| Project/Area Number |
20H03065
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 40030:Aquatic bioproduction science-related
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| Research Institution | Fisheries Research and Education Agency |
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Principal Investigator |
關野 正志 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), グループ長 (90371799)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山本 佑樹 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 研究員 (10881980)
横内 一樹 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (50723839)
中道 礼一郎 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (70401255)
白井 厚太朗 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70463908)
中村 洋路 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (90463182)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000)
Fiscal Year 2023: ¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2020: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
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| Keywords | 自然選択 / 一塩基多型 / 集団ゲノミクス / 集団遺伝学 / 分子生態学 |
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| Outline of Research at the Start |
ニホンウナギは、河川などの淡水域で成長して海域で産卵する、いわゆる降河回遊性の通し回遊魚と言われてきたが、シラスウナギとして沿岸に来遊し、そのまま河口・内湾に定着する個体（便宜上海ウナギと呼ぶ）と、河川に遡上して定着する個体（川ウナギ）が存在することが明らかになっている。このように大きく異なる環境を成育場として選ぶ生活史多型のメカニズムは分かっていない。そこで本研究では、海ウナギと川ウナギグループ間で一塩基多型マーカーを使った集団ゲノム解析を行い、各グループを特徴づける変異が存在する遺伝子を同定することにより、海と河川という成育場の選択が遺伝的に裏打ちされた自然選択の結果であるかを検証する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
2023年度は、2022年度の冬季に浜名湖で採集された53個体の銀ウナギ（産卵降河回遊中のニホンウナギ）についてゲノムDNAを抽出し、RADseq法により制限酵素SpeI認識配列部位付近の塩基配列を得た。また電子線プローブマイクロアナライザー（EMPA)により耳石のストロンチウム・カルシウム比を調べ、各個体の回遊履歴を明らかにした。53個体のうち、15個体は来遊後、海に下っていない川ウナギ、26個体は河川に遡上したことがない海ウナギ、12個体は海と川を往来した履歴のあるシフターであった。
これまでに採集した浜名湖と愛媛の海ウナギと川ウナギサンプルを用いて、集団多型解析に用いることができるSNPセット選択した。ジェノタイプの信頼性を高めるための種々のSNPフィルタリング後、利用できるSNPマーカー数は48,374であった。これらのマーカーを用いて、outlier解析、機械学習（random forest)などの統計手法を用いて、海ウナギ・川ウナギを特徴づけるゲノム領域の探索を行った。
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| Research Progress Status |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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