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Structural basis for alternating access mechanism of ABC multi-drug pump in lipid membrane

Research Project

Project/Area Number 20H03222
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 43040:Biophysics-related
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

Kato Hiroaki  京都大学, 薬学研究科, 教授 (90204487)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 潘 東青  京都大学, 薬学研究科, 特定研究員 (50710787)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥17,810,000 (Direct Cost: ¥13,700,000、Indirect Cost: ¥4,110,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2020: ¥7,670,000 (Direct Cost: ¥5,900,000、Indirect Cost: ¥1,770,000)
Keywordsトランスポーター / ATP / 膜タンパク質 / 立体構造解析 / 多剤認識 / 多剤耐性 / 構造生物学 / CryoEM / X線結晶解析 / 構造薬理学 / X線解析 / 立体構造 / ATP
Outline of Research at the Start

本申請は、生体防御の最終バリアーであると同時に癌の獲得多剤耐性の原因であるATP結合カセットトランスポーターABCB1が、1)非常に多種多様な化学構造の分子を排出できる能力、2)極めて効率的な基質輸送と動力獲得の化学反応(ATP結合と加水分解)を共役させて能動輸送を実現する能力に焦点を当てる。そして、それら作用に関わる多段階過程を同定しその構造研究を行う。すなわち、それぞれの反応過程の立体構造のスナップショットを撮り、基質が反応に伴い輸送されて行く過程で、トランスポーターがどのように構造変化しているのか、それらを実現する動力エネルギー供給の仕組みはどうなっているのか、構造基盤を明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

The ATP-binding cassette transporter ABCB1 is the final barrier in host defense and the cause of acquired multidrug resistance in cancer. We focus on the ability of ABCB1 to flow out molecules of very diverse chemical structures and to achieve highly efficient active transport coupled with ATP hydrolase chemistry and studied the following subjects. Structural analysis of the key apparatus of transporter function, establishment of a short-lifetime X-ray crystallography method to capture structural changes accompanying the transporter actions, and the construction of the specific detection method of the substrate binding using site-specifically introduced tryptophan fluorescence at the substrate binding site proposed by the crystal structure.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

膜トランスポーターは、生体膜に挿入されている重要なタンパク質であり、細胞内へ栄養素を吸入したり、細胞外へ代謝廃棄物や毒性化合物を排出している。これまで多くの膜トランスポーターの立体構造が明らかにされてきたが、未だ未解明の謎として以下の疑問が残されている。すなわち、どのようなメカニズムで膜トランスポーターは、輸送に必要な動力となるエネルギーを細胞から得ているのかである。ATP Binding Cassette (ABC)トランスポーターは、ATPを動力源として膜を介する能動輸送をしており、その障害は重篤な病気を引き起こすことが知られていることから、その謎の解明は健康長寿社会の発展にも有益である。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2022 2021 2020 Other

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (10 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Structure‐based alteration of tryptophan residues of the multidrug transporter <scp>CmABCB1</scp> to assess substrate binding using fluorescence spectroscopy2022

    • Author(s)
      Inoue Yoshiki、Yamaguchi Tomohiro、Otsuka Tetsuo、Utsunomiya Yuto、Pan Dongqing、Ogawa Haruo、Kato Hiroaki
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 31 Issue: 6

    • DOI

      10.1002/pro.4331

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of CmABCB1 multi-drug exporter in lipidic mesophase revealed by LCP-SFX2021

    • Author(s)
      Pan Dongqing、Oyama Ryo、Sato Tomomi、Nakane Takanori、Mizunuma Ryo、Matsuoka Keita、Joti Yasumasa、Tono Kensuke、Nango Eriko、Iwata So、Nakatsu Toru、Kato Hiroaki
    • Journal Title

      IUCrJ

      Volume: 9 Issue: 1 Pages: 134-145

    • DOI

      10.1107/s2052252521011611

    • NAID

      120007179308

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The crystal structure of the CmABCB1 G132V mutant, which favors the outward‐facing state, reveals the mechanism of the pivotal joint between TM1 and TM32021

    • Author(s)
      Matsuoka Keita、Nakatsu Toru、Kato Hiroaki
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 30 Issue: 5 Pages: 1064-1071

    • DOI

      10.1002/pro.4058

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural and functional diversity calls for a new classification of ABC transporters2020

    • Author(s)
      Thomas Christoph、Ueda Kazumitsu、Tampe Robert et al.
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 594 Issue: 23 Pages: 3767-3775

    • DOI

      10.1002/1873-3468.13935

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡によるABC多剤排出トランスポーターと基質複合体の単粒子構造解析2022

    • Author(s)
      坂口 俊平、水沼 諒、宮田 知子、牧野 文信、難波 啓一 、 小川 治夫、加藤 博章
    • Organizer
      第43回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] ABCトランスポーターのリン脂質膜中と界面活性剤中における薬物親和性の違い2022

    • Author(s)
      相良優介、水沼 諒、小川治夫、加藤博章
    • Organizer
      日本薬学会第143年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] X線結晶解析によるABCトランスポーターの多剤認識メカニズム2022

    • Author(s)
      水沼 諒、小田島 圭、三和 空知、瀧川 紘、高須 清誠、小川 治夫、加藤 博章
    • Organizer
      日本薬学会第143年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] ABC多剤排出トランスポーター薬物複合体のX線結晶構造解析2021

    • Author(s)
      水沼 諒、小田島 圭、三和 空知、潘 東青、瀧川 紘、中津 亨、高須 清誠、加藤 博章
    • Organizer
      第42回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ABC多剤排出トランスポーターのCryo-EMによる構造解析2021

    • Author(s)
      坂口 俊平、水沼 諒、小川 治夫、加藤 博章
    • Organizer
      日本薬学会第142年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 立体構造に基づいたABC多剤排出トランスポーターCmABCB1の基質輸送に関わる残基の役割2021

    • Author(s)
      水沼 諒、潘 東青、小川 治夫、加藤 博章
    • Organizer
      日本薬学会第142年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Candida albicansの多剤排出ABCトランスポーターCdr1pのクライオ電顕による単粒子解析2021

    • Author(s)
      潘 東青、筒井 隼一、宮田 知子、牧野 文信、難波 啓一、小川 治夫、加藤 博章
    • Organizer
      日本薬学会第142年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 親和性標識によるP糖タンパク質CmABCB1の基質結合様式の同定2021

    • Author(s)
      小田島 圭、潘 東青、三和 空知、水沼 諒、瀧川 紘、高須 清誠、加藤 博章
    • Organizer
      日本薬学会第141年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 多剤排出トランスポーターCmABCB1と基質アナログの結晶構造解析2021

    • Author(s)
      水沼 諒、小田島 圭、三和 空知、潘 東青、瀧川 紘、中津 亨、高須 清誠、加藤 博章
    • Organizer
      日本薬学会第141年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ナノディスクに挿入したP糖タンパク質CmABCB1のATPase活性に対する脂質成分の影響2021

    • Author(s)
      陳月、潘 東青、加藤 博章
    • Organizer
      日本薬学会第141年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Remarks] がんの多剤排出の原因ABCトランスポーターの立体構造をSACLAのX線自由電子レーザーで決定

    • URL

      https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2021-12-23

    • Related Report
      2021 Annual Research Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2024-01-30  

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