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Data-Driven Descriptor Generation and its Application to Prediction of Organic Synthetic and Catalytic Reactions

Research Project

Project/Area Number 20H02747
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 33020:Synthetic organic chemistry-related
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

Yada Akira  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 材料・化学領域, 研究チーム長 (70619965)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 椿 真史  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 研究員 (80803874)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥17,810,000 (Direct Cost: ¥13,700,000、Indirect Cost: ¥4,110,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2020: ¥7,020,000 (Direct Cost: ¥5,400,000、Indirect Cost: ¥1,620,000)
Keywords機械学習 / 転移学習 / 有機合成 / 触媒 / 触媒反応 / 収率予測
Outline of Research at the Start

人工知能(AI)技術を活用するためには一般的には大量のデータが必要である。しかし、実験化学においてはコストや時間が掛かる実験を実施しなければデータが収集できないため、AIをいかに活用するかは重要な課題である。特に、触媒開発や反応開発等の新しい分子の創成が要求される分野では、少数のデータでいかに予測性能の高いモデルが構築できるかが重要となる。本研究では、有機化学や触媒化学分野において、少数データに対して予測性能の高い機械学習モデルを構築するための新しい方法論の構築に挑戦する。代表者の矢田と分担者の椿に加えて、研究協力者として永田賢二主任研究員 (物質・材料研究機構)を加えて本研究を実施する。

Outline of Final Research Achievements

In this research project, the development of a new methodology to build a machine learning model for predicting organic reactions and catalytic reactions with high predictive performance for a small number of data is conducted. Thus, a machine learning model using a graph neural network (GNN) which correlates the information of organic compounds (input) and the calculated values of quantum chemistry (output) is constructed. It is clarified that the final layer of this machine learning model can be extracted and used as an input for predictive models such as the reaction yield and selectivity of catalytic reactions. In addition, the construction of a unique database of organic compounds that can be used in this methodology is performed and finally succeeded in constructing a database which includes approximately 6,000 organophosphorus compounds.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究成果は、コストや時間が掛かる実験を実施しなければデータが収集できない実験科学において、少数のデータでも予測性能の高い機械学習モデルを構築するための方法論を提供するものである。大量のデータが収集できない分野は多岐に渡ると考えられ、本研究技術はそのような分野にも波及して幅広く応用されることが期待され、学術的および社会的意義は大きいと考えている。また、有機合成化学・触媒化学分野においても、新たなAIの活用方法を提供することで、新しい原理・原則の発見と化学の進歩につながると同時に、本研究代表者が目指す触媒の自動発見に向けて大きく前進すると期待している。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (24 results)

All 2023 2022 2021 2020

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 2 results) Presentation (19 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Pt-Catalyzed selective oxidation of alcohols to aldehydes with hydrogen peroxide using continuous flow reactors2021

    • Author(s)
      Kon Yoshihiro、Nakashima Takuya、Yada Akira、Fujitani Tadahiro、Onozawa Shun-ya、Kobayashi Sh?、Sato Kazuhiko
    • Journal Title

      Organic & Biomolecular Chemistry

      Volume: 19 Issue: 5 Pages: 1115-1121

    • DOI

      10.1039/d0ob02213f

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ensemble Learning Approach with LASSO for Predicting Catalytic Reaction Rates2020

    • Author(s)
      Yada Akira、Sato Kazuhiko、Matsumura Tarojiro、Ando Yasunobu、Nagata Kenji、Ichinoseki Sakina
    • Journal Title

      Synlett

      Volume: - Issue: 18 Pages: 1843-1848

    • DOI

      10.1055/a-1304-4878

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Learning excited states from ground states by using an artificial neural network2020

    • Author(s)
      Kiyohara Shin、Tsubaki Masashi、Mizoguchi Teruyasu
    • Journal Title

      npj Computational Materials

      Volume: 6 Issue: 1 Pages: 1-6

    • DOI

      10.1038/s41524-020-0336-3

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Quantum Deep Field: Data-Driven Wave Function, Electron Density Generation, and Atomization Energy Prediction and Extrapolation with Machine Learning2020

    • Author(s)
      Masashi Tsubaki and Teruyasu Mizoguchi
    • Journal Title

      Physical Review Letters

      Volume: 125 Issue: 20 Pages: 206401-206401

    • DOI

      10.1103/physrevlett.125.206401

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] On the equivalence of molecular graph convolution and molecular wave function with poor basis set2020

    • Author(s)
      Masashi Tsubaki、Teruyasu Mizoguchi
    • Journal Title

      Advances in Neural Information Processing Systems 33 (NeurIPS 2020)

      Volume: 33 Pages: 1982-1993

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      矢田陽
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      矢田陽
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      化学反応経路探索のニューフロンティア2021
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  • [Presentation] Machine learning approach for prediction of reaction yield-aiming at the discovery of innovative catalysts2021

    • Author(s)
      Akira Yada
    • Organizer
      The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem 2021)
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      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Materials and Process Informatics in Organic Synthesis and Catalyst2021

    • Author(s)
      Akira Yada
    • Organizer
      The Material Research Meeting 2021 (MRM2021)
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  • [Presentation] キャタリストインフォマティクスによる触媒活性予測2021

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      矢田 陽
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      第14回触媒劣化セミナー
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      矢田 陽
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      第4回 食・触コンソーシアム シンポジウム
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      椿 真史
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      日本化学会 第101春季年会 (2021)
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  • [Presentation] 創薬と新材料開発のための人工知能2021

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      椿 真史
    • Organizer
      情報処理学会全国大会 2021
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  • [Presentation] キャタリストインフォマティクスによる触媒反応の収率予測2020

    • Author(s)
      矢田 陽
    • Organizer
      化学工学会第51回秋季大会
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      2020 Annual Research Report
    • Invited

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Published: 2020-04-28   Modified: 2024-01-30  

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