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植物RNAウイルスの感染個体内におけるゲノム多様化と病徴発現の分子機構

Research Project

Project/Area Number 20F20392
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section外国
Review Section Basic Section 39040:Plant protection science-related
Research InstitutionTokyo University of Agriculture and Technology

Principal Investigator

小松 健  東京農工大学, (連合)農学研究科(研究院), 准教授 (60451837)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) HAMIM ISLAM  東京農工大学, (連合)農学研究科(研究院), 外国人特別研究員
Project Period (FY) 2020-11-13 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥2,200,000 (Direct Cost: ¥2,200,000)
Fiscal Year 2022: ¥500,000 (Direct Cost: ¥500,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2020: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Keywordspotexvirus / necrosis / RNA-seq
Outline of Research at the Start

ユリに甚大な被害を及ぼす壊そ病の病原ウイルスであるオオバコモザイクウイルス(PlAMV)は、自然生態系中の多様な野草からも見出されるとともに、遺伝的な多様性も高い。一方で、PlAMVのいかなるゲノム配列がユリでの激しい壊そ病徴に関与するのか、植物側でどのような反応が引き起こされているのか、といった発病機構は不明である。本研究では、感染植物内でのPlAMVのゲノム多様性を次世代ロングリードシーケンサーを用いたアンプリコンシーケンスで解析し、発病との関連性を探索する。さらに、ウイルス増殖および発病との関連性を植物の網羅的遺伝子発現解析によって調べ、壊そ病の発病機構に迫る。

Outline of Annual Research Achievements

ユリに甚大な被害を及ぼす壊そ病の病原ウイルスであるオオバコモザイクウイルス(PlAMV)を自然生態系中の多様な野草から見出し、その全塩基配列を決定した。系統解析および集団遺伝学的解析により、PlAMVは大きく5つのクレードに分かれること、鑑賞ユリの分離株は一つのクレードにまとまり、他のクレードと明確な分化が認められることがわかった。各クレードの分離株のモデル植物およびオオバコ、ユリへの接種試験を行ったところ、植物への感染性はクレードごとに異なり、5つのクレードの分離株は生物学的な性状についても異なることが明らかになった。一方、鑑賞ユリに全身感染し壊疽を引き起こす分離株は得られなかった。このことは、鑑賞ユリでは感染植物内でのゲノム多様性が感染性に重要である可能性を考え、次世代ロングリードシーケンサーを用いたアンプリコンシーケンスで、PlAMVのゲノムで最も多様性が大きいリンカー領域についてウイルス配列の多様性を調べた。その結果、感染植物におけるPlAMVのリンカー領域の配列はいくつかのハプロタイプに分かれており、多様な集団を形成していることが示唆された。
さらに、PlAMVの鑑賞ユリでの壊そのように、ウイルスが感染植物で引き起こす壊そ症状の原因について調べるため、ゲノム配列が解析され一過的発現系などが簡便に行えるタバコ属のNicotiana benthamianaを用いて解析を行なった。既に壊そ症状を誘導しうるウイルス因子として同定しているPlAMVの複製酵素のHELドメインを一過的発現させてRNAseqによる遺伝子発現解析を行なったところ、小胞体ストレス関連遺伝子が壊そ誘導時に高発現していることが明らかになった。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 3 results) Presentation (2 results)

  • [Journal Article] Dynamin-related protein 2 interacts with the membrane-associated methyltransferase domain of plantago asiatica mosaic virus replicase and promotes viral replication2023

    • Author(s)
      Shinji Haruka, Sasaki Nobumitsu, Hamim Islam, Itoh yoshiyuki, Taku Kazuo, Hayashi Yuho, Minato Nami, Moriyama Hiromitsu, Arie Tsutomu, Komatsu Ken
    • Journal Title

      Virus Research

      Volume: in press Pages: 199128-199128

    • DOI

      10.1016/j.virusres.2023.199128

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] How do emerging long-read sequencing technologies function in transforming the plant pathology research landscape?2022

    • Author(s)
      Hamim Islam、Sekine Ken-Taro、Komatsu Ken
    • Journal Title

      Plant Molecular Biology

      Volume: 110 Issue: 6 Pages: 469-484

    • DOI

      10.1007/s11103-022-01305-5

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Discovery, Genomic Sequence Characterization and Phylogenetic Analysis of Novel RNA Viruses in the Turfgrass Pathogenic Colletotrichum spp. in Japan2022

    • Author(s)
      Hamim Islam、Urayama Syun-ichi、Netsu Osamu、Tanaka Akemi、Arie Tsutomu、Moriyama Hiromitsu、Komatsu Ken
    • Journal Title

      Viruses

      Volume: 14 Issue: 11 Pages: 2572-2572

    • DOI

      10.3390/v14112572

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cell‐death‐independent antiviral response mediated by N resistance factor in Nicotiana benthamiana involves inhibited localization of tobamovirus movement protein to plasmodesmata2021

    • Author(s)
      Nobumitsu Sasaki, Tomoya Murakami, Nanae Yoshimoto, Ken Komatsu, Yasuhiko Matsushita, Hiroshi Nyunoya
    • Journal Title

      Journal of General Plant Pathology

      Volume: 87 Issue: 3 Pages: 170-177

    • DOI

      10.1007/s10327-021-00984-0

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of a Proline-Kinked Amphipathic α-Helix Downstream from the Methyltransferase Domain of a Potexvirus Replicase and Its Role in Virus Replication and Perinuclear Complex Formation2021

    • Author(s)
      Komatsu Ken、Sasaki Nobumitsu、Yoshida Tetsuya、Suzuki Katsuhiro、Masujima Yuki、Hashimoto Masayoshi、Watanabe Satoru、Tochio Naoya、Kigawa Takanori、Yamaji Yasuyuki、Oshima Kenro、Namba Shigetou、Nelson Richard S.、Arie Tsutomu
    • Journal Title

      Journal of Virology

      Volume: 95 Issue: 20

    • DOI

      10.1128/jvi.01906-20

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Acibenzolar-S-methyl-mediated restriction of loading of plantago asiatica mosaic virus into vascular tissues of Nicotiana benthamiana2021

    • Author(s)
      Novianti Fawzia、Sasaki Nobumitsu、Arie Tsutomu、Komatsu Ken
    • Journal Title

      Virus Research

      Volume: 306 Pages: 198585-198585

    • DOI

      10.1016/j.virusres.2021.198585

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] RNA-seqを用いたウイルス誘導性の壊死症状に関わる宿主因子の探索2022

    • Author(s)
      新井和菜、Hamim Islam、齊藤大幹、有江力、小松健
    • Organizer
      令和4年度日本植物病理学会大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] RNA-seqを用いたウイルス誘導性の壊死症状に関わる宿主因子の探索2022

    • Author(s)
      新井和菜・Islam Hamim・齊藤大幹・有江力・小松健
    • Organizer
      令和4年度日本植物病理学会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report

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Published: 2020-11-16   Modified: 2024-03-26  

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