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脊椎動物の染色体凝縮を担うコンデンシンの構造基盤と動的挙動の解明

Research Project

Project/Area Number 20H03197
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 43020:Structural biochemistry-related
Research InstitutionUniversity of Shizuoka

Principal Investigator

原 幸大  静岡県立大学, 薬学部, 准教授 (80729343)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 橋本 博  静岡県立大学, 薬学部, 教授 (40336590)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2020: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
KeywordsX線結晶構造解析 / 染色体凝縮 / コンデンシン
Outline of Research at the Start

本研究の目的は、脊椎動物の染色体凝縮を担うコンデンシンのnon-SMCサブユニットの結晶構造を高分解能で決定すると共に、ヌクレオソームやSMCサブユニットとの複合体を再構成し、SAXS、Cryo-EMにより動的挙動を解析する。また、染色体の再構成系を用いた構造機能相関解析を通して、菌類のモデルでは説明できない脊椎動物特有の染色体凝縮の作用機序を原子レベルで明らかにすることにある。染色体凝縮の機能不全はがんや小頭症を引き起こすことから、その分子メカニズムを理解することで抗がん剤創薬が期待できる。

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、脊椎動物の染色体凝縮を担うコンデンシンのnon-SMCサブユニットの結晶構造を高分解能で決定すると共に、ヌクレオソームやSMCサブユニットとの複合体を再構成し、SAXS、Cryo-EMにより動的挙動を解析することを目標とする。また、染色体の再構成系を用いた構造機能相関解析を通して、菌類のモデルでは説明できない脊椎動物特有の染色体凝縮の作用機序を原子レベルで明らかにすることにある。染色体凝縮の機能不全はがんや小頭症を引き起こすことから、その分子メカニズムを理解することで抗がん剤創薬が期待できる。
本年度は、コンデンシンIIのnon-SMCサブユニットの一つであるCAP-G2-H2、コンデンシンIのnon-SMCサブユニットであるCAP-G-H、及びDNAとの複合体の結晶化条件の探索を重点的に行っており、微結晶が得られているが構造解析に適した結晶は得られていない。今後、結晶構造解析に加えて、Cryo-EM測定と単粒子解析のための準備を進める。また、コンデンシンI・IIの他のnon-SMCサブユニットであるCAP-D3-H2に関してはヒトホモログに加えて複数の脊椎動物ホモログを用いて組換えタンパク質発現系の構築を進めている。CAP-D2-Hに関しては、組換えタンパク質の精製純度を改良するために、HisタグからGSTタグにアフィニティータグを変更した組換えタンパク質発現系の構築を中心に進めた。コンデンシンホロコンプレックスやヌクレオソームとの複合体の再構成系の構築も進めたいが、non-SMCサブユニットの調製と構造解析が当初計画よりもやや遅れているため、今後はnon-SMCサブユニットの構造解析にさらに重点を置く。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

昨年度までに、CAP-D3-H2を除く全てのコンデンシンI・IIのnon-SMCサブユニットの調製方法を確立したものの、結晶構造解析に成功したのはCAP-G-Hのみであるため。今後、Cryo-EMによる構造解析も視野に入れて研究を進める。

Strategy for Future Research Activity

コンデンシンIIのnon-SMCサブユニットであるCAP-G2-H2の構造解析、及びCAP-D3-H2の試料調製に重点を置く。
コンデンシンIのnon-SMCサブユニットであるCAP-D2-Hの組換えタンパク質の純度を向上させるために、HisタグからGSTタグにアフィニティータグを変更した発現系を再構築した。グルタチオンセファロース樹脂を利用した精製を組み込むことで組換えタンパク質の純度の向上を目指す。もう一つのnon-SMCサブユニットであるCAP-G-Hについては、引き続き2本鎖DNAとの複合体の結晶化条件の探索を行う。

Report

(2 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report

Research Products

(24 results)

All 2022 2021 2020

All Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 5 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Development of a DNA aptamer that binds to the complementarity-determining region of therapeutic monoclonal antibody and affinity improvement induced by pH-change for sensitive detection2022

    • Author(s)
      Saito Taro、Shimizu Yutaka、Tsukakoshi Kaori、Abe Koichi、Lee Jinhee、Ueno Kinuko、Asano Ryutaro、Jones Brian V.、Yamada Tomohiro、Nakano Tatsuki、Tong Jiaxing、Hishiki Asami、Hara Kodai、Hashimoto Hiroshi、Sode Koji、Toyo’oka Toshimasa、Todoroki Kenichiro、Ikebukuro Kazunori
    • Journal Title

      Biosens Bioelectron

      Volume: 203 Pages: 114027-114027

    • DOI

      10.1016/j.bios.2022.114027

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      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural basis for peptide recognition by archaeal oligopeptide permease A2022

    • Author(s)
      Yokoyama Hideshi、Kamei Nanami、Konishi Keijiro、Hara Kodai、Ishikawa Yoshinobu、Matsui Ikuo、Forterre Patrick、Hashimoto Hiroshi
    • Journal Title

      Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

      Volume: -

    • DOI

      10.1002/prot.26324

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Preparation, crystallization, and X-ray data collection of archaeal oligopeptide permease A2021

    • Author(s)
      Yokoyama Hideshi、Kamei Nanami、Konishi Keijiro、Hara Kodai、Ishikawa Yoshinobu、Matsui Ikuo、Forterre Patrick、Hashimoto Hiroshi
    • Journal Title

      Crystallography Reports

      Volume: 66 Pages: 1300-1305

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Catalytic mechanism and endo-to-exo selectivity reversion of an octalin-forming natural Diels?Alderase2021

    • Author(s)
      Sato Michio、Kishimoto Shinji、Yokoyama Mamoru、Jamieson Cooper S.、Narita Kazuto、Maeda Naoya、Hara Kodai、Hashimoto Hiroshi、Tsunematsu Yuta、Houk Kendall N.、Tang Yi、Watanabe Kenji
    • Journal Title

      Nature Catalysis

      Volume: 4 Pages: 223-232

    • DOI

      10.1038/s41929-021-00577-2

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  • [Journal Article] Specialized Flavoprotein Promotes Sulfur Migration and Spiroaminal Formation in Aspirochlorine Biosynthesis2020

    • Author(s)
      Tsunematsu Yuta、Maeda Naoya、Sato Michio、Hara Kodai、Hashimoto Hiroshi、Watanabe Kenji、Hertweck Christian
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 143 Pages: 206-213

    • DOI

      10.1021/jacs.0c08879

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  • [Journal Article] Structural and Functional Analyses of a Spiro-Carbon-Forming, Highly Promiscuous Epoxidase from Fungal Natural Product Biosynthesis2020

    • Author(s)
      Matsushita Takuma、Kishimoto Shinji、Hara Kodai、Hashimoto Hiroshi、Watanabe Kenji
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 59 Pages: 4787-4792

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00896

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Inactive dimeric structure of the protease domain of stomatin operon partner protein2020

    • Author(s)
      Yokoyama Hideshi、Suzuki Kana、Hara Kodai、Matsui Ikuo、Hashimoto Hiroshi
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section D Structural Biology

      Volume: 76 Pages: 515-520

    • DOI

      10.1107/s2059798320005021

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural study of the interaction between HEAT repeats and kleisin subunit of human condensin I2020

    • Author(s)
      原 幸大、橋本 博
    • Journal Title

      生化学

      Volume: 92 Issue: 6 Pages: 801-805

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2020.920801

    • NAID

      40022454250

    • ISSN
      0037-1017
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  • [Journal Article] 液-液相分離を介したクロマチン構造と機能の制御2020

    • Author(s)
      野澤 竜介、原 幸大、丁 大橋
    • Journal Title

      生物工学会誌

      Volume: 98 Pages: 241-245

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  • [Presentation] シミ・そばかすの原因タンパク質のX線結晶構造解析2021

    • Author(s)
      原幸大
    • Organizer
      東京農業大学大学院講義
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    • Invited
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    • Author(s)
      Kodai Hara
    • Organizer
      Genome modality Understanding physical properties of the genome
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Crystallization of condensin II subcomplex CAP-G2-H2 and DNA complex2021

    • Author(s)
      So Yajima
    • Organizer
      The 26th Shizuoka forum on health and longevity
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  • [Presentation] GATA4 dimerization may be a target for heart failure therapy2021

    • Author(s)
      Satoshi Shimizu
    • Organizer
      Basic Cardiovascular Sciences Scientific Sessions 2021
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      Satoshi Shimizu
    • Organizer
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      岡﨑菫
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      中原実玖
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      中原実玖
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    • Author(s)
      矢島聡
    • Organizer
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      矢島聡
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      原幸大
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    • Invited

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2022-12-28  

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