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Studies on nitrogen fixation of iron reducing bacteria as a key process supporting sustainable nitrogen fertility of rice paddy soil : towards low nitrogen agriculture

Research Project

Project/Area Number 20H05679
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (S)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Broad Section F
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

妹尾 啓史  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (40206652)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 増田 曜子  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (80813237)
伊藤 英臣  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (70748425)
早川 智恵  宇都宮大学, 農学部, 助教 (10725526)
藤原 徹  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (80242163)
大森 良弘  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20398390)
小暮 敏博  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (50282728)
Project Period (FY) 2020-08-31 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥198,120,000 (Direct Cost: ¥152,400,000、Indirect Cost: ¥45,720,000)
Fiscal Year 2022: ¥38,870,000 (Direct Cost: ¥29,900,000、Indirect Cost: ¥8,970,000)
Fiscal Year 2021: ¥38,350,000 (Direct Cost: ¥29,500,000、Indirect Cost: ¥8,850,000)
Fiscal Year 2020: ¥57,200,000 (Direct Cost: ¥44,000,000、Indirect Cost: ¥13,200,000)
Keywords鉄還元菌窒素固定 / 水田土壌微生物 / 窒素供給力 / 窒素肥沃度 / 低窒素農業 / 水田土壌
Outline of Research at the Start

「稲は地力でとる」と言われるように、水田土壌には窒素供給力(窒素肥沃度)を自律的に維持する能力が備わっているが、そのメカニズムは不明であった。我々は近年、「鉄還元菌による窒素固定」が窒素供給力の根幹をなす可能性を見出した。これを発展させ、本研究では低窒素施肥で十分な水稲収量を得る低窒素農業技術の基盤を構築する。水田土壌の鉄還元菌の生態、窒素固定量、窒素固定を制御する要因の解析を行う。さらに、鉄施用を軸として鉄還元菌窒素固定を高める土壌管理法を提案し、圃場試験によって技術の確立を目指す。鉄還元菌窒素固定の全貌を解明し、大量窒素施肥による環境汚染を低減化する水稲生産技術へ応用する独創的研究である。

Outline of Annual Research Achievements

[Ⅰ.水田土壌における 鉄還元菌窒素固定の学術基盤解明 ]
1.鉄還元窒素固定菌の微生物生態学的基盤:鉄還元窒素固定菌の分離株の性状解析を行い、新規鉄還元菌を報告した。また、ゲノム解析を行い、Geobacteralesの系統分類を整理し、窒素固定遺伝子情報を拡充した。世界の各種土壌のメタゲノムデータ解析を行い、鉄還元菌由来の窒素固定遺伝子の分布を明らかにした。
2.鉄還元菌窒素固定の土壌窒素供給力への寄与:農業用鉄粉を散布した水田土壌を用いて15N2-Stable Isotope Probingを実施した。鉄還元菌が水田土壌における窒素固定のキープレーヤーであり、その窒素固定活性は鉄粉の散布により増強されることが示された。
3.鉄還元菌窒素固定を制御する環境要因:稲わらが水田土壌の窒素固定の制御要因の一つであることを見出した。13C-稲わらを用いたSIP法により鉄還元窒素固定菌が稲わら由来炭素を取り込んでいることを明らかにした。根圏土壌中の鉄還元菌の割合を増加させるイネ遺伝子の存在を示した。水田土壌に元来存在する鉄鉱物の形態と分布を各種の分析法により明らかにした。
[Ⅱ. 鉄還元菌窒素固定の低窒素農業への応用 ]
1.鉄化合物による鉄還元菌窒素固定の活性強化(室内実験)、2.低窒素肥料水稲生産の実証(圃場試験):水田土壌ミクロコズム実験から、ferrihydrite等の低結晶性鉄化合物が鉄還元菌窒素固定の高い増強効果を示し、低結晶性鉄鉱物量を高く維持すると鉄還元菌窒素固定活性は持続的に増強できることが考えられた。水田圃場において農業用鉄資材を散布して水稲を栽培する試験を継続した。鉄資材の施用におり土壌の窒素固定活性が高まり、イネの生育と収量が増加した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

実施予定の研究計画の各項目について研究を進めている。土壌における稲わらの分解過程を解析するための実験系の構築に予定よりも時間を要したことを除いては、順調に研究が進展して成果を得ることができた。

Strategy for Future Research Activity

研究計画の各項目と実施内容に変更はなく、計画通りに推進していく。

Assessment Rating
Interim Assessment Comments (Rating)

A: In light of the aim of introducing the research area into the research categories, the expected progress has been made in research.

Report

(5 results)
  • 2022 Abstract (Interim Assessment) ( PDF )   Interim Assessment (Comments) ( PDF )
  • 2020 Abstract ( PDF )   Comments on the Screening Results ( PDF )   Annual Research Report

Research Products

(25 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 2 results) Presentation (15 results) (of which Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] 南京信息工程大学/南京工業大学(中国)

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      Kazumori Mise, Yoko Masuda, Keishi Senoo, Hideomi Itoh
    • Journal Title

      mSphere

      Volume: 6

    • DOI

      10.1128/msphere.00785-21

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  • [Journal Article] 水田土壌における鉄還元菌窒素固定の学術的基盤解明と低窒素農業への応用:低炭素社会の実現を目指して2021

    • Author(s)
      妹尾啓史・増田曜子・伊藤英臣・白鳥豊・大峽広智・Xu Zhenxing・山中遥加・石田敬典・高野諒・佐藤咲良・ Shen Weishou
    • Journal Title

      Soil Microorganisms

      Volume: 75(2) Issue: 2 Pages: 60-65

    • DOI

      10.18946/jssm.75.2_60

    • NAID

      130008109015

    • ISSN
      0912-2184, 2189-6518
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    • Author(s)
      Zhenxing Xu, Yoko Masuda, Xueding Wang, Natsumi Ushijima, Yutaka Shiratori, Keishi Senoo, Hideomi Itoh
    • Journal Title

      Frontiers in Microbiology

      Volume: 12 Pages: 737531-737531

    • DOI

      10.3389/fmicb.2021.737531

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  • [Journal Article] Geomesophilobacter sediminisgen. nov., sp. nov., Geomonas propionicasp. nov. and Geomonas anaerohicanasp. nov., three novel membersin the family Geobacterecaceisolated from river sediment and paddy soil2021

    • Author(s)
      Zhengcheng Zhang, Zhenxing Xu, Yoko Masuda, Xueding Wang, Natsumi Ushijima, Yutaka Shiratori, Keishi Senoo, Hideomi Itoh
    • Journal Title

      Systematic and Applied Microbiology

      Volume: 44(5) Pages: 126233-126233

    • DOI

      10.1016/j.syapm.2021.126233

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  • [Journal Article] Enhancement of the nitrogen-fixing activity of paddy soils owing to iron application2021

    • Author(s)
      Masuda Yoko、Shiratori Yutaka、Ohba Hirotomo、Ishida Takanori、Takano Ryo、Satoh Sakura、Shen Weishou、Gao Nan、Itoh Hideomi、Senoo Keishi
    • Journal Title

      Soil Science and Plant Nutrition

      Volume: 1 Issue: 3 Pages: 243-247

    • DOI

      10.1080/00380768.2021.1888629

    • NAID

      210000158861

    • ISSN
      0038-0768, 1747-0765
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  • [Journal Article] 鉄で土を肥やす~水田土壌における窒素固定の新たな役者「鉄還元菌」の発見と応用~2021

    • Author(s)
      妹尾啓史・大峽広智
    • Journal Title

      肥料時報

      Volume: 3 Pages: 7-27

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  • [Journal Article] 水田土壌における窒素固定の新たな役者「鉄還元菌」の発見と低窒素肥料農業への応用2021

    • Author(s)
      妹尾啓史
    • Journal Title

      作物生産と土づくり

      Volume: 2・3月号 Pages: 51-55

    • NAID

      40022515930

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    • Journal Title

      現代農業

      Volume: 10月号 Pages: 88-91

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      Zhihang Feng, Yoshihiro Ohmori, Yoko Masuda, Keishi Senoo, Toru Fujiwara
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      第63回日本植物生理学会年会
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      矢木貴也・Zhihang Feng・大森良弘・増田曜子・大峽広智・妹尾啓史・藤原徹
    • Organizer
      第63回日本植物生理学会年会
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  • [Presentation] 鉄で土を肥やし環境を守る:水田の持続的水稲生産を支える鉄還元菌窒素固定の発見と応用2022

    • Author(s)
      増田曜子
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      東京大学国際オープンイノベーション機構 農学と工学の超越創発イノベーションフォーラム
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  • [Presentation] 鉄で土を肥やす!鉄還元に伴う窒素固定の発見2022

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      増田曜子
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      新潟県土壌肥料懇話会令和3年度第2回研究会
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  • [Presentation] 窒素固定菌の比較ゲノム解析があぶり出す伝統的マーカー遺伝子の落とし穴2022

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      美世一守・増田曜子・妹尾啓史・伊藤英臣
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      第16回日本ゲノム微生物学会年会
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  • [Presentation] 窒素長期無施用水田土壌における窒素肥沃度維持の微生物メカニズム2021

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      増田曜子・佐藤咲良・宮本稜太・高野諒・石井勝博・大峽広智・白鳥豊・妹尾啓史
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      佐藤咲良・増田曜子・大峽広智・小暮敏博・高橋嘉夫・妹尾啓史
    • Organizer
      日本土壌肥料学会関東支部大会
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  • [Presentation] 鉄で土を肥やす~水田土壌における窒素固定の新たな役者「鉄還元菌」の発見と応用2021

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      妹尾啓史・大峽広智
    • Organizer
      令和3年度肥料経済研究会
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  • [Presentation] 水田土壌において鉄還元窒素固定菌への炭素源供給を担う微生物群集の解明2021

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      笠原拓己・増田曜子・妹尾啓史
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      Zhengcheng Zhang, Yoko Masuda, Keishi Senoo
    • Organizer
      日本微生物生態学会2021年度大会
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      増田曜子・Zhenxing Xu・伊藤英臣・大峽広智・白鳥豊・妹尾啓史
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    • Author(s)
      佐藤咲良・増田曜子・大峽広智・小暮敏博・高橋嘉夫・妹尾啓史
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2021年度北海道大会
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  • [Presentation] 水田土壌における鉄還元菌窒素固定の学術的基盤解明と低窒素農業への応用:低炭素社会の実現を目指して2021

    • Author(s)
      妹尾啓史
    • Organizer
      2021年日本土壌微生物学会
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  • [Presentation] Studies of the effect of rice cultivation on iron-reducing bacteria abundance in paddy soil2021

    • Author(s)
      Zhihang Feng, Yoshihiro Ohmori, Yoko Masuda, Keishi Senoo, Toru Fujiwara
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
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  • [Remarks] 東京大学土壌圏科学研究室

    • URL

      https://park-ssl.itc.u-tokyo.ac.jp/soil-cosmology/

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Published: 2020-09-07   Modified: 2022-12-28  

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