The development of direct extraction method of RNA from soils and analysis of decomposition of soil organic matter by microorganisms.

• Project/Area Number: 20880007
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Plant nutrition/Soil science
• Research Institution: Akita Prefectural University
• Principal Investigator: RAI Hiroki Akita Prefectural University, 生物資源科学部, 助教 (30503099)
• Project Period (FY): 2008 – 2009
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2009)
• Budget Amount: ¥3,276,000 (Direct Cost: ¥2,520,000、Indirect Cost: ¥756,000); Fiscal Year 2009: ¥1,534,000 (Direct Cost: ¥1,180,000、Indirect Cost: ¥354,000); Fiscal Year 2008: ¥1,742,000 (Direct Cost: ¥1,340,000、Indirect Cost: ¥402,000)
• Keywords: 土壌RNA / 土壌微生物 / 群集構造解析 / 火山灰土壌 / 土壌 / RNA / 直接抽出 / 土壌有機物 / 分解過程 / 元素動態 / 金属イオン / トレーサー

Research Abstract

We developed a new method of direct extraction of RNA from various types of soils including of volcanic ash soils. And a purification method of extracted RNA from soils was also developed. We tried to analyze rRNA for determination of the community structure of soil microorganisms which were concerned with decomposition of added organic matter.

Research Products

• [Journal Article] A restriction factor of direct DNA extraction from volcanic ash soils. (2010)
  • Author(s): Hiroki Rai, Saki Yokoyama, Shinmei Hashimoto, Shin-ichi Nakamura, Hiroyuki Hattori
  • Journal Title: The proceeding 19th world congress of soil science.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A restriction factor of direct DNA extraction from volcanic ash soils. (2010)
  • Author(s): Hiroki Rai, Saki Yokoyama, Shinmei Hashimoto, Shin-ichi Nakamura, Hiroyuki Hattori
  • Journal Title: The proceeding 19th world congress of soil science (Accepted)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Non-invasive Imaging 0f Cadmium Distribution in Intact Oilseed Rape Plants. (2009)
  • Author(s): S. Nakamura, N. Suzui, N. Ishioka, N. Kawachi, S. Ito, H. Rai, H. Hattori, M. Chino, S. Fujimaki
  • Journal Title: The Proceeding of the International Plant Nutrition Colloquium vol.16 Pages: 1181-1181
• [Journal Article] Non-invasive Imaging Of Cadmium Distribution in Intact Oilseed Rape Plants. (2009)
  • Author(s): S.Nakamura, N.Suzui, N.Ishioka, N.Kawachi, S.Ito, H.Rai, H.Hattori, M.Chino, S.Fujimaki
  • Journal Title: The Proceeding of the International Plant Nutrition Colloquium 16 Pages: 1181-1181
• [Journal Article] Development of real-time autoradiography system to analyze the movement of the compounds labeled by β-ray emitting nuclide in a living plant. (2008)
  • Author(s): Hiroki Rai, Satomi Kanno, Yoshitake Hayashi, Tomoyuki Ohya, Naoto Nihei, Tomoko. M. Nakanishi
  • Journal Title: Radioisotopes 57(5) Pages: 13-20
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Development of a Fluorescent Microscope Combined with a Real-time Autoradiography System. (2008)
  • Author(s): Hiroki Rai, Satomi Kanno, Yoshitake Hayashi, Naoto Nihei, Tomoko. M. Nakanishi
  • Journal Title: Radioisotopes 57(6) Pages: 355-360
  • NAID: 10021071890
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] (2008)
  • Author(s): Naoto Nihei, Sayaka Masuda, Hiroki Rai, Tomoko. M. Nakanishi
  • Journal Title: Radioisotopes 57(6) Pages: 361-366
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Development of real-time autoradiography system to analyze the movement of the compoun (2008)
  • Author(s): Hiroki Rai, Satomi Kanno, Yoshitake Hayashi, Tomoyuki Ohya, Naoto Nihei Tomoko. M. Nakanishi
  • Journal Title: Radioisotopes 57(5) Pages: 13-20
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Development of a Fluorescent Microscope Combined with a Real-time Autoradlography Sys (2008)
  • Author(s): Hiroki Rai, Satom Hayashi, Yoshitake Hayashi, Tomoyuki Ohya, Naoto Nihei, Tomoko. M. nakanishi
  • Journal Title: Radioisotopes 57(6) Pages: 355-360
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Imaging Analysis of Direct Alanine Uptake by Rice Seedlings. (2008)
  • Author(s): Naoto Nihei, Sayaka Masuda, Hiroki Rai, Tomoko. M. Nakanishi
  • Journal Title: Radioisotopes 57(6) Pages: 361-366
  • NAID: 10021071895
  • Peer Reviewed
• [Presentation] アブラナの根に与えたグルタチオンは植物体の地上部へのカドミウムの移行と蓄積を選択的に阻害する (2010)
  • Author(s): 中村進一, 鈴井伸郎, 長坂俊紀, 伊藤小百合, 河地有木, 石岡典子, 頼泰樹, 服部浩之, 茅野充男, 藤巻秀
  • Organizer: 第51回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 熊本大学(ポスター発表)
• [Presentation] アブラナの根に与えたグルタチオンは植物体の地上部へのカドミウムの移行と蓄積を選択的に阻害する (2010)
  • Author(s): 中村進一、鈴井伸郎、長坂俊紀、伊藤小百合、河地有木、石岡典子、頼泰樹、服部浩之、茅野充男、藤巻秀
  • Organizer: 第51回日本植物生理学会
  • Place of Presentation: 熊本大学
• [Presentation] 土壌からの簡易的なRNA抽出方法の開発 (2009)
  • Author(s): 頼泰樹, 中村進一, 服部浩之
  • Organizer: 日本微生物生態学会第25回広島大会
  • Place of Presentation: 広島大学(口頭発表)
  • Year and Date: 2009-11-21
• [Presentation] 種々の堆肥施用が作物の遊離アミノ酸含量に与える影響について (2009)
  • Author(s): 橋本真明, 頼泰樹, 中村進一, 服部浩之
  • Organizer: 根の研究会第31回根研究集会
  • Place of Presentation: 秋田県立大学(ポスター発表)
  • Year and Date: 2009-11-21
• [Presentation] 異なる根系発達を及ぼすアミノ酸の窒素利用と代謝 (2009)
  • Author(s): 二瓶直登, 増田さやか, 頼泰樹, 中西友子
  • Organizer: 根の研究会第31回根研究集会
  • Place of Presentation: 秋田県立大学(ポスター発表)
  • Year and Date: 2009-11-21
• [Presentation] 土壌からの簡易的なRNA抽出方法の開発 (2009)
  • Author(s): 頼泰樹、中村進一、服部浩之
  • Organizer: 日本微生物生態学会
  • Place of Presentation: 広島大学
  • Year and Date: 2009-11-21
• [Presentation] 種々の堆肥施用が作物の遊離アミノ酸含量に与える影響について (2009)
  • Author(s): 橋本真明、頼泰樹、中村進一、服部浩之
  • Organizer: 根の研究会 第31回根研究集会
  • Place of Presentation: 秋田県立大学
  • Year and Date: 2009-11-21
• [Presentation] 異なる根系発達を及ぼすアミノ酸の窒素利用と代謝 (2009)
  • Author(s): 二瓶直登、増田さやか、頼泰樹、中西友子
  • Organizer: 根の研究会 第31回根研究集会
  • Place of Presentation: 秋田県立大学
  • Year and Date: 2009-11-21
• [Presentation] 小松菜のミネラル含量の変動要因について (2009)
  • Author(s): 浅利南, 頼泰樹, 中村進一, 服部浩之
  • Organizer: 日本土壌肥料学会2009年度京都大会
  • Place of Presentation: (口頭発表)
  • Year and Date: 2009-09-17
• [Presentation] アブラナ根におけるカドミウムの挙動に対するグルタチオンの影響 (2009)
  • Author(s): 中村進一, 鈴井伸郎, 伊藤小百合, 河地有木, 石岡典子, 頼泰樹, 服部浩之, 茅野充男, 藤巻秀
  • Organizer: 日本土壌肥料学会2009年度京都大会
  • Place of Presentation: 京都大学(口頭発表)
  • Year and Date: 2009-09-17
• [Presentation] 小松菜のミネラル含量の変動要因について (2009)
  • Author(s): 浅利南、頼泰樹、中村進一、服部浩之
  • Organizer: 日本土壌肥料学会
  • Place of Presentation: 京都大学
  • Year and Date: 2009-09-17
• [Presentation] アブラナ根におけるカドミウムの挙動に対するグルタチオンの影響 (2009)
  • Author(s): 中村進一、鈴井伸郎、伊藤小百合、河地有木、石岡典子、頼泰樹、服部浩之、茅野充男、藤巻秀
  • Organizer: 日本土壌肥料学会
  • Place of Presentation: 京都大学
  • Year and Date: 2009-09-17
• [Presentation] 種々の堆肥施用が土壌および作物の遊離アミノ酸組成、含量に与える影響について (2009)
  • Author(s): 橋本真明, 本田朋, 頼泰樹, 中村進一, 服部浩之
  • Organizer: 日本土壌肥料学会2009年度京都大会
  • Place of Presentation: 京都大学(口頭発表)
  • Year and Date: 2009-09-16
• [Presentation] 種々の堆肥施用が土壌および作物の遊離アミノ酸組成、含量に与える影響について (2009)
  • Author(s): 橋本真明、本田朋、頼泰樹、中村進一、服部浩之
  • Organizer: 日本土壌肥料学会
  • Place of Presentation: 京都大学
  • Year and Date: 2009-09-16
• [Presentation] 土壌からの簡易なrna抽出・精製法 (2009)
  • Author(s): 頼泰樹, 中村進一, 服部浩之
  • Organizer: 日本土壌肥料学会2009年度京都大会
  • Place of Presentation: 京都大学(口頭発表)
  • Year and Date: 2009-09-15
• [Presentation] 牛糞堆肥の腐熟化における大腸菌検出と微生物相解析 (2009)
  • Author(s): 本田朋, 橋本真明, 頼泰樹, 中村進一, 服部浩之
  • Organizer: 日本土壌肥料学会2009年度京都大会
  • Place of Presentation: 京都大学(口頭発表)
  • Year and Date: 2009-09-15
• [Presentation] 土壌からの簡易なRNA抽出・精製法 (2009)
  • Author(s): 頼泰樹、中村進一、服部浩之
  • Organizer: 日本土壌肥料学会
  • Place of Presentation: 京都大学
  • Year and Date: 2009-09-15
• [Presentation] 牛糞堆肥の腐熟化における大腸菌検出と微生物相解析 (2009)
  • Author(s): 本田朋、橋本真明、頼泰樹、中村進一、服部浩之
  • Organizer: 日本土壌肥料学会
  • Place of Presentation: 京都大学
  • Year and Date: 2009-09-15
• [Presentation] ポジトロンイメージングを用いた植物の分子イメージング研究(2):イネにおけるカドミウム移行の動画像解析-品種間差の比較 (2009)
  • Author(s): 中村進一, 工藤順一, 鈴井伸郎, 河地有木, 伊藤小百合, 石岡典子, 伊藤正志, 川本朋彦, 松本眞一, 小玉郁子, 猪谷富雄, 頼泰樹, 服部浩之, 茅野充男, 藤巻秀
  • Organizer: 日本分子イメージング学会第4回総会・学術集会
  • Place of Presentation: 学術総合センター(ポスター発表)
• [Presentation] カドミウム高蓄積イネ「長香穀」を用いたカドミウムの地上部への輸送機構の解明 (2009)
  • Author(s): 中村進一, 工藤順一, 鈴井伸郎, 河地有木, 伊藤小百合, 石岡典子, 伊藤正志, 川本朋彦, 松本眞一, 小玉郁子, 猪谷富雄, 頼泰樹, 服部浩之, 茅野充男, 藤巻秀
  • Organizer: 日本土壌肥料学会東北支部講演会
  • Place of Presentation: 秋田県カレッジプラザ(口頭発表)
• [Presentation] Non-invasive Imaging Of Cadmium Distribution In Intact Oilseed Rape Plants. (2009)
  • Author(s): S. Nakamura, N. Suzui, N. Ishioka, N. Kawachi, S. Ito, H. Rai, H. Hattori, M. Chino, S. Fujimaki
  • Organizer: XVI International Plant Nutrition Colloquium
  • Place of Presentation: サクラメントコンベンションセンターUSA(ポスター発表)
• [Presentation] Glutathione, Administered to the Roots, Reduce Cd accumulation in the Shoots of Oilseed Rape Plants. (2009)
  • Author(s): S. Nakamura, N. Suzui, T. Nagasaka, S. Ito, N. Kawachi, N.S. Ishioka, H. Rai, H. Hattori, M. Chino, S. Fujimaki
  • Organizer: MARCO Symposium 2009
  • Place of Presentation: つくば国際会議場(ポスター発表)
• [Presentation] ポジトロンイメージング技術を用いたイネのカドミウムの移行・蓄積における品種間差の解析 (2009)
  • Author(s): 中村進一, 工藤順一, 頼泰樹, 服部浩之, 茅野充男, 鈴井伸郎, 伊藤小百合, 河地有木, 石岡典子, 藤巻秀, 伊藤正志, 川本朋彦, 松本眞一, 小玉郁子, 猪谷富雄
  • Organizer: 第4回高崎量子応用研究シンポジウム
  • Place of Presentation: 高崎シティギャラリー(ポスター発表)
• [Presentation] ポジトロンイメージング技術を用いた植物体地上部へのカドミウム移行抑制の解析 (2009)
  • Author(s): 中村進一, 鈴井伸郎, 長坂俊紀, 伊藤小百合, 河地有木, 石岡典子, 頼泰樹, 服部浩之, 茅野充男, 藤巻秀
  • Organizer: 第13回放射線プロセスシンポジウム
  • Place of Presentation: 日本未来館(ポスター発表)
• [Presentation] ポジトロンイメージングを用いた植物の分子イメージング研究(2):イネにおけるカドミウム移行の動画像解析-品種間差の比較 (2009)
  • Author(s): 中村進一、工藤順一、鈴井伸郎、河地有木、伊藤小百合、石岡典子、伊藤正志、川本朋彦、松本眞一、小玉郁子、猪谷富雄、頼泰樹、服部浩之、茅野充男、藤巻秀
  • Organizer: 日本分子イメージング学会 第4回総会・学術集会
  • Place of Presentation: 学術総合センター
• [Presentation] カドミウム高蓄積イネ「長香穀」を用いたカドミウムの地上部への輸送機構の解明 (2009)
  • Author(s): 中村進一、工藤順一、鈴井伸郎、河地有木、伊藤小百合、石岡典子、伊藤正志、川本朋彦、松本眞一、小玉郁子、猪谷富雄、頼泰樹、服部浩之、茅野充男、藤巻秀
  • Organizer: 日本土壌肥料学会 東北支部講演会
  • Place of Presentation: 秋田県カレッジプラザ
• [Presentation] Non-invasive Imaging Of Cadmium Distribution In Intact Oilseed Rape Plants. (2009)
  • Author(s): S.Nakamura, N.Suzui, N.Ishioka, N.Kawachi, S.Ito, H.Rai, H.Hattori, M.Chino, S.Fujimaki
  • Organizer: XVI International Plant Nutrition Colloquium
  • Place of Presentation: サクラメントコンベンションセンター(USA)
• [Presentation] Glutathione, Administered to the Roots, Reduce Cd accumulation in the Shoots of Oilseed Rape Plants. (2009)
  • Author(s): S.Nakamura, N.Suzui, T.Nagasaka, S.Ito, N.Kawachi, N.S.Ishioka, H.Rai, H.Hattori, M.Chino, S.Fujimaki
  • Organizer: MARCO Symposium 2009
  • Place of Presentation: つくば国際会議場
• [Presentation] ポジトロンイメージング技術を用いたイネのカドミウムの移行・蓄積における品種間差の解析 (2009)
  • Author(s): 中村進一、工藤順一、頼泰樹、服部浩之、茅野充男、鈴井伸郎、伊藤小百合、河地有木、石岡典子、藤巻秀、伊藤正志、川本朋彦、松本眞一、小玉郁子、猪谷富雄
  • Organizer: 第4回高崎量子応用研究シンポジウム
  • Place of Presentation: 高崎シティギャラリー
• [Presentation] ポジトロンイメージング技術を用いた植物体地上部へのカドミウム移行抑制の解析 (2009)
  • Author(s): 中村進一、鈴井伸郎、長坂俊紀、伊藤小百合、河地有木、石岡典子、頼泰樹、服部浩之、茅野充男、藤巻秀
  • Organizer: 第13回放射線プロセスシンポジウム
  • Place of Presentation: 日本未来館