| Project/Area Number |
20H00429
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Medium-sized Section 40:Forestry and forest products science, applied aquatic science, and related fields
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
Asakawa Shuichi 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (30231872)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
黒河内 寛之 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (00609000)
稲野 俊直 近畿大学, 水産研究所, 准教授 (50604609)
川村 猛 東京大学, アイソトープ総合センター, 准教授 (70306835)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥45,500,000 (Direct Cost: ¥35,000,000、Indirect Cost: ¥10,500,000)
Fiscal Year 2022: ¥8,710,000 (Direct Cost: ¥6,700,000、Indirect Cost: ¥2,010,000)
Fiscal Year 2021: ¥8,710,000 (Direct Cost: ¥6,700,000、Indirect Cost: ¥2,010,000)
Fiscal Year 2020: ¥19,370,000 (Direct Cost: ¥14,900,000、Indirect Cost: ¥4,470,000)
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| Keywords | ハプロイド連鎖解析法 / ハイブリッド連鎖解析法 / アユ / ニホンウナギ / トゲウオ / クロマグロ / チョウザメ / マツタケ / ハイブリッドゲノムシーケンシング / ハプロイドゲノムシーケンシング / アユ半数体 / チョウザメ・ヘラチョウザメ / ナマズ・ギギ / マツタケゲノム解読 / シイタケゲノム / 全ゲノムSNPタイピング / ハプロイド / ハイブリッド / 連鎖解析 / ゲノム解析 / 非モデル生物 / 連鎖地図 / SNPタイピング / ハイブリッド個体 / 雑種個体 / 半数体 / エクソソーム / ダブルハプロイド / ハプロイドシーケンシング / ハイブリッドシーケンシング / クロマグロ×スマ / ニホンウナギ×マアナゴ / ニホンウナギ×オオウナギ / ブリ×ヒラマサ / 食用性キノコ / 雌性発生・単為発生 / 超高精度連鎖地図 / SELDLA / ゲノムアセンブル |
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| Outline of Research at the Start |
申請者らは雑種個体やハプロイド個体等を利用して、高分解能の連鎖地図を作製する手法を確立し、そのための専用のソフトSELDLAを開発した。本研究では魚介類、樹木、菌類、哺乳類などでその手法を応用する。雑種生物の作製に加え、自然界の雑種のサンプリング、花粉由来カルスや一核菌糸の作製、哺乳類雑種胚盤胞の作製などの試みを行う。雑種作製のアクセプターとなるマスター種を定める。シーケンシングに関してBAC作製の技術を活用する。高精度ドラフトゲノムを構築し、魚類、樹木、菌類の種分化メカニズム、魚性決定遺伝子の同定、樹木・菌間組合せのメカニズム解明、有用遺伝子の探索とゲノム育種、ゲノミックセレクションに取り組む。
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| Outline of Final Research Achievements |
We generated haploid and hybrid experimental materials, and performed their DNA typing, linkage mapping and contig/scaffold alignment with SELDRA, then generated genome draft sequences, and genome completion sequencing. Generations of hybrid of Japanese eel and common Japanese conger eel, etc., were conducted, and haploid and double haploid individuals of catfish and various sturgeon were generated, and haploid individuals of Ayu were generated. Androgensis of the Japanese two color carp was also performed. Complete genome sequence, T2T of matsutake mushroom was conducted. Linkage maps of Kawakawa (Euthynnus affinis) and Pacific bluefin tuna were generated by hybrid method. We attempted to expand to haploid typing using sperm and conducted it in stickleback. Sequences for typing were obtained for other hybrid and haploid individuals.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
ゲノム情報は生物学にとって最も重要な基盤の一つである。２００５年に出現した次世代シーケンサは、あらゆる生物のゲノム解析を容易にしたが、ゲノムシーケンスを染色体レベルにまで構築するのは未だ容易ではない。我々は染色体レベルにゲノムシーケンスを整列化させる効率的な２つの方法を確立し、その有用性を実証した。これらの手法はHi-C法等とともに、あらゆる真核生物のゲノム解析にとって有用な手法であり、高品質のゲノム配列の構築に貢献できる。得られる高品質ゲノム配列の有用性は基礎的な生物学の諸分野だけでなく、農林水産学などの応用分野においても極めて高く、今後、基礎的な学術分野や諸応用分野への貢献が期待できる。
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