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Biological functions of alternative splicing on mouse gastrulation

Research Project

Project/Area Number 20H00444
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Medium-sized Section 42:Veterinary medical science, animal science, and related fields
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

Sugiyama Fumihiro  筑波大学, 医学医療系, 特命教授 (90226481)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 村田 知弥  筑波大学, 医学医療系, 助教 (60713485)
久野 朗広  筑波大学, 医学医療系, 助教 (60830122)
水野 聖哉  筑波大学, 医学医療系, 准教授 (10633141)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥45,110,000 (Direct Cost: ¥34,700,000、Indirect Cost: ¥10,410,000)
Fiscal Year 2023: ¥9,620,000 (Direct Cost: ¥7,400,000、Indirect Cost: ¥2,220,000)
Fiscal Year 2022: ¥9,360,000 (Direct Cost: ¥7,200,000、Indirect Cost: ¥2,160,000)
Fiscal Year 2021: ¥12,610,000 (Direct Cost: ¥9,700,000、Indirect Cost: ¥2,910,000)
Fiscal Year 2020: ¥13,520,000 (Direct Cost: ¥10,400,000、Indirect Cost: ¥3,120,000)
Keywords遺伝子改変マウス / ゲノム編集 / 胚発生 / 原腸胚形成 / 選択的スプライシング / 胚盤胞補完法 / 原腸胚 / マウス / RNA結合タンパク / スプライシング関連タンパク
Outline of Research at the Start

申請者は、①胚葉可視化(MIERU)マウスの遺伝背景で原腸形成に不可欠なRNA結合タンパク(RBP)を欠損するRBP-ノックアウト(KO)マウス系統群を樹立する。②各RBP-KOマウスの胚葉特異的なロングリードトランスクリプトームデータソースを構築し、特徴的なスプライシングバリアントと表現型を紐付ける。③特徴的なスプライシングバリアント(SV)の機能を評価するため、標的のエクソンを欠失させたSV-KOマウス系統を作出・in vivo評価を開始することにより、選択的スプライシングの機能的意義の包括的な理解を目指す。

Outline of Final Research Achievements

High quality ES cells were established from MIERU mice visualizing each germ layer of the gastrula. Chimeric embryos of E7.5 and E9.5 derived from tetraploid embryos and MIERU-ES cells showed normal morphology and expression of reporter genes as expected, and a chimeric newborn could be obtained.
Using these ES cells, KO-MIERU-ES cells were generated, each lacking 11 genes encoding RNA-binding proteins. Chimeric mouse embryos were generated from each of them, and transcriptome data of the definitive endoderm of the embryos were obtained.
In the data, we found the similarity and specificity of each RNA-binding protein.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

選択的スプライシングとは、単一の遺伝子から複数種のmRNAを産生させることを可能にし、膨大な分子の多様性を作り出す極めて重要な機構である。選択的スプライシングは器官の発達に関わる。従って、スプライシングバリアントの網羅的な理解がなくては、真の意味での組織や器官の発達の分子メカニズムの解明はない。しかしながら、原腸胚におけるスプライシングバリアントの機能的意義は解明されていない。
本研究にて、我々は各RNA結合タンパクによって制御される発生関連遺伝子を特定するとともに、各RNA結合タンパクの標的類似性と特異性を明らかにした。この成果は、遺伝子よりも更に細かい単位での胚発生の理解に貢献する。

Report

(6 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Comments on the Screening Results   Annual Research Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2023 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Journal Article (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] The Australian National University(オーストラリア)

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] The University of Edinburgh Edinburgh(英国)

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      2021 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] The Australian National University(オーストラリア)

    • Related Report
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  • [Int'l Joint Research] The University of Edinburgh, Edinburgh(英国)

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Journal Article] Disruption of entire Cables2 locus leads to embryonic lethality by diminished Rps21 gene expression and enhanced p53 pathway2021

    • Author(s)
      Dinh Tra Thi Huong、Iseki Hiroyoshi、Mizuno Seiya、Iijima-Mizuno Saori、Tanimoto Yoko、..., Murata Kazuya、Muratani Masafumi、Ema Masatsugu、Kim Jun-Dal、Ishida Junji、Fukamizu Akiyoshi、Kato Mitsuyasu、Takahashi Satoru、Yagami Ken-ichi、Wilson Valerie、Arkell Ruth M、Sugiyama Fumihiro
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 10

    • DOI

      10.7554/elife.50346

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 新規トリプルノックインレポーターシステムを用いたマウス原腸胚における三胚葉形成の評価系の確立2023

    • Author(s)
      鈴木颯、村田知弥、大徳陽子、谷本陽子、水野聖哉、杉山文博
    • Organizer
      第63回日本先天異常学会学術集会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] アルギニンメチル化による若齢期の心臓機能制御機構の解明2023

    • Author(s)
      村田知弥
    • Organizer
      第27回日本心血管内分泌代謝学会学術総会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 心疾患発症に関わる新規 RNA 結合タンパクの in vivo スクリーニング2023

    • Author(s)
      三上夏輝 、村田知弥 、依馬朋香 、岡村永一 、松本翔馬 、依馬正次 、水野聖哉 、杉山文博
    • Organizer
      第63回日本先天異常学会学術集会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Hyper-speed cKO法を用いた心機能を制御する新規RNA結合タンパクの特定2023

    • Author(s)
      三上夏輝 、村田知弥 、依馬朋香 、岡村永一 、松本翔馬 、依馬正次 、水野聖哉 、杉山文博
    • Organizer
      日本ゲノム編集学会 第8回大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Establishment of triple knock-in reporter system to evaluate of three germ layers formation in mouse embryos2023

    • Author(s)
      Hayate Suzuki, Kazuya Murata, Yoko Daitoku, Yoko Tanimoto, Seiya Mizuno, Fumihiro Sugiyama
    • Organizer
      36th International Mammalian Genome Conference
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 三胚葉形成を可視化するトリプルノックインレポーターシステムの開発2022

    • Author(s)
      鈴木颯、村田知弥、大徳陽子、濱田優子、谷本陽子、水野聖哉、杉山文博
    • Organizer
      第69回日本実験動物学会総会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 三胚葉を同時に可視化するES細胞の作製2021

    • Author(s)
      鈴木颯、濱田優子、谷本陽子、村田知弥、水野聖哉、杉山文博
    • Organizer
      第94回日本生化学大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] A novel creation of reporter mouse model for visualizing germ layer formation2021

    • Author(s)
      Hayate Suzuki, Tra Thi Huong Dinh, Yoko Daitoku, Kanako Kato, Yoko Tanimoto, Kazuya Murata, Seiya Mizuno, Fumihiro Sugiyama
    • Organizer
      第54回日本発生生物学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 三胚葉形成の評価に有用なES細胞の作製2021

    • Author(s)
      鈴木颯、Thi Huong Dinh Tra、大徳陽子、加藤花名子、谷本陽子、村田知弥、水野聖哉、杉山文博
    • Organizer
      第68回日本実験動物学会総会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Remarks] 哺乳類の胎児発生に必要な遺伝子座を発見~Cables2と隣接遺伝子の不思議な関係~

    • URL

      https://www.tsukuba.ac.jp/journal/biology-environment/20210512140000.html

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Remarks] 研究トピックス

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      2021 Annual Research Report

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2025-01-30  

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