Detection of adaptive divergence between the Japan Sea and Pacific Ocean lineages for a fish: ecological genomic analysis

• Project/Area Number: 20780139
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: General fisheries
• Research Institution: Fukui Prefectural University
• Principal Investigator: KOKITA Tomoyuki Fukui Prefectural University, 海洋生物資源学部, 講師 (60372835)
• Project Period (FY): 2008 – 2009
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2009)
• Budget Amount: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000); Fiscal Year 2009: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000); Fiscal Year 2008: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
• Keywords: 適応的分化 / 局所適応 / 自然選択 / 魚類 / 海洋生態系 / エコゲノミクス / 適応進化 / 自然淘汰 / 遺伝資源

Research Abstract

Population genomic analyses were conducted using the anadromous fish Leucopsarion petersii as a model system to detect adaptive divergence among populations within a single species in marine environments. Genome scan using many microsatellites and candidate gene markers revealed that there were genomic signatures of positive selection in the Japan Sea lineage of this species. Thus, it is strongly suggested that adaptive divergence have occurred between the Japan Sea and Pacific Ocean lineages of this species.

Research Products

• [Journal Article] 自然集団の適応的分化の検出-モデル系としての日本在来魚- (2010)
  • Author(s): 小北智之、山平寿智
  • Journal Title: 月刊海洋 42巻 Pages: 317-322
• [Journal Article] 歴史的変動海洋環境におけるシロウオ集団の適応的分化-エコゲノミクスからのアプローチ- (2010)
  • Author(s): 小北智之
  • Journal Title: 月刊海洋 42巻 Pages: 353-362
• [Journal Article] Heterochronic differences in fin development between latitudianl populations of the medaka Oryzais latipes (Actinopterygii : Adrianichthyidae) (2009)
  • Author(s): M.Kawajiri, T.Kokita, K.Yamahira
  • Journal Title: Biological Journal of the linnean Society 97 Pages: 571-580
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Isolation and characterization of polymorphic trinucleotide and dinucleotide microsateRite loci for the ice goby, Leucopsarion petersii (2008)
  • Author(s): T. Kokita, S. Takahashi
  • Journal Title: Molecular Ecology Resources 8 Pages: 305-307
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Population genetic structure of the neon damselfish(Pomacentrus coeles tis)in the northwest Pacific Ocean (2008)
  • Author(s): SY. Liu, T. Kokita, CF. Dai
  • Journal Title: Marine Biology 154 Pages: 745-753
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 集団ゲノミクス解析によるシロウオ海域特異的適応遺伝子の探索 (2010)
  • Author(s): 小北智之、高橋明香、熊田裕喜
  • Organizer: 平成22年日本水産学会春季大会
  • Place of Presentation: 日本大学(藤沢市)
  • Year and Date: 2010-03-27
• [Presentation] 集団ゲノミクス解析によるシロウオ海域特異的適応遺伝子の探索 (2010)
  • Author(s): 小北智之・高橋明香・熊田裕喜
  • Organizer: 平成22年日本水産学会
  • Place of Presentation: 日本大学(藤沢市)
  • Year and Date: 2010-03-27
• [Presentation] 湖番種における浸透性交雑と雑種個体の生活史パターン (2010)
  • Author(s): 小北智之・熊田裕喜・奥田昇
  • Organizer: 第57回日本生態学会
  • Place of Presentation: 東京大学(東京都)
  • Year and Date: 2010-03-18
• [Presentation] 魚類研究における適応的分化の検出方法 (2009)
  • Author(s): 小北智之、山平寿智
  • Organizer: 年会シンポジウム「日本在来魚における適応的分化:その実態とエコゲノミクスへの展望」、2009年度日本魚類学会年会
  • Place of Presentation: 東京海洋大学(東京都)
  • Year and Date: 2009-10-12
• [Presentation] 変動環境下の適応進化:シロウオ日本海型と太平洋型を用いたゲノムスキャンから (2009)
  • Author(s): 小北智之
  • Organizer: 年会シンポジウム「日本在来魚における適応的分化:その実態とエコゲノミクスへの展望」、2009年度日本魚類学会年会
  • Place of Presentation: 東京海洋大学(東京都)
  • Year and Date: 2009-10-12
• [Presentation] 魚類研究における適応的分化の検出方法.年会シンポジウム「日本在来魚における適応的分化:その実態とエコゲノミクスへの展望」 (2009)
  • Author(s): 小北智之・山平寿智
  • Organizer: 2009年度日本魚類学会年会
  • Place of Presentation: 東京海洋大学(東京都)
  • Year and Date: 2009-10-12
• [Presentation] 変動環境下の適応進化:シロウオ日本海型と太平洋型を用いたゲノムスキャンから.年会シンポジウム「日本在来魚における適応的分化:その実態とエコゲノミクスへの展望」 (2009)
  • Author(s): 小北智之
  • Organizer: 2009年度日本魚類学会年会
  • Place of Presentation: 東京海洋大学(東京都)
  • Year and Date: 2009-10-12
• [Presentation] シロウオ日本海型と太平洋型の適応的分化に関与した遺伝子座の探索:ゲノムスキャンを用いた解析 (2008)
  • Author(s): 高橋明香、小北智之
  • Organizer: 2008年度日本魚類学会年会
  • Place of Presentation: 愛媛大学(松山市)
  • Year and Date: 2008-09-22
• [Presentation] シロウオ日本海型と太平洋型の適応的分化に関与した遺伝子座の探索 : ゲノムスキャンを用いた解析 (2008)
  • Author(s): 高橋明香・小北智之
  • Organizer: 2008年度日本魚類学会年会
  • Place of Presentation: 愛媛大学(松山)
  • Year and Date: 2008-09-22
• [Presentation] ハリヨ雄の子の保護行動における集団間変異 (2008)
  • Author(s): 小北智之・森誠一
  • Organizer: 2008年度日本魚類学会年会
  • Place of Presentation: 愛媛大学(松山)
  • Year and Date: 2008-09-22
• [Presentation] 海洋環境変化と生物の小進化、ワークショップ「人為的環境下における進化のメカニズム、及び保全策への応用」 (2008)
  • Author(s): 小北智之
  • Organizer: 第10回日本進化学会大会
  • Place of Presentation: 東京大学(東京都)
  • Year and Date: 2008-08-23
• [Presentation] 「海洋環境変化と生物の小進化」ワークショップ「人為的環境下における進化のメカニズム、及び保全策への応用」 (2008)
  • Author(s): 小北智之
  • Organizer: 日本進化学会第10回大会
  • Place of Presentation: 東京大学(東京)
  • Year and Date: 2008-08-23