Single-cell analysis of hematologic malignancies
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20J20851
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Review Section |
Basic Section 54010:Hematology and medical oncology-related
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
安部 佳亮 筑波大学, 人間総合科学研究科, 特別研究員(DC1)
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| Project Period (FY) |
2020-04-24 – 2023-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥2,500,000 (Direct Cost: ¥2,500,000)
Fiscal Year 2022: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2021: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2020: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
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| Keywords | シングルセル解析 / リンパ腫 / リンパ節 / 間質細胞 / シングルセルRNAシーケンス / 血管内皮細胞 |
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| Outline of Research at the Start |
悪性リンパ腫においては、腫瘍の生存や増殖の支持における微小環境の役割が注目されてきたが、血管など非血液細胞系統の微小環境細胞の役割については十分検討されていない。最近のシングルセル解析の技術により、均一と考えられてきた細胞集団の多様性が明らかにされており、この技術を用いてリンパ腫内の微小環境細胞の多様性やリンパ腫に特異的な微小環境細胞を同定するとともに、これらによるリンパ腫細胞間のネットワークの支持基盤そして腫瘍化への寄与を明らかにし、それらをターゲットとした新しい治療薬の可能性を探索することを目的とし、ヒト臨床検体を用いて詳細に解析を行う。
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| Outline of Annual Research Achievements |
濾胞性リンパ腫患者10症例のサンプルから抽出した間質細胞のシングルセルデータを詳細に解析した。パイプラインSeuratを用いて統合・クラスタリングしたシングルセルデータをパイプラインMonocle3に移行してpseudotime解析を行い、各細胞クラスターの分化関係を推定することに成功した。血管内皮においては、動脈や静脈といった径の大きい血管内皮から毛細血管内皮、また、最終的に血管先端細胞に至る分化関係を示した。間質細胞においては、リンパ節の外壁や髄質に分布する線維芽細胞がリンパ節の濾胞周囲に分布する線維芽細胞、そして最終的に濾胞樹状細胞に分化することを推定した。また、パイプラインMetascapeを用いて、各細胞クラスターで高発現している遺伝子リストから各クラスターの機能の推定を行った。また、正常リンパ節の間質細胞のシングルセル解析データと比較解析を行うことで同定された、濾胞性リンパ腫の間質細胞において発現上昇している遺伝子に対しても同様に機能の推定を行い、濾胞性リンパ腫の間質細胞の機能の変化がサブクラスターごとに様々に変化していることが明らかとなった。
さらにこれらのアトラスを用いた解析がリンパ腫研究に広く有用であるかを調査するため、濾胞性リンパ腫以外のリンパ腫（T細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫から形質転換したびまん性大細胞型B細胞リンパ腫）においてもシングルセル解析を行い（合計8サンプル）、アトラスで同定されていた間質サブタイプがそれらのリンパ腫においても認められることを確認した。これらの解析はいずれも世界的に行われていない解析であり、解析結果は新規性を有している。
研究成果を論文化し、成果はNature Cell Biology誌にて出版された。
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(3 results)
Research Products
(5 results)
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[Journal Article] A single-cell atlas of non-haematopoietic cells in human lymph nodes and lymphoma reveals a landscape of stromal remodelling.2021
Author(s)
Abe Y, Sakata-Yanagimoto M, Fujisawa M, Miyoshi H, Suehara Y, Hattori K, Kusakabe M, Sakamoto T, Nishikii H, Nguyen TB, Owada Y, Enomoto T, Sawa A, Bando H, Yoshida C, Tabata R, Terao T, Nakayama M, Ohshima K, Usuki K, Oda T, Matsue K, Chiba S
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Journal Title
Nature cell biology
Volume: 24
Issue: 4
Pages: 565-578
DOI
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Peer Reviewed / Open Access
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