ishida J, Inaba S, Kasuya Y, Kimura S, Nemori R, Fukamizu A
  • Journal Title: Laboratory Investigation 88 Pages: 416-429
  • Peer Reviewed
• [Presentation] RGS2の選択的なアンジオテンシンAT1受容体シグナリング抑制効果におけるN末端部サブドメインの役割 (2011)
  • Author(s): 松崎直子・西山眞理子・宋丹・諸井佳代子・木村定雄
  • Organizer: 第84回日本薬理学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2011-03-24
• [Presentation] EAEにおけるp38の関与様式 (2011)
  • Author(s): 並木香奈・松永博文・石田純治・徳原直紀・上杉麻衣・須藤龍彦・萩原昌彦・深水昭吉・木村定雄・粕谷善俊
  • Organizer: 第84回日本薬理学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2011-03-24
• [Presentation] RGS2の選択的なアンジオテンシンATI受容体シグナリング抑制効果におけるN末端サブドメインの役割 (2011)
  • Author(s): 松崎直子, 西山真理子, 諸井佳代子, 木村定雄
  • Organizer: 日本薬理学会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県)
  • Year and Date: 2011-03-24
• [Presentation] 肺繊維症の病態における蛋白質リン酸化のシグナル経路 (2011)
  • Author(s): 小林健・田中健介・天野寛之・松永博文・萩原昌彦・木村定雄・巽浩一郎・粕谷善俊
  • Organizer: 第84回日本薬理学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2011-03-23
• [Presentation] 実験的自己免疫性脳脊髄炎の病態進展におけるN型カルシウムチャンネルの関与 (2011)
  • Author(s): 徳原直紀・並木香奈・上杉麻衣・宮本健優・大郷真・山内敏彦・黒光淳郎・木村定雄・宮本健優・粕谷善俊
  • Organizer: 第84回日本薬理学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2011-03-22
• [Presentation] COPD発症における介在分子の網羅的解析 (2011)
  • Author(s): 田中健介・松永博文・天野寛之・小林健・石田純治・深水昭吉・萩原昌彦・木村定雄・巽浩一郎・粕谷善俊
  • Organizer: 第84回日本薬理学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2011-03-22
• [Presentation] 実験的自己免疫性脳脊髄炎の病態進展におけるN型カルシウムチャネルの関与 (2011)
  • Author(s): 徳原直紀, 並木香奈, 上杉麻依, 宮本千弘, 大郷真, 山内敏彦, 黒光淳郎, 木村定雄, 宮本憲優, 粕谷善俊
  • Organizer: 日本薬理学会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県)
  • Year and Date: 2011-03-22
• [Presentation] COPD発症における介在分子の網羅的解析 (2011)
  • Author(s): 田中健介, 松永博文, 天野寛之, 小林健, 石田純治, 深水昭吉, 荻原昌彦, 木村定雄, 巽浩一郎, 粕谷善俊
  • Organizer: 日本薬理学会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県)
  • Year and Date: 2011-03-22
• [Presentation] ブレオマイシン誘導性間質性肺炎成立におけるp38MAPKの役割 (2010)
  • Author(s): 粕谷善俊・杉山文博・松尾祐志・並木香奈・石田純治・桑木共之・須藤龍彦・柴田さゆり・萩原昌彦・巽浩一郎・深水昭吉・木村定雄
  • Organizer: 第83回日本薬理学会年会
  • Place of Presentation: 大阪
  • Year and Date: 2010-03-17
• [Presentation] ブレオマイシン誘導性間質性肺炎成立におけるp38MAPKの役割 (2010)
  • Author(s): 粕谷善俊、杉山文博、松尾祐志、並木香奈、石田純治、桑木共之、須藤龍彦、柴田さゆり、萩原正彦、巽浩一郎、深水昭吉、木村定雄
  • Organizer: 日本薬理学会
  • Place of Presentation: 大阪国際会議場
  • Year and Date: 2010-03-17
• [Presentation] RGS2の選択的なAT1受容体シグナリング抑制効果-RGS2のN末端ドメインの役割- (2010)
  • Author(s): 松崎直子・西山眞理子・諸井佳代子・木村定雄
  • Organizer: 第83回日本薬理学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2010-03-16
• [Presentation] モルモットβ1アドレナリン受容体の細胞内情報特性 (2010)
  • Author(s): 柴田さゆり・田中芳夫・高橋裕美・木村定雄・粕谷善俊
  • Organizer: 第83回日本薬理学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2010-03-16
• [Presentation] RGS2の選択的なAT1a受容体シグナリング抑制効果-RGS2のN末端部の役割- (2010)
  • Author(s): 松崎直子、西山真理子、諸井佳代子、木村定雄
  • Organizer: 日本薬理学会
  • Place of Presentation: 大阪国際会議場
  • Year and Date: 2010-03-16
• [Presentation] モルモットβアドレナリン受容体の細胞内情報特性 (2010)
  • Author(s): 柴田さゆり、田中芳夫、高橋裕美、木村定雄、粕谷善俊
  • Organizer: 日本薬理学会
  • Place of Presentation: 大阪国際会議場
  • Year and Date: 2010-03-16
• [Presentation] EAEにおけるp38の役割 (2009)
  • Author(s): 並木香奈・徳原直紀・上杉麻衣・須藤龍彦・高橋裕美・黒光淳郎・木村定雄・宮本憲優・粕谷善俊
  • Organizer: 第82回日本薬理学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2009-03-18
• [Presentation] 未知のモルモットβ1-aderenergic receptor遺伝子のクローニングとその機能解析 (2009)
  • Author(s): 高橋裕美・田中芳夫・木村定雄・小池勝夫・粕谷善俊
  • Organizer: 第82回日本薬理学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2009-03-17
• [Presentation] 未知のモルモットβ1-adrenergic receptor遺伝子のクローニングとその機能解析 (2009)
  • Author(s): 高橋裕美、田中芳夫、木村定雄、小池勝夫、粕屋善俊
  • Organizer: 日本薬理学会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2009-03-17
• [Presentation] 未知のモルモットβ1-adrenergic receptor遺伝子のクローニングとその機能解析 (2008)
  • Author(s): 高橋裕美・田中芳夫・木村定雄・小池勝夫・粕谷善俊
  • Organizer: 第118回日本薬理学会関東部会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2008-06-07
• [Remarks] ホームページ等
  • URL: http://www.m.chiba-u.ac.jp/class/bunsiseitai/index.html
• [Remarks]
  • URL: http://www.m.chiba-u.jp/class/bunsiseitai/research-new.htm
• [Remarks]
  • URL: http://www.m.chiba-u.jp/class/bunsiseitai/research-new.htm
• [Remarks]
  • URL: http://www.m.chiba-u.jp/class/bunsiseitai/research-new.htm