Identification of de novo DNA methylation signal by comparative genomics

• Project/Area Number: 20870008
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Genetics/Genome dynamics
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: OKAMURA Kohji The University of Tokyo, 生命情報学教育研究センター, 特任講師 (80456194)
• Project Period (FY): 2008 – 2009
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2009)
• Budget Amount: ¥3,302,000 (Direct Cost: ¥2,540,000、Indirect Cost: ¥762,000); Fiscal Year 2009: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000); Fiscal Year 2008: ¥1,742,000 (Direct Cost: ¥1,340,000、Indirect Cost: ¥402,000)
• Keywords: ゲノムインプリンティング / DNAメチル化 / CpGアイランド / 齧歯目 / 重歯目 / 脊椎動物 / 新口動物 / エピジェネティクス / 進化 / 遺伝子 / 遺伝学 / 核酸 / ゲノム / インプリンティング / メチル化 / アレル

Research Abstract

ネズミ目およびウサギ目特異的インプリンティングを受ける遺伝子Impactに着目し、卵形成で新規メチル化を受けるDNA配列を、ビーバー、リスなど約30種の動物で決定し、メチル化シグナル同定を目指してインプリンティングを受けない哺乳類ゲノムと比較解析を行った。その結果、これまで重要と考えられてきたリピート配列や、CpGおよびG+C含量ではなく、CpGサイト間の間隔がアレル別メチル化の確立に関わっていることが示唆された。

Research Products

• [Journal Article] Gradual transition from mosaic to global DNA methylation patterns during deuterostome evolution Kohji Okamura (2010)
  • Author(s): Kazuaki A. Matsumoto, Kenta Nakai
  • Journal Title: BMC Bioinformatics (in press)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Characterization of the differentially methylated region of the Impact gene that exhibits Glires-specific imprinting (2008)
  • Author(s): Kohji Okamura, Richard F. Wintle, Stephen W. Scherer
  • Journal Title: Genome Biol 9 Pages: 160-160
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Characterization of the differentially methylated region of the Impact gene that exhibits Glires-specific imprinting (2008)
  • Author(s): Kohji Okamura, Richard F. Wintle, and Stephen W, Scherer
  • Journal Title: Genome Biology 9
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 哺乳類に見られるグローバルなメチル化パターンの起源 (2009)
  • Author(s): 松本和晃, 岡村浩司, 中井謙太
  • Organizer: 第32回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2009-12-09
• [Presentation] 無脊椎動物ホヤの大規模転写開始点決定から探るCpGアイランドプロモータの進化 (2009)
  • Author(s): 岡村浩司, 山下理宇, 滝本紀子, 西辻光希, 鈴木穣, 日下部岳広, 中井謙太
  • Organizer: 第32回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2009-12-09
• [Presentation] 無脊椎動物ホヤの大規模転写開始点決定から探るCpGアイランドプロモータの進化 (2009)
  • Author(s): 岡村浩司, 山下理宇, 滝本紀子, 西辻光希, 鈴木穣, 日下部岳広, 中井謙太
  • Organizer: 第32回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜 (神奈川県)
  • Year and Date: 2009-12-09
• [Presentation] 哺乳類に見られるグローバルなメチル化パターンの起源 (2009)
  • Author(s): 松本和晃, 岡村浩司, 中井謙太
  • Organizer: 第32回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜 (神奈川県)
  • Year and Date: 2009-12-09
• [Presentation] 新規プロモータ生成源としてのレトロ転移Retrotransposition as a source of new promoters (2009)
  • Author(s): 岡村浩司, 中井謙太
  • Organizer: 日本遺伝学会第81回大会
  • Place of Presentation: 信州大学
  • Year and Date: 2009-09-17
• [Presentation] 新規プロモータ生成源としてのレトロ転移 (2009)
  • Author(s): 岡村浩司, 中井謙太
  • Organizer: 日本遺伝学会第81回大会
  • Place of Presentation: 信州大学 (長野県)(口頭発表)
  • Year and Date: 2009-09-17
• [Presentation] 筋肉ではたらくmicroRNAの機能と進化日下部りえ (2009)
  • Author(s): 谷沙織, 工樂樹洋, 成瀬清, 宮本由紀, 岡村浩司, 中井謙太, 日下部岳広, 井上邦夫
  • Organizer: 第15回小型魚類研究会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
  • Year and Date: 2009-09-13
• [Presentation] 筋肉ではたらく microRNAの機能と進化 (2009)
  • Author(s): 日下部りえ, 谷沙織, 工樂樹洋, 成瀬清, 宮本由紀, 岡村浩司, 中井謙太, 日下部岳広, 井上邦夫
  • Organizer: 第15回小型魚類研究会
  • Place of Presentation: 名古屋大学 (愛知県)
  • Year and Date: 2009-09-13
• [Presentation] Characterization and definition of promoter-associated CpG islands in ascidian genomes (2009)
  • Author(s): Kohji Okamura, Riu Yamashita, Noriko Takimoto, Koki Nishitsuji, Yutaka Suzuki, Takehiro G. Kusakabe, Kenta Nakai
  • Organizer: The 5th International Tunicate Meeting
  • Place of Presentation: Okinawa Industry Support Center, Naha, Okinawa, Japan
  • Year and Date: 2009-06-22
• [Presentation] Characterization and definition of promoter-associated CpG islands in a scidian genomes (2009)
  • Author(s): Okamura K, Yamashita R, Takimoto N, Nishitsuji K, Suzuki Y, Kusakabe TG, Nakai K
  • Organizer: The 5th International Tunicate Meeting
  • Place of Presentation: Okinawa Industry Support Center, Naha, Okinawa, Japan(口頭発表)
  • Year and Date: 2009-06-22
• [Presentation] Genomic organization and developmental expression of tunicate microRNAs (2009)
  • Author(s): Saori Tani, Rie Kusakabe, Yuki Miyamoto, Kohji Okamura, Kenta Nakai, Takehiro G. Kusakabe, Kunio Inoue
  • Organizer: The 5th International Tunicate Meeting
  • Place of Presentation: Okinawa Industry Support Center, Naha, Okinawa
  • Year and Date: 2009-06-21
• [Presentation] Genomic organization and developmental expression of tunicate microRNAs (2009)
  • Author(s): Tani S, Kusakabe R, Miyamoto Y, Okamura K, Nakai K, Kusakabe TG, Inoue K
  • Organizer: The 5th International Tunicate Meeting
  • Place of Presentation: Okinawa Industry Support Center, Naha, Okinawa, Japan
  • Year and Date: 2009-06-21
• [Presentation] Evolution and developmental expression of chordate microRNAs Rie Kusakabe (2009)
  • Author(s): Saori Tani, Shigehiro Kuraku, Yuki Miyamoto, Kohji Okamura, Kenta Nakai, Takehiro G. Kusakabe, Kunio Inoue
  • Organizer: The 42nd Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists
  • Place of Presentation: Toki Messe, Niigata, Japan
  • Year and Date: 2009-05-30
• [Presentation] Evolution and developmental expression of chordate microRNAs (2009)
  • Author(s): Kusakabe R, Tani S, Kuraku S, Miyamoto Y, Okamura K, Nakai K, Kusakabe TG, Inoue K
  • Organizer: The 42nd Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists
  • Place of Presentation: Toki Messe, Niigata, Japan
  • Year and Date: 2009-05-30
• [Presentation] レトロ転移による新規プロモータ生成Retrotransposition as a source of new promoters (2008)
  • Author(s): 岡村浩司, 中井謙太
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 神戸ポートピアホテル
  • Year and Date: 2008-12-09
• [Book]
  • Author(s): http://epigenetics. hgc. jp/mosaicglobal/
• [Remarks]
  • URL: http://epigenetics.hgc.jp/mosaicglobal/