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Resurrection of ancestral aminoacyl tRNA synthetase and stepwise construction of ancestral translation system

Research Project

Project/Area Number 20H02018
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 17050:Biogeosciences-related
Research InstitutionTokyo University of Pharmacy and Life Science

Principal Investigator

Yokobori Shin-ichi  東京薬科大学, 生命科学部, 准教授 (40291702)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 時下 進一  東京薬科大学, 生命科学部, 准教授 (60266898)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥18,070,000 (Direct Cost: ¥13,900,000、Indirect Cost: ¥4,170,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2020: ¥9,750,000 (Direct Cost: ¥7,500,000、Indirect Cost: ¥2,250,000)
Keywords祖先配列復元 / 遺伝暗号 / 蛋白質合成 / 生命の初期進化 / 翻訳系 / 全生物の最後の共通祖先 / ロイシルtRNA合成酵素 / イソロイシルtRNA合成酵素 / バリルtRNA合成酵素 / アミノアシル化 / 分子系統解析 / tRNA / 祖先タンパク質復元 / アミノアシルtRNA合成酵素
Outline of Research at the Start

翻訳系で使われるアミノ酸レパートリーの成立過程を,アミノアシルtRNA合成酵素(ARS)の多様化と基質特異性の精密化の過程の解析に基づいて検討する.究極的に2種類の祖先まで遡ることができるARSについて,複数のARS種を含む複合系統樹を作成し,アミノ酸レパートリーが変化する時期の祖先ARSの配列を推定する.これに基づき、祖先ARSを復元して生化学的な解析を行い,アミノ酸やtRNAに対する特異性を明らかにする。また,現存の翻訳系で働くARSと祖先ARSを置き換え,「祖先化」した翻訳系を順次,歴史を遡って作製する.その結果に基づいて,翻訳におけるアミノ酸レパートリーの成立過程を推定する.

Outline of Final Research Achievements

In order to elucidate the evolution of the genetic code table based on the characteristics of the ancestral ARS (aminoacyl-tRNA synthetase) of universal common last common ancestor or earlier life, IleCom (common ancestor of IleRS), ValCom (common ancestor of ValRS), and IV-Anc (common ancestor of IleRS and ValRS) were resurrected and their functions were analyzed. In particular, when IleCom, ValCom, or IV-Anc was added to the reconstituted cell-free protein synthesis system of Escherichia coli without LeuRS, IleRS, or ValRS to perform protein synthesis, all of IleCom, ValCom, and IV-Anc were suggested to function during protein synthesis.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究では、全生物の最後の共通祖先並びに以前のアミノアシルtRNA合成酵素の復元に成功した。これは、現生生物が共通して使用する遺伝暗号表がどのように成立したのか、その成立過程を明らかにする上で重要である。また、このような研究は生命の初期進化研究を理論だけではない実証的な研究として進めていく上でも重要である。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2022 2021 2020

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (8 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Amino Acid Specificity of Ancestral Aminoacyl-tRNA Synthetase Prior to the Last Universal Common Ancestor Commonote commonote2022

    • Author(s)
      Furukawa Ryutaro、Yokobori Shin-ichi、Sato Riku、Kumagawa Taimu、Nakagawa Mizuho、Katoh Kazutaka、Yamagishi Akihiko
    • Journal Title

      Journal of Molecular Evolution

      Volume: 90 Issue: 1 Pages: 73-94

    • DOI

      10.1007/s00239-021-10043-z

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 祖先アミノアシルtRNA合成酵素の復元2022

    • Author(s)
      横堀伸一、馬場柾、橋本ちひろ、松田直樹、遠藤有紀、佐藤陸、笹本峻弘、古川龍太郎、 山岸明彦
    • Organizer
      日本進化学会 年大会 第24回 沼津大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] アミノアシルtRNA合成酵素の祖先配列復元2022

    • Author(s)
      横堀 伸一, 馬場 柾, 橋本 ちひろ, 見渡 空汰, 松田 直樹, 遠藤 有紀, 佐藤 陸, 笹本 峻弘, 古川 龍太郎, 山岸 明彦
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] High-throughput protein thermostability analysis towards thermal adaption of early life on earth2022

    • Author(s)
      YUNDI LIU Shinichi Yokobori, Kosuke Fujishima
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 最後の共通祖先コモノート以前の祖先型アミノアシル tRNA 合成酵素のアミノ酸特異性2022

    • Author(s)
      古川龍太郎、横堀伸一、佐藤陸、熊川大夢、中川穂、加藤和貴、山岸明彦
    • Organizer
      第46回生命の起原および進化学会学術講演会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 全生物共通祖先tRNAの復元2021

    • Author(s)
      横堀伸一、見渡空汰、守屋日向
    • Organizer
      第44X回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 生命の歴史をさかのぼる2021

    • Author(s)
      横堀伸一
    • Organizer
      Keio Astrobiology Camp 2020
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      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 祖先アミノアシルtRNA合成酵素の復元2020

    • Author(s)
      横堀伸一、馬場柾、橋本ちひろ、古川龍太郎、松田直樹、遠藤有紀、佐藤陸、笹本峻弘、横川隆志、山岸明彦
    • Organizer
      第93回日本生化学会大会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 祖先アミノアシルtRNA合成酵素の復元から考える翻訳系の進化2020

    • Author(s)
      横堀伸一
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2024-01-30  

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