• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

分散的な推定・行動システムの最適性に基づく生物の探索行動の理解

Research Project

Project/Area Number 20J21362
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Review Section Basic Section 61040:Soft computing-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

中村 絢斗  東京大学, 情報理工学系研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2020-04-24 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥3,400,000 (Direct Cost: ¥3,400,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Keywords化学走性 / 細胞性粘菌 / 推定効率 / フィルタリング方程式 / 細胞形状 / 相互情報量最大化
Outline of Research at the Start

本研究では細胞性粘菌の化学走性を例にして、生物が外界を認識する上で行動の果たす役割を最適性の観点から扱う。細胞性粘菌は仮足により移動すると同時に、移動方向以外へも仮足を複雑なパターンで形成する。仮足形成を担う細胞内機構に関して多く研究されているが、生じる形成パターンの機能的意義に関しては不明点が多い。ここでは仮足形成が、外界の濃度勾配の効率的な探索に寄与する可能性に着目する。探索の最適性を扱うバンディットの枠組みを援用して効率的な形成パターンを数理モデル化し、細胞内機構で実現しうる分散的なアルゴリズムを構築する。実験的知見と比較し、仮足形成とその機構が探索の機能上良い設計でありうるか議論する。

Outline of Annual Research Achievements

本年度は、生物が推定効率を改善する可能性を定量的に調べるために、漸近的な設定において解析解の導出を試みた。推定効率を表す様々な指標が事後分布の汎関数として表せるため、事後分布の時間発展を表すフィルタリング方程式の定常解に着目することで、推定効率の定常値を求めることを目指した。生物のセンシングの文脈において、フィルタリング方程式の定常解は注目され始めているが、その導出方法は問題毎に個別的であり形状制御等の複雑な要素を取り入れる上では見通しの悪いところがある。そこで必要な仮定や問題間で共通する性質等がなるべく明確になるように整理することを試みた。
具体的にはフィルタリング方程式に現れるポアソンノイズをKramers-Moyal展開に基づいて拡散近似し、系全体の確率分布を周辺化することで事後分布の確率分布に整理して説明できることを見出した。これらの工夫に基づいて1次元上の化学走性の簡単な場合における定常誤差を導出できることを見出し、現在2次元上の化学走性の場合への適用を進めている。2次元上の化学走性モデルに適用する際の困難は、1次元上のモデルでは有限状態で表していた方向変数が実数値変数となるため、その上の関数として捉えられる事後分布が有限次元のベクトルでは表せなくなることである。既存研究においては事後分布の振る舞いを小数の変数に縮約して説明することで定常解を求めているが、その数理的な正当化は問題に個別の仕方であるかなされていなかった。現在、フィルタリング方程式の適切な変数変換と級数展開を組み合わせることで、事後分布の縮約を一般化しうる形で正当化できる可能性を見出しており、その結果に基づく定常解の導出を進めている。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2022 2021 2020

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Bacterial Chemotaxis and Stochastic Optimal Control2022

    • Author(s)
      中村 絢斗、小林 徹也
    • Journal Title

      SYSTEMS, CONTROL AND INFORMATION

      Volume: 66 Issue: 9 Pages: 346-351

    • DOI

      10.11509/isciesci.66.9_346

    • ISSN
      0916-1600, 2424-1806
    • Year and Date
      2022-09-15
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Journal Article] 細胞はどれくらい賢く匂いを嗅げるのか?―生体による化学情報感知の普遍的性質2022

    • Author(s)
      小林徹也、中村絢斗
    • Journal Title

      AROMA RESEARCH

      Volume: 23 Pages: 320-327

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Journal Article] Optimal sensing and control of run-and-tumble chemotaxis2022

    • Author(s)
      Nakamura Kento、Kobayashi Tetsuya J.
    • Journal Title

      Physical Review Research

      Volume: 4 Issue: 1 Pages: 013120-013120

    • DOI

      10.1103/physrevresearch.4.013120

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 特集 生物物理学の進歩-生命現象の定量的理解へ向けて Ⅲ.個体,進化レベル 大腸菌化学走性における感知・応答の情報論的な最適性2021

    • Author(s)
      中村 絢斗、小林 徹也
    • Journal Title

      生体の科学

      Volume: 72 Issue: 3 Pages: 239-244

    • DOI

      10.11477/mf.2425201355

    • ISSN
      0370-9531, 1883-5503
    • Year and Date
      2021-06-15
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Journal Article] Connection between the Bacterial Chemotactic Network and Optimal Filtering2021

    • Author(s)
      Kento Nakamura, Tetsuya J. Kobayashi
    • Journal Title

      Physical Review Letters

      Volume: 126 Issue: 12 Pages: 128102-128102

    • DOI

      10.1103/physrevlett.126.128102

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Optimal information processing and motor control of run-and-tumble chemotaxis under stochastic fluctuation2022

    • Author(s)
      Kento Nakamura and Tetsuya J. Kobayashi
    • Organizer
      The 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Modeling the missing mechanism in partially ranked data with adjacency-based regularization2021

    • Author(s)
      Kento Nakamura, Keisuke Yano, and Fumiyasu Komaki
    • Organizer
      4th International Conference on Econometrics and Statistics (EcoSta)
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Biochemical implementation of optimal control for run-and-tumble chemotaxis2021

    • Author(s)
      Kento Nakamura and Tetsuya J. Kobayashi
    • Organizer
      The 20th Congress of the International Union for Pure and Applied Biophysics (IUPAB)
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 推定・制御の最適性に基づくバクテリア化学走性の理解2021

    • Author(s)
      中村絢斗,小林徹也
    • Organizer
      自動制御連合講演会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 感知ノイズ下の run-and-tumble 型化学走性の最適な制御方式2021

    • Author(s)
      中村絢斗,小林徹也
    • Organizer
      日本数理生物学会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] A cellular sensory system optimally decodes information from noisy signals2021

    • Author(s)
      Kento Nakamura, Tetsuya J. Kobayashi
    • Organizer
      Southern California Systems Biology Symposium
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Optimality of the sensory system of Escherichia coli2020

    • Author(s)
      Kento Nakamura, Tetsuya J. Kobayashi
    • Organizer
      Society of Mathematical Biology Annual Meeting
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 最適確率制御システムと大腸菌化学走性過程の対応2020

    • Author(s)
      中村絢斗, 小林徹也
    • Organizer
      日本数理生物学会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report

URL: 

Published: 2020-07-07   Modified: 2024-03-26  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi