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Breeding of filamentous fungi producing citric acid with high efficiencies by the genome editing system

Research Project

Project/Area Number 20H02906
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 38020:Applied microbiology-related
Research InstitutionWaseda University

Principal Investigator

Kirimura Kohtaro  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (90195412)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥13,520,000 (Direct Cost: ¥10,400,000、Indirect Cost: ¥3,120,000)
Fiscal Year 2022: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2021: ¥6,110,000 (Direct Cost: ¥4,700,000、Indirect Cost: ¥1,410,000)
Fiscal Year 2020: ¥6,760,000 (Direct Cost: ¥5,200,000、Indirect Cost: ¥1,560,000)
Keywordsアスペルギルス属糸状菌 / クエン酸排出タンパク / クエン酸発酵 / ゲノム解析 / ゲノム編集 / マイコトキシン(カビ毒) / ミトコンドリア局在型有機酸輸送体 / 代謝工学 / Aspergillus niger / Aspergillus tubingensis / クロコウジカビ / マイコトキシン / citric acid production / CRISPR/Cas9 / genome editing / transporters / citric acid / organic acid transport / mitochondria / Aspergillus tubingensis
Outline of Research at the Start

本研究では、クエン酸高生産糸状菌(カビ)であるAspergillus tubingensis (A. niger) WU-2223Lを宿主としてCRISPR/Cas9システムを用いたゲノム編集法を確立し、有機酸生産菌の育種に利用する。クエン酸生産の場であるミトコンドリアに局在する有機酸輸送体および細胞膜の有機酸輸送体の機能をゲノム編集を用いて効率的かつ網羅的に解析する。また、それらの自在な遺伝子改変による最適な輸送系の再構築を通じてクエン酸超高生産菌や有用有機酸生産菌を創製する。

Outline of Final Research Achievements

The functional analysis of genes encoding mitochondrial organic acid transporters and cytosolic citrate exporter was performed in order to understand the mechanisms underlying citric acid hyperproduction by filamentous fungus. In particular, we identified some mitochondrial transporter genes contributing to citric acid production and the very two genes responsible for the excretion of citric acid, based on the novel genome editing method, which had been developed in this study for a comprehensive analysis of various transporter genes. In addition, the generation of more effective citric acid producing strain was succeeded by overexpression of citrate exporter gene. Finally, we also successfully constructed the method to assess the safety of citric acid producing fungus and determined the genomic sequence of a novel citric acid-hyperproducing fungal strain. Taken together, we prepared the promising fundamental technology to breed the industrial citric acid producers.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

クエン酸はSDGsの観点から生産・利用が推奨されるバイオベース有機酸の一種であり、その工業的発酵にはアスペルギルス属糸状菌が用いられている。クエン酸の需要は近年さらに増加しており、生産菌の育種(改良)は極めて重要である。本研究では、ミトコンドリアでの有機酸の輸送機構および細胞内からのクエン酸排出機構に基づく新規な育種法の指針を示した。また、クエン酸発酵という特異な微生物機能に対する新たな知見を得たことは学術的研究としても意義深い。さらに、本研究では工業的クエン酸発酵菌のリソースの拡大や安全性の評価法を確立している。以上に鑑みて、本研究はクエン酸の工業発酵の将来的な拡大に貢献する成果を挙げた。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2023 2022 2021 2020

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 2 results) Presentation (10 results)

  • [Journal Article] Draft Genome Sequence of Aspergillus lacticoffeatus WU-2020, a Citric Acid Producer Suitable for Solid Culture That Belongs To Aspergillus Section <i>Nigri</i>2023

    • Author(s)
      Yoshioka Isato、Takahashi Hiroki、Kusuya Yoko、Yaguchi Takashi、Shibata Akira、Kirimura Kohtaro
    • Journal Title

      Microbiology Resource Announcements

      Volume: 12 Issue: 1

    • DOI

      10.1128/mra.01093-22

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Non-production of mycotoxins by citric acid hyperproducer <i>Aspergillus tubingensis</i> (<i>A. niger</i>) WU-2223L: Evidence for its biosafety based on genome sequence and metabolite analyses2022

    • Author(s)
      Yoshioka Isato、Nakagawa Hiroyuki、Kirimura Kohtaro
    • Journal Title

      JSM Mycotoxins

      Volume: 72 Issue: 2 Pages: 75-83

    • DOI

      10.2520/myco.72-2-3

    • ISSN
      0285-1466, 1881-0128
    • Year and Date
      2022-07-31
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ゲノム編集システムを利用した有機酸輸送系の改変による高効率クエン酸生産糸状菌の育種2022

    • Author(s)
      桐村 光太郎
    • Journal Title

      IFO Research Communications

      Volume: 36 Pages: 51-51

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 1)Rapid and marker-free gene replacement in citric acid-producing Aspergillus tubingensis (A. niger) WU-2223L by the CRISPR/Cas9 system-based genome editing technique using DNA fragments encoding sgRNAs2021

    • Author(s)
      Yoshioka, I. and Kirimura, K.
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: in press Issue: 6 Pages: 579-588

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2021.01.011

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      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Constitutive production of aconitate isomerase by Pseudomonas sp. WU-0701 in relation to trans-aconitic acid assimilation2021

    • Author(s)
      Takiguchi Arisa、Yoshioka Isato、Oda Yunosuke、Ishii Yoshitaka、Kirimura Kohtaro
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: 131 Issue: 1 Pages: 47-52

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2020.09.003

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      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 3)Draft genome sequence of Aspergillus tubingensis WU-2223L, a citric acid-producing filamentous fungus belonging to Aspergillus section Nigri2020

    • Author(s)
      Yoshioka, I., Takahashi, H., Kusuya, Y., Yaguchi, T., and Kirimura, K.
    • Journal Title

      Microbiology Resource Announcements

      Volume: 9 Issue: 33

    • DOI

      10.1128/mra.00702-20

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      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 代謝産物とゲノム解析ゲノムに基づいたクエン酸高生産菌Aspergillus tubingensis WU-2223Lのカビ毒非生産の検証2023

    • Author(s)
      吉岡育哲、中川博之、桐村光太郎
    • Organizer
      日本マイコトキシン学会第88回学術講演会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 固体培養に適したクエン酸高生産糸状菌Aspergillus lacticoffeatus WU-2020 のゲノム配列の決定2022

    • Author(s)
      柴田朗、吉岡育哲、高橋弘喜、矢口貴志、桐村光太郎
    • Organizer
      第74回(2022年)日本生物工学会大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 糸状菌Aspergillus tubingensis WU-2223Lにおけるクエン酸排出タンパク遺伝子cexAの高発現によるメタノール効果非依存性のクエン酸高生産2022

    • Author(s)
      吉岡育哲、岡村隼杜、桐村光太郎
    • Organizer
      第74回(2022年)日本生物工学会大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] クエン酸高生産糸状菌 Aspergillus tubingensis (A. niger) WU-2223L の育種を目的とした CRISPR/Cas9 システムを利用した遺伝子置換法の開発2021

    • Author(s)
      吉岡 育哲, 桐村 光太郎
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      日本生物工学会大会 (沖縄、オンライン開催) 講演要旨集 G2H1 (0310),p. 103, 2021年10月.
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Xanthomonas campestris WU-9701由来グルコース転移酵素XgtAの固定化および Ethyl &#61537;-D-glucopyranosideの選択的生産への応用2021

    • Author(s)
      曹 偉, 神戸 友美, 石井 義孝, 桐村 光太郎
    • Organizer
      第73回 (2021年) 日本生物工学会大会 (沖縄、オンライン開催) 講演要旨集 G2H4 (0113), p. 122, 2021年10月.
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Xanthomonas campestris WU-9701由来グルコース転移酵素XgtAによるalkyl α-D-glucopyranosidesの酵素的生産2021

    • Author(s)
      曹 偉, 渡邊 理沙, 石井 義孝, 桐村 光太郎
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会 (京都) 講演要旨集 3C05-03, 2022年3月
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ゲノムおよび代謝産物の分析に基づくクエン酸高生産菌Aspergillus tubingensis WU-2223Lのマイコトキシン非生産性の検証2021

    • Author(s)
      柴田 朗, 吉岡 育哲, 中川 博之, 桐村 光太郎
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会 (京都) 講演要旨集 4B02-11, 2022年3月.
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] クエン酸高生産菌Aspergillus tubingensis WU-2223L のドラフトゲノムの決定(Draft genome sequencing of Aspergillus tubingensis WU-2223L, a citric acid hyperproducer)2021

    • Author(s)
      吉岡 育哲、高橋 弘喜、楠屋 陽子、矢口 貴志、桐村 光太郎
    • Organizer
      日本農芸化学会2021年度大会(仙台)
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ゲノム編集システムを用いたクエン酸生産糸状菌におけるミトコンドリア局在型クエン酸輸送体遺伝子ノックアウト株の作製と性能評価(Properties of knock-out strains generated by the genome editing system in relation to genes encoding mitochondrial organic acid transporter proteins in citric acid-producing Aspergillus tubingensis WU-2223L)2021

    • Author(s)
      大浦 智之、吉岡 育哲、脇本 紗梨、桐村 光太郎
    • Organizer
      日本農芸化学会2021年度大会(仙台)
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] III 型PKS を利用したmethylmalonyl-CoA からの新規多置換芳香族化合物の合成(Synthesis of novel polysubstituted aromatic compounds from methylmalonyl-CoA by a type III polyketide synthase)2021

    • Author(s)
      飯塚 恭平、石井 義孝、桐村 光太郎
    • Organizer
      日本農芸化学会2021年度大会(仙台)
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      2020 Annual Research Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2024-01-30  

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