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Quantum mechanism and regulation of radiation damage to DNA

Research Project

Project/Area Number 20H04338
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 63020:Radiation influence-related
Research InstitutionNational Institutes for Quantum Science and Technology

Principal Investigator

YOKOYA Akinari  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 専門業務員 (10354987)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 黒川 悠索  認定NPO法人量子化学研究協会, 研究所, 研究員 (30590731)
鵜飼 正敏  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 名誉教授 (80192508)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000)
Fiscal Year 2023: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2020: ¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000)
KeywordsDNA損傷 / DNA電子物性 / ハロゲン化DNA / シンクロトロン放射 / X線光電子分光 / X線吸収微細構造 / バンドギャップ / 金属化 / 放射線 / 電子状態 / ハロゲン化ウラシル / 価電子帯 / 光電子分光 / 放射線DNA損傷 / 放射線増感 / 光電子分光測定 / 量子化学計算 / SAC-CI理論 / ハートリー・ホック法 / DNA電子状態 / 放射線増感効果 / ハロゲン化DNA塩基 / シンクロトロンX線 / 軟X線分光 / 放射線照射効果 / 発光分光
Outline of Research at the Start

突然変異等など放射線による遺伝的変異の主要な要因であるDNAの分子損傷のメカニズムを、物理化学的観点から解明する。このため、DNAの電子状態に焦点を当て、ミクロな世界を支配する量子的性質と分子損傷の相関を実験と理論の両面から探る。特にハロゲンなど重い元素をDNAに取り込ませた生体に現れる高い放射線感受性のメカニズムを解明し、量子的観点から放射線増感剤の効果を制御するための技術開発に資する知見を得る。

Outline of Final Research Achievements

To understand the mechanism underlying the radiation damage to DNA, which are thought to be a major cause of radiation effects such as mutation, experiments of X-ray spectroscopy and theoretical approaches were conducted in terms of a quantum mechanical point of view. X-ray photoelectron spectroscopy and X-ray absorption spectroscopy were applied to elucidate the electronic properties of DNA related molecules, particularly energy gaps between the valence and conduction levels. The experimental evidence was compared with the energy levels obtained by quantum chemical calculation. The findings strongly suggest that the bromination or iodination of DNA significantly reduce the energy gap, indicating that the DNA obtains a metal-like property by the halogenations. This electric nature may open a novel quantum control technique to regulate DNA damage induction and resulting radiation effects on cells.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

X線分光実験と量子化学的な理論研究を両輪として、生体に対する放射線の照射効果をDNA分子の電子物性の観点から解明したことは本研究が世界でも初めてである。特に臭素など重いハロゲン原子の取り込みによる生体の放射線増感の主要因は、DNA分子の金属化に起因すると推測され放射線生物学に新たに量子的視点を提供した。また金属化レベルはハロゲン原子の重さに依存して大きくなることから、がんの放射線治療における放射線増感剤の探索にDNA分子の電子物性が新たな手がかりとなると考えられる。

Report

(5 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (26 results)

All 2024 2023 2022 2021 2020

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 1 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 6 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Electronic states of fluorinated DNA components revealed by X-ray photoelectron spectroscopy2024

    • Author(s)
      Onuma S.、Izumi Y.、Ohara M.、Yokoya A.
    • Journal Title

      Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section B: Beam Interactions with Materials and Atoms

      Volume: 547 Pages: 165225-165225

    • DOI

      10.1016/j.nimb.2023.165225

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  • [Journal Article] X-ray irradiation-induced ligand cleavage of a phthalocyanine derivative, tin (IV) phthalocyanine dichloride: A potential for X-ray activation of caged compounds2023

    • Author(s)
      Izumi Yudai、Ohara Maki、Fujii Kentaro、Yokoya Akinari、Ogawa Mikako
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 822 Pages: 140508-140508

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2023.140508

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  • [Journal Article] XPS法によるフッ化DNA関連分子の電子物性研究2023

    • Author(s)
      小沼草太, 大原麻希,横谷明徳
    • Journal Title

      Photon Factory Activity Report 2022 #40

      Volume: 2022 #40 Pages: 154-154

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  • [Journal Article] Incorporation of a bromine atom into DNA-related molecules changes their electronic properties2023

    • Author(s)
      Misaki Hirato, Akinari Yokoya, Yuji Baba, Seiji Mori, Kentaro Fujii, Shin-ichi Wada, Yudai Izumi, Yoshinori Haga
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: in press

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] X-ray photoelectron spectroscopy of Thymine and 5-Bromouracil studied by Symmetry-Adapted-Cluster Configuration-Interaction (SAC-CI) theory2022

    • Author(s)
      Yusaku I. Kurokawa, Hiroshi Nakatsuji, Misaki Hirato, Akinari Yokoya
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 805 Pages: 139957-139957

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2022.139957

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  • [Journal Article] ハロゲン化ウラシルの X 線光電子分光2022

    • Author(s)
      泉 雄大, 大原 麻希, 馬場 祐治, 横谷 明徳
    • Journal Title

      Photon Factory Activity Report 2021 #39 (2022)

      Volume: 2022-5 Pages: 173-173

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  • [Journal Article] Electronic properties of DNA-related molecules containing a bromine atom2020

    • Author(s)
      Hirato Misaki、Onizawa Misato、Baba Yuji、Haga Yoshinori、Fujii Kentaro、Wada Shin-ichi、Yokoya Akinari
    • Journal Title

      International Journal of Radiation Biology

      Volume: - Issue: 1 Pages: 1-7

    • DOI

      10.1080/09553002.2020.1800121

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] フッ素を含むDNA構成分子の電子状態の光電子分光研究2024

    • Author(s)
      小沼草太、大原麻希 、泉雄大、横谷明徳
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      第37回日本放射光学会年会・ 放射光科学合同シンポジウム
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  • [Presentation] 放射光分光による生体関連分子の電子物性研究2023

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      泉 雄大
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  • [Presentation] 5-ハロゲン化ウラシルのX線光電子分光測定2023

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      泉雄大、大原麻希、馬場祐治、横谷明徳
    • Organizer
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  • [Presentation] Electronic states of Fluorinated DNA component molecules revealed by X-ray Photoemission Spectroscopy2023

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      S. Onuma, Y. Izumi, M. Ohara, A. Yokoya
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      21st International Conference on Radiation Effects in Insulators
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  • [Presentation] Electronic states of a fluorinated DNA base, nucleoside and nucleotide revealed by synchrotron X-ray photoemission spectroscopy2023

    • Author(s)
      Sota Onuma, Yudai Izumi, Maki Ohara, Akinari Yokoya
    • Organizer
      Quantum Innovation 2023
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  • [Presentation] 放射線影響の初期過程から細胞応答のシステム的統合理解に向けて2023

    • Author(s)
      横谷明徳
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      令和5年度東京RBC新春放談会
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  • [Presentation] ハロゲン化ウラシル表面状態の第一原理電子状態計算2023

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      関川卓也、甲斐健師、小沼草太、芳賀芳範、横谷明徳
    • Organizer
      2023年度量子ビームサイエンスフェスタ
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 2ビーム利用による新しい放射線生物学のサイエンス(放射線生物UG)2023

    • Author(s)
      横谷 明徳
    • Organizer
      PF研究会「開発研究多機能ビームラインの建設と利用」②
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      2022 Annual Research Report
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  • [Presentation] 放射線影響の初期過程から細胞応答のシステム的統合理解に向けて2023

    • Author(s)
      横谷 明徳
    • Organizer
      令和5年度東京RBC新春放談会
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      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Radiation damage processes explored based on physical property of electronic states of biological molecules(電子状態の物理学的理解による放射線生体分子変異プロセスの探索)2022

    • Author(s)
      横谷 明徳
    • Organizer
      日本放射線影響学会第65回大会
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      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] クラスターDNA損傷2022

    • Author(s)
      横谷 明徳
    • Organizer
      Auger Therapy 研究会
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  • [Presentation] 軟X線XPSによるBr-ヌクレオチド分子の価電子状態計測とDNA分子内電荷移動機構2022

    • Author(s)
      平戸 未彩紀、横谷 明徳、馬場 祐治、和田 真一、芳賀 芳範、藤井 健太郎
    • Organizer
      第35回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
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  • [Presentation] ハロゲンドープにより金属化するDNA分子2022

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      泉 雄大、大原 麻希、馬場 祐治、横谷 明徳
    • Organizer
      量子生命科学会第4回大会
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  • [Presentation] 5-ハロゲン化ウラシルのX線光電子分光測定2022

    • Author(s)
      泉雄大,大原麻希,馬場祐治,横谷明徳
    • Organizer
      2021年度量子ビームサイエンスフェスタ , 第13回MLFシンポジウム, 第39回PFシンポジウム
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  • [Presentation] 5-クロロウラシルの塩素K殻XANESスペクトル測定2022

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      泉雄大,大原麻希,馬場祐治,横谷明徳
    • Organizer
      第35回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
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  • [Presentation] 軟X線XPSによるBr-ヌクレオチド分子の価電子状態計測とDNA分子内電荷移動機構2022

    • Author(s)
      平戸未彩紀,横谷明徳,馬場祐治,和田真一,芳賀芳範,藤井健太郎
    • Organizer
      第35回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
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  • [Presentation] 軟X線光電子分光法を用いた臭素化DNA関連分子の電子状態の研究2021

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      平戸未彩紀、馬場祐治、和田真一、藤井健太郎、横谷明徳
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      第34回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
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  • [Presentation] 細胞の放射線増感を誘発する臭素化DNA関連分子の電子状態の研究2020

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      平戸未彩紀、馬場祐治、藤井健太郎、和田真一、黒川悠索、中辻博、 横谷明徳
    • Organizer
      量子生命科学会第2回大会
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  • [Book] THE ENZYMES, DNA Damage and Double Strand Breaks - Part A2022

    • Author(s)
      Akinari Yokoya Yui Obata
    • Total Pages
      150
    • Publisher
      Academic Press
    • ISBN
      9780323993975
    • Related Report
      2022 Annual Research Report

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2025-01-30  

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