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NAD metabolic network via dynamic chromatin regulation defining diversity of radiationinduced DNA damage response

Research Project

Project/Area Number 20H04336
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 63020:Radiation influence-related
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

Ikura Tsuyoshi  京都大学, 生命科学研究科, 准教授 (70335686)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥15,860,000 (Direct Cost: ¥12,200,000、Indirect Cost: ¥3,660,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2020: ¥5,720,000 (Direct Cost: ¥4,400,000、Indirect Cost: ¥1,320,000)
KeywordsNAD / H2AX / acetylation / DNA damage / de novo pathway / salvage pathway / 線量率効果 / TIP60ヒストンアセチル化酵素 / NAD代謝 / ヒストンアセチル化 / ヒストンH2AX / クロマチン / 線量率
Outline of Research at the Start

放射線障害に対する生体応答の多様性が生まれる仕組みを分子レベルで解明することは、放射線治療、低線量の放射線障害の個人差の問題を打開する上でも極めて重要である。我々は、放射線障害ストレスによる細胞核内のアセチル化を介したクロマチンの動的制御が、NAD代謝経路と連動し、ミトコンドリアでのATP産生に影響を及ぼすことを見出した。本課題では、細胞核と細胞質に複数存在するNAD代謝経路に着目し、異なる線量率ごとのNADエネルギー代謝経路の存在を明らかにする。これらの結果をもとに、異なる線量率での放射線障害に対する生体の多様性が生まれる仕組みを代謝変動から理解し、その分子基盤の構築を目指す。

Outline of Final Research Achievements

We have already shown by chromatin immunoprecipitation that de novo NAD synthase, NAD syn1, accumulates at sites of DNA damage in a TIP60-induced H2AX acetylation-dependent manner. In the this study, we investigated the role of this enzyme in the cell nucleus in response to DNA damage stress. We found that the accumulation of NAD syn1 at the site of DNA damage shifts the cytosol-dependent production of NAD from the salvage pathway to the de novo pathway in the cell nucleus, and that the production of NAD in the cell nucleus is necessary to suppress the abnormal acceleration of cellular senescence and tumorigenesis induced by genomic damage stress.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

ニコチンアミドジヌクレオチド(NAD)は、老化やがん化において最も変動する代謝物の一つである。加齢に伴いNADが、低下することはよく知られており、NADのサプリメントは、健康食品としてもすでに販売されている。細胞は、いかなるストレスに対してもNADの低下を防ぐ戦略を持ち得ている。今回は、TIP60によるH2AXのアセチル化を介して細胞核内でNAD産生を行うことが、ゲノムストレスによるNADの産生が低下と細胞老化の異常加速を防いでいることを示した。今後はNADの低下を防ぐためにH2AXのアセチル化を亢進させる薬剤の開発が望まれる。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2023 2022 2021 2020 Other

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 5 results) Remarks (4 results)

  • [Journal Article] Machine learning extracts oncogenic‐specific γ‐H2AX foci formation pattern upon genotoxic stress2023

    • Author(s)
      Furuya Kanji、Ikura Masae、Ikura Tsuyoshi
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 28 Issue: 3 Pages: 237-243

    • DOI

      10.1111/gtc.13005

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Impact of Nuclear De Novo NAD Synthesis via Histone Dynamics on DNA Repair during Cellular Senescence To Prevent Tumorigenesis2022

    • Author(s)
      Ikura Masae、Furuya Kanji、Matsuda Tomonari、Ikura Tsuyoshi
    • Journal Title

      Molecular and Cellular Biology

      Volume: 42 Issue: 11 Pages: 1-16

    • DOI

      10.1128/mcb.00379-22

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protocol for in vitro BCR-mediated plasma cell differentiation and purification of chromatin-associated proteins2021

    • Author(s)
      Ochiai Kyoko、Shima Hiroki、Ikura Tsuyoshi、Franke Marissa C.、Sievert Evelyn P.、Sciammas Roger、Igarashi Kazuhiko
    • Journal Title

      STAR Protocols

      Volume: 2 Issue: 3 Pages: 100633-100633

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2021.100633

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Functional impacts of the ubiquitin-proteasome system on DNA damage recognition in global genome nucleotide excision repair2020

    • Author(s)
      Sakai W, Yuasa-Sunagawa M, Kusakabe M, Kishimoto A, Matsui T, Kaneko Y, Akagi JI, Huyghe N, Ikura M, Ikura T, Hanaoka F, Yokoi M, Sugasawa K.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10(1) Issue: 1 Pages: 19704-19704

    • DOI

      10.1038/s41598-020-76898-2

    • NAID

      120006940230

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] ゲノムストレス下におけるがん異常増殖の仕組みの分子理解への取り組み2022

    • Author(s)
      古谷 寛治 、井倉 正枝 、井倉 毅
    • Organizer
      日本放射線影響学会 第65回大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 予測不可能なゲノム損傷に対応する多様なヒストン化学修飾の役割とその頑強性2022

    • Author(s)
      井倉 毅, 古谷 寛治, 白木 琢磨, 井倉 正枝
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会シンポジウム
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      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 融合研究への挑戦:動的細胞老化を司るヒストンタンパク質の新知見2021

    • Author(s)
      井倉 毅、古谷寛治、白木琢磨、井倉正枝
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会
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    • Invited
  • [Presentation] 多様なストレスに対峙するゲノムストレス応答タンパク質複合体の揺らぎ2021

    • Author(s)
      井倉 毅、古谷寛治、白木琢磨、井倉正枝
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
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      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] オートファジーを介したリン酸化シグナル調節によるがん細胞のゲノムDNA損傷ストレス抵抗性獲得戦略2021

    • Author(s)
      古谷 寛治 、井倉 正枝 、井倉 毅
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
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  • [Presentation] NAD代謝変動から見たゲノムストレス応答ダイナミクス2020

    • Author(s)
      井倉 毅、古谷寛治、井倉正枝
    • Organizer
      第93回 日本生化学会大会シンポジウム
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      2020 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] オートファジー機構によるがん増殖におけるリン酸化シグナル経路の調節2020

    • Author(s)
      古谷寛治、井倉正枝、 井倉 毅
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
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      2020 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Histone sensing : a new insight for aging research2020

    • Author(s)
      井倉 毅
    • Organizer
      8th SYMPOSIUM Smart-Aging Research Center (S.A.R.C) TOHOKU UNIVERSITY
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Remarks] 井倉研HP

    • URL

      http://house.rbc.kyoto-u.ac.jp/mutagenesis2/

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      2022 Annual Research Report
  • [Remarks] 機械学習によるがん化シグナルに特異的なγ-H2AX fociパターンの抽出

    • URL

      https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2023-01-12-3

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      2022 Annual Research Report
  • [Remarks] ゲノムストレス応答におけるNAD代謝変動

    • URL

      https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2022-10-25

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://house.rbc.kyoto-u.ac.jp/mutagenesis2/

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      2020 Annual Research Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2024-01-30  

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