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Complex formation between RNA cleaving-enzyme and antisense and its application to regulation of long non-coding RNAs.

Research Project

Project/Area Number 20H03372
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 47010:Pharmaceutical chemistry and drug development sciences-related
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

Yasuo Komatsu  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究部門長 (30271670)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 周東 智  北海道大学, 薬学研究院, 名誉教授 (70241346)
平野 悠  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (70415735)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥17,810,000 (Direct Cost: ¥13,700,000、Indirect Cost: ¥4,110,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2020: ¥7,540,000 (Direct Cost: ¥5,800,000、Indirect Cost: ¥1,740,000)
Keywordsアンチセンス / RNA / オリゴヌクレオチド / クロスリンク / miRNA / 核酸 / 核酸医薬 / 遺伝子
Outline of Research at the Start

近年、長鎖非タンパクコードRNA(lncRNA)が複数発見され、このlncRNAの機能制御にはsiRNAやアンチセンスオリゴ(ASO)が有力な手法となる。siRNAは核酸・酵素複合体として細胞内で酵素的に作用するが、核内における効果が低い。一方ASOは核および細胞質いずれにも分布可能であるが、RNA切断酵素と結合せず酵素的に作用しないため、多くの投与量と化学修飾が必要になる。そこで本研究では、RNA分解酵素に結合する核酸構造をはじめに構築し、同構造を介してASOと酵素を複合体化させる技術を開発する。これにより酵素的にRNAを切断することが可能な新規なASOの構築を目指す。

Outline of Final Research Achievements

In this study, we aimed to develop a novel type of antisense oligonucleotide (ASO) that has a RNaseH-binding domain proximal to the single stranded antisense region and act catalytically work in cells. First, we analyzed the intracellular dynamics of an ASO having a cross-linked double strand (CLD) and found that the CLD is stable within cells for an extended period and has potential to control the intracellular distribution of the ASO. Subsequently, to improve the stability of the CLD within cells, we synthesized a new type of pCLD that has rigid cyclopropane rings at the cross-linked sites. It was confirmed that the pCLD-connected ASOs could show high nuclease resistance and inhibit miRNA function.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

ASOなどの核酸医薬が近年相次いで上市され、今後もこの傾向が続くと考えられる。本研究では、独自の核酸2本鎖安定化技術を利用してCLDを接続したASO開発し、CLDが細胞内におけるASOの安定化と細胞内分布の制御に有効であることを確認した。また、シクロプロパン構造を導入した新たな2本鎖構造を開発し、長期間細胞内で安定であることを確認した。これらの成果は低濃度のASO条件下でも持続的に細胞内で作用し得る新たな核酸医薬の提供につながり、今後、siRNAとASOの欠点を補間する技術に成り得ると考える

Report

(4 results)
  • 2023 Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2023 2022 2021 2020

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 3 results) Presentation (9 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Biased distribution of action-at-a-distance mutations by 8-oxo-7,8-dihydroguanine2022

    • Author(s)
      Ruriko Fukushima, Tetsuya Suzuki, Yasuo Komatsu, Hiroyuki Kamiya
    • Journal Title

      Mutation research (Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis)

      Volume: 825 Pages: 111794-111794

    • DOI

      10.1016/j.mrfmmm.2022.111794

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Promotion of cytoplasmic localization of oligonucleotides by connecting cross-linked duplexes2022

    • Author(s)
      Hirano Yu、Komatsu Yasuo
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 12 Issue: 38 Pages: 24471-24477

    • DOI

      10.1039/d2ra04375k

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Synthesis of crosslinked 2′-OMe RNA duplexes and their application for effective inhibition of miRNA function2021

    • Author(s)
      Abdelhady Ahmed Mostafa、Hirano Yu、Onizuka Kazumitsu、Okamura Hidenori、Komatsu Yasuo、Nagatsugi Fumi
    • Journal Title

      Bioorg. Med. Chem. Lett.

      Volume: 48 Pages: 128257-128257

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2021.128257

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Analysis of GTP addition in the reverse (3′-5′) direction by human tRNA(His) guanylyltransferase2021

    • Author(s)
      Nakamura Akiyoshi、Wang Daole、Komatsu Yasuo
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 27 Issue: 6 Pages: 665-675

    • DOI

      10.1261/rna.078287.120

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Stable duplex-linked antisense targeting miR-148a inhibits breast cancer cell proliferation2021

    • Author(s)
      Okumura Sho、Hirano Yu、Komatsu Yasuo
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 11467-11467

    • DOI

      10.1038/s41598-021-90972-3

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Similar frequency and signature of untargeted substitutions induced by abasic site analog under reduced human APE1 conditions2021

    • Author(s)
      Suzuki Tetsuya、Katayama Yuri、Komatsu Yasuo、Kamiya Hiroyuki
    • Journal Title

      The Journal of Toxicological Sciences

      Volume: 46 Issue: 6 Pages: 283-288

    • DOI

      10.2131/jts.46.283

    • NAID

      130008046831

    • ISSN
      0388-1350, 1880-3989
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Discovery of 6-Oxo-4-phenyl-hexanoic acid derivatives as RORγt inverse agonists showing favorable ADME profile2021

    • Author(s)
      Nakajima Ryota、Oono Hiroyuki、Kumazawa Keiko、Ida Tomohide、Hirata Jun、White Ryan D.、Min Xiaoshan、Guzman-Perez Angel、Wang Zhulun、Symons Antony、Singh Sanjay K.、Mothe Srinivasa Reddy、Belyakov Sergei、Chakrabarti Anjan、Shuto Satoshi
    • Journal Title

      Bioorg. Med. Chem. Lett.

      Volume: 36 Pages: 127786-127786

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2021.127786

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    • Author(s)
      平野 悠、小松 康雄
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      日本核酸医薬学会第8回年会
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      小松 康雄
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      LS-BT講演会
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      2022 Annual Research Report
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    • Author(s)
      小松康雄
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      産総研北海道センターシンポジウムin札幌
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      成廣 隆、菊池 義智、光田 展隆、玉木 秀幸、小松 康雄
    • Organizer
      第20回 産総研・産技連LS-BT合同研究発表会
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    • Author(s)
      平野 悠、小松 康雄
    • Organizer
      日本核酸医薬学会第7回年会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 2本鎖構造を有するアンチセンス核酸の細胞内局在2021

    • Author(s)
      平野 悠、小松 康雄
    • Organizer
      日本核酸医薬学会第6回年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ヒト由来tRNAHisグアニルトランスフェラーゼによる逆方向(3′-5′)の塩基付加反応の解析とRNA5’末端修飾への応用2021

    • Author(s)
      中村 彰良、汪 道楽、小松 康雄
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 核酸の効率的な化学修飾を可能にするリンカーの開発2021

    • Author(s)
      小島 直、小松 康雄
    • Organizer
      理研セミナー「核酸分析の最前線 2」
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Nucleotide recognition mechanism of human tRNAHis guanylyltransferase and its application to RNA 5′-modification2020

    • Author(s)
      中村 彰良、汪 道楽、小松 康雄
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Book] 核酸科学ハンドブック2020

    • Author(s)
      日本核酸化学会、杉本 直己
    • Total Pages
      576
    • Publisher
      講談社
    • ISBN
      9784065207864
    • Related Report
      2020 Annual Research Report

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2025-01-30  

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