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クライオ電子顕微鏡を用いたClass B GPCRの単粒子構造解析

Research Project

Project/Area Number 20J21820
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Review Section Basic Section 48040:Medical biochemistry-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

小林 和弘  東京大学, 理学系研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2020-04-24 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥3,100,000 (Direct Cost: ¥3,100,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
KeywordsGPCR / 単粒子構造解析 / クライオ電顕 / 慢性疾患 / 副甲状腺ホルモン受容体 / 細胞内作動薬 / シグナルバイアス / 副作用制御
Outline of Research at the Start

Class B GPCRはペプチドホルモンを受容する受容体群であり、内分泌系制御に関わる慢性疾患の創薬標的として広く知られている。近年、単粒子構造解析によりいくつかの受容体が構造決定されたが、リガンド認識に関わる細胞外ドメイン(ECD)がリガンドを識別するメカニズムや受容体活性化に寄与する構造的知見は不十分である。
本研究では単粒子構造解析により、Class B GPCRであるPAC1受容体及びPTH受容体について活性化状態の構造解析を行う。また、親和性の異なるリガンドとの複合体構造解析も行うことで、ECDがリガンドの親和性や受容体活性化に寄与するメカニズムを明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

本年は副甲状腺ホルモン受容体(PTH1R)を介した骨粗しょう症治療における最大の問題点の一つである副作用の発現機構について、その分子機構を明らかにした。これまでに、アミノ酸1字配列に基づいてPTHの持つ強い造骨能とPTHrPの持つ弱い副作用を兼ね備えた新規骨粗しょう症治療薬が探索され、LA-PTHが製造された。しかし、予想に反してLA-PTHはPTHよりも強い副作用が生じ、PTH1Rを介した副作用発現機構の分子基盤は不明であった。申請者はPTH1RによるPTH及びPTHrPの認識機構を解明し、PTHによる副作用発現について1アミノ酸のレベルで解明した。また、計算機シミュレーションを用いることで、タンパク質レベルでの副作用発現機構と、細胞レベルでの副作用発現機構の画一的な理解を可能とした。加えて、先行研究のLA-PTHが予想に反して強い副作用を生み出す分子メカニズムも明らかにし、理想的な骨粗しょう症治療薬開発に向けた創薬戦術を提案した。
さらに、本年はPTH1Rに対する非ペプチド 性作動薬(PCO371)の認識機構を明らかにした。この構造からはPCO371はこれまで見つかっていなかった新規の細胞内ポケットに結合し、PCO371の受容体活性化メカニズムは一般的なGPCRの作動メカニズムとは異なっていることが明らかになった。PCO371は細胞内領域のみを直接活性化構造に固定することが可能であり、PTH1RによるGタンパク質とβ-arrestinの結合能を直接制御することでGタンパク質のみを活性化することが明らかになった。これらの事実から細胞内領域を介したバイアスドシグナリングという全く新しい概念が提案された。最後に、このPCO371の結合する薬剤ポケットは15の受容体に保存されていることを明らかにし、PCO371は少なくとも7個の受容体を活性化できることを明らかにした。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2023 2022 2020

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] A novel activation mechanism of class B1 GPCRs via an intracellular pocket2023

    • Author(s)
      Kazuhiro Kobayashi, Kouki Kawakami, Tsukasa Kusakizako, Atsuhiro Tomita, Michihiro Nishimura, Kazuhiro Sawada, Hiroyuki H. Okamoto, Suzune Hiratsuka, Gaku Nakamura, Riku Kuwabara, Hiroshi Noda, Hiroyasu Muramatsu, Masaru Shimizu, Tomohiko Taguchi, Asuka Inoue, Takeshi Murata, Osamu Nureki
    • Journal Title

      Nature

      Volume: -

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Journal Article] Endogenous ligand recognition and structural transition of a human PTH receptor2022

    • Author(s)
      Kobayashi Kazuhiro、Kawakami Kouki、Kusakizako Tsukasa、Miyauchi Hirotake、Tomita Atsuhiro、Kobayashi Kan、Shihoya Wataru、Yamashita Keitaro、Nishizawa Tomohiro、Kato Hideaki E.、Inoue Asuka、Nureki Osamu
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 82 Issue: 18 Pages: 3468-3483

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2022.07.003

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cryo-EM structure of the human PAC1 receptor coupled to an engineered heterotrimeric G protein2020

    • Author(s)
      Kobayashi Kazuhiro、Shihoya Wataru、Nishizawa Tomohiro、Kadji Francois Marie Ngako、Aoki Junken、Inoue Asuka、Nureki Osamu
    • Journal Title

      Nature Structural & Molecular Biology

      Volume: 27 Issue: 3 Pages: 274-280

    • DOI

      10.1038/s41594-020-0386-8

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure of the human secretin receptor coupled to an engineered heterotrimeric G protein2020

    • Author(s)
      Fukuhara Satoshi、Kobayashi Kazuhiro、Kusakizako Tsukasa、Iida Wataru、Kato Masahiko、Shihoya Wataru、Nureki Osamu
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 533 Issue: 4 Pages: 861-866

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.08.042

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Endogenous ligand recognition and structural transition of a human PTH receptor2023

    • Author(s)
      Kazuhiro Kobayashi
    • Organizer
      GPCR workshop 2023
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cryo-EM structure of class B GPCR structures2022

    • Author(s)
      小林和弘
    • Organizer
      第21回 東京大学生命科学シンポジウム
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Endogenous ligand recognition and structural transition of a human PTH receptor2022

    • Author(s)
      小林和弘
    • Organizer
      第41回 骨代謝学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Endogenous ligand recognition and structural transition of a human PTH receptor2022

    • Author(s)
      小林和弘
    • Organizer
      第95回 日本生化学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Endogenous ligand recognition and structural transition of a human PTH receptor2022

    • Author(s)
      小林和弘
    • Organizer
      第17回 GPCR研究会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Cryo-EM structure of the human PAC1 receptor coupled to an engineered heterotrimeric G protein2020

    • Author(s)
      Kazuhiro Kobayashi, Wataru Shihoya, Tomohiro Nishizawa, Francois Marie Ngako Kadji, Junken Aoki, Asuka Inoue & Osamu Nureki
    • Organizer
      第20回 東京大学生命科学シンポジウム BIO UT
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Cryo-EM structure of the human PAC1 receptor coupled to an engineered heterotrimeric G protein2020

    • Author(s)
      Kazuhiro Kobayashi, Wataru Shihoya, Tomohiro Nishizawa, Francois Marie Ngako Kadji, Junken Aoki, Asuka Inoue & Osamu Nureki
    • Organizer
      第58回 日本生物物理学会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report

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Published: 2020-07-07   Modified: 2024-03-26  

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