Development of gene FISH for environmental microbiology

• Project/Area Number: 20860009
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Civil and environmental engineering
• Research Institution: Tohoku University
• Principal Investigator: KUBOTA Kengo Tohoku University, 大学院・工学研究科, 助教 (80455807)
• Project Period (FY): 2008 – 2009
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2009)
• Budget Amount: ¥3,341,000 (Direct Cost: ¥2,570,000、Indirect Cost: ¥771,000); Fiscal Year 2009: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000); Fiscal Year 2008: ¥1,781,000 (Direct Cost: ¥1,370,000、Indirect Cost: ¥411,000)
• Keywords: FISH法 / 遺伝子 / 環境微生物 / 機能遺伝子 / microbial autecology / シングルセル / two-pass TSA-FISH法 / mcr遺伝子 / gap遺伝子 / aps遺伝子 / 視覚的検出技術

Research Abstract

In this study, gene FISH is developed for environmental microbiology. Two-pass TSA-FISH with oligonucleotide or polynucleotide probes successfully developed for detection of single copy genes in prokaryotic cells. Application of the technique to environmental samples was also successful ; further application of this technique for environmental microbial autecology is possible.

Research Products

• [Journal Article] Detection of single copy genes by two-pass tyramide signal amplification fluorescence in situ hybridization (two-pass TSA-FISH) with single oligonucleotide probes (2010)
  • Author(s): Kawakami, S., K. Kubota, H. Imachi, T. Yamaguchi, H. Harada, A. Ohashi
  • Journal Title: Microbes and Environments 25 Pages: 15-21
  • NAID: 10025921485
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Detection of single copy genes by two-pass tyramide signal amplification fluorescence in situ hybridization(two-pass TSA-FISH)with single oligonucleotide probes (2010)
  • Author(s): 川上周司, 久保田健吾, 井町寛之, T.Yamaguchi, 原田秀樹, 大橋晶良
  • Journal Title: Microbes and Environments 25 Pages: 15-21
  • NAID: 10025921485
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 機能遺伝子を標的とした two-pass TSA-FISH法による環境中未培養微生物の機能推定 (2009)
  • Author(s): 長谷川拓也, 川上周司, 久保田健吾, 井町寛之, 大橋晶良, 原田秀樹
  • Journal Title: 環境工学研究論文集 46 Pages: 537-544
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 機能遺伝子を標的としたtwo-pass TSA-FISH法による環境中未培養微生物の機能推定 (2009)
  • Author(s): 長谷川拓也, 川上周司, 久保田健吾, 井町寛之, 大橋晶良, 原田秀樹
  • Journal Title: 環境工学研究論文集 46 Pages: 537-544
  • Peer Reviewed
• [Presentation] TSA-FISH法を用いた機能遺伝子に基づいた微生物の視覚的検出技術の開発と適用 (2010)
  • Author(s): 川上周司, 久保田健吾, 長谷川拓也, 松浦哲久, 大矢明子, 井町寛之, 山口隆司, 原田秀樹, 大橋晶良
  • Organizer: 第44回日本水環境学会
  • Place of Presentation: 福岡大学
  • Year and Date: 2010-03-17
• [Presentation] 機能遺伝子を標的とした two-pass TSA-FISH法による環境中未培養微生物の機能推定 (2009)
  • Author(s): 長谷川拓也, 川上周司, 久保田健吾, 井町寛之, 大橋晶良, 原田秀樹
  • Organizer: 第46回環境工学研究フォーラム
  • Place of Presentation: 新島学園短期大学
  • Year and Date: 2009-11-29
• [Presentation] 機能遺伝子を標的としたtwo-pass TSA-FISH法による環境中未培養微生物の機能推定 (2009)
  • Author(s): 長谷川拓也、川上周司、久保田健吾、井町寛之、大橋晶良、原田秀樹
  • Organizer: 第46回環境工学研究フォーラム
  • Place of Presentation: 新島学園短期大学(高崎市)
  • Year and Date: 2009-11-29
• [Presentation] 機能遺伝子を標的とした two-pass TSA-FISH法による環境中未培養微生物の検出 (2009)
  • Author(s): 長谷川拓也, 川上周司, 久保田健吾, 井町寛之, 大橋晶良, 原田秀樹
  • Organizer: 第25回日本微生物生態学会大会
  • Place of Presentation: 広島大学
  • Year and Date: 2009-11-21
• [Presentation] 機能遺伝子を標的としたtwo-pass TSA-FISH法による環境中未培養微生物の検出 (2009)
  • Author(s): 長谷川拓也、川上周司、久保田健吾、井町寛之、大橋晶良、原田秀樹
  • Organizer: 第25回日本微生物生態学会大会
  • Place of Presentation: 広島大学
  • Year and Date: 2009-11-21
• [Presentation] Gene FISHによる環境中未培養微生物の機能同定 (2009)
  • Author(s): 長谷川拓也, 川上周司, 久保田健吾, 井町寛之, 大橋晶良, 原田秀樹
  • Organizer: 平成21年度土木学会全国大会
  • Place of Presentation: 福岡大学
  • Year and Date: 2009-09-04
• [Presentation] ポリプローブを用いた two-pass TSA-FISH法による微生物の機能遺伝子の特異的検出 (2009)
  • Author(s): 長谷川拓也, 川上周司, 久保田健吾, 井町寛之, 山口隆司, 大橋晶良, 原田秀樹
  • Organizer: 水環境学会
  • Place of Presentation: 山口大学
  • Year and Date: 2009-03-16
• [Presentation] ポリプローブを用いたtwo-pass TSA-FISH法による微生物の機能遺伝子の特異的検出 (2009)
  • Author(s): 長谷川拓也, 川上周司, 久保田健吾, 井町寛之, 山口隆司, 大橋晶良, 原田秀樹
  • Organizer: 水環境学会
  • Place of Presentation: 山口大学
  • Year and Date: 2009-03-16
• [Presentation] シングルセルレベルでの微生物の機能遺伝子の特異的検出 (2009)
  • Author(s): 長谷川拓也, 川上周司, 久保田健吾, 井町寛之, 山口隆司, 大橋晶良, 原田秀樹
  • Organizer: 土木学会 東北支部
  • Place of Presentation: 東北学院大学
  • Year and Date: 2009-03-07
• [Presentation] シングルセルレベルでの微生物の機能遺伝子の特異的検出 (2009)
  • Author(s): 長谷川拓也, 川上周司, 久保田健吾, 井町寛之, 山口隆司, 大橋晶良, 原田秀樹
  • Organizer: 土木学会東北支部
  • Place of Presentation: 東北学院大学
  • Year and Date: 2009-03-07