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Reaction-diffusion modeling for intracellular environment

Research Project

Project/Area Number 20740243
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Biophysics/Chemical physics
Research InstitutionKobe University (2011)
Osaka University (2008-2010)

Principal Investigator

TOGASHI Yuichi  神戸大学, 大学院・システム情報学研究科, 講師 (50456919)

Project Period (FY) 2008 – 2011
Project Status Completed (Fiscal Year 2011)
Budget Amount *help
¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2011: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2010: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2009: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2008: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Keywords生物物理学 / 分子機械 / 細胞 / 超分子混雑 / 自己組織化 / 反応拡散系 / 位相振動子系 / 時空間パターン / 酵素反応 / 数理モデル / シミュレーション
Research Abstract

The activities of biological cells are maintained by chemical reactions. The environment in the cell is however distinct from typical macroscopic reactors ; cells are highly crowded with macromolecules including molecular machines(e. g. enzymes), whose function is coupled with the active molecular motion, and also complex structures such as membranes and cytoskeletons. We investigated how these features of the cell may affect the reaction-diffusion behavior. We found spatiotemporal patterns in which both molecular crowding and machine motion are involved, which suggest significance of molecular "motion" in the cell.

Report

(6 results)
  • 2011 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2010 Annual Research Report   Self-evaluation Report ( PDF )
  • 2009 Annual Research Report
  • 2008 Annual Research Report
  • Research Products

    (29 results)

All 2012 2011 2010 2009 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (22 results) Remarks (6 results)

  • [Journal Article] Modeling Bio-Molecular Machinery in the Complex Environment inside the Cell2011

    • Author(s)
      Yuichi Togashi
    • Journal Title

      Proceedings of 2011 IEEE/IPSJ International Symposium on Applications and the Internet

      Volume: 266 Pages: 266-266

    • DOI

      10.1109/saint.2011.50

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    • Author(s)
      Yuichi Togashi
    • Organizer
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    • Place of Presentation
      神戸大学(兵庫県)
    • Year and Date
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    • Year and Date
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      冨樫祐一
    • Organizer
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      富山大学(富山県)
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    • Author(s)
      Yuichi Togashi
    • Organizer
      The 11th IEEE/IPSJ International Symposium on Applications and the Internet(SAINT2011)
    • Place of Presentation
      Holiday Inn Munich City Centre(ドイツ)
    • Year and Date
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      Yuichi Togashi
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      Holiday Inn Munich City Centre(ドイツ)(招待講演)
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      東北大学(宮城県)
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Published: 2008-04-01   Modified: 2016-04-21  

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