遺伝的に多様な純系を作出するための遺伝資源評価パイプラインの構築
| Project/Area Number |
20H00975
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
3110:Agricultural chemistry, agricultural and environmental biology, forestry and forest products science, applied aquatic science, agricultural economics and rural sociology, agricultural engineering, veterinary medical science, animal science, and related fields
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
Ohta Atsushi 京都大学, 農学研究科, 技術職員
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 –
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2020)
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| Budget Amount *help |
¥480,000 (Direct Cost: ¥480,000)
Fiscal Year 2020: ¥480,000 (Direct Cost: ¥480,000)
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| Keywords | コムギ近縁野生種 / Aegilops bicornis / 純系 / ヘテロ接合度 / 系統解析 / 集団構造 / 主成分分析 / GRAS-Di |
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| Outline of Research at the Start |
植物遺伝学研究では、自殖を重ねて遺伝的バックグラウンドが均一化(ホモ化)した純粋系統、いわゆる「純系」が広く使われてきた。純系は、再現性のある実験をおこなうための基盤的な研究材料である。ジーンバンクの重要な仕事のひとつは、遺伝的多様性を反映した純系セットを作出することである。しかし、多くの場合、純系化されているのはごく一部に留まっている。
本研究では、申請者が所属する研究室で長年系統維持されてきたコムギ近縁野生種の純系の多様性評価をおこなうとともに、新たな純系候補を選抜する解析パイプラインを構築する。さらに、選ばれた候補系統の栽培をおこない、純系化を進める。
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| Outline of Final Research Achievements |
本研究では、複数の純系で構成された「遺伝的に多様な純系集団」を整備するために、新たな純系候補を選抜するパイプラインの構築をおこなった。構築したパイプラインは、二段階選抜で純系候補を選ぶ: 第一に、SNP情報で系統解析をおこない、純系を含まない系統群を一次選抜する。第二に、表現型情報で二次選抜する。コムギ近縁野生種Aegilops bicornis に対して、このパイプラインを適用し、新たな純系候補を選抜した。そして、選ばれた系統を純系化するために播種・栽培した。
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
ゲノム情報は、ジーンバンクの系統保存や系統集団の作成のために、広く活用されており、また、今後も益々が活用されるであろう。本研究の「純系候補選抜パイプライン」の構築とその利用は、ジーンバンクにおけるゲノム情報活用の一例である。
純系候補選抜パイプラインの使用は、ゲノムワイドSNP情報と表現型情報を定量的に扱うことで、より効率的に遺伝的に多様な純系集団を作成できる。このパイプラインは、コムギ遺伝資源系統だけでなく、様々な生物種にも適用可能であろう。
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Report
(2 results)
Research Products
(1 results)
